219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0070 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0071  tol-pal system protein YbgF  100 
 
 
272 aa  537  1e-152  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.840894  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0070  hypothetical protein  100 
 
 
272 aa  537  1e-152  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  28.75 
 
 
322 aa  105  7e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  31.4 
 
 
243 aa  105  8e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  27.62 
 
 
322 aa  104  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  32.02 
 
 
263 aa  101  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  32.02 
 
 
263 aa  101  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  9.73622e-13  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  32.02 
 
 
263 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  4.22433e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  32.02 
 
 
263 aa  101  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  3.29093e-08  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  32.02 
 
 
263 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  6.12768e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  32.02 
 
 
263 aa  101  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.23566e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  31.53 
 
 
263 aa  99.8  4e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  1.35641e-09  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  33.18 
 
 
265 aa  99.8  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  31.53 
 
 
263 aa  99.8  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.28041e-06  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  31.53 
 
 
263 aa  100  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  28.7 
 
 
285 aa  98.2  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  31 
 
 
258 aa  98.6  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  2.995e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  30.04 
 
 
269 aa  97.4  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.1862e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  38.76 
 
 
258 aa  96.3  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  6.56344e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  40.32 
 
 
269 aa  94.4  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  3.06098e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  40.32 
 
 
269 aa  94.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  40.32 
 
 
269 aa  94.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  6.55346e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  27.27 
 
 
262 aa  93.6  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  31.71 
 
 
269 aa  93.6  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  27.62 
 
 
257 aa  92.8  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  30.35 
 
 
262 aa  92.4  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  30.35 
 
 
262 aa  92.4  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  6.91126e-05  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  27.48 
 
 
258 aa  92  8e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  5.38849e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  30.35 
 
 
262 aa  92  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.80184e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  30.35 
 
 
262 aa  92  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  27.96 
 
 
270 aa  92  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0568  tol-pal system protein YbgF  28.71 
 
 
276 aa  91.3  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.124562  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  33.56 
 
 
264 aa  90.1  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  2.29086e-08  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  37.19 
 
 
266 aa  90.1  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  2.95525e-10  decreased coverage  4.50337e-06 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  28.71 
 
 
274 aa  89  8e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.28207e-08  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
248 aa  89  8e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  28.08 
 
 
272 aa  89  8e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  28.81 
 
 
254 aa  88.2  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  3.61839e-09  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  35.11 
 
 
262 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  1.19726e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2337  tetratricopeptide region  29.27 
 
 
274 aa  86.7  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  1.23403e-08  normal  0.0632651 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  37.1 
 
 
272 aa  86.7  4e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.43705e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  27.23 
 
 
263 aa  85.5  9e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  29.11 
 
 
274 aa  85.1  1e-15  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2562  Tol-Pal system YbgF  31.55 
 
 
241 aa  85.1  1e-15  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  4.29972e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  29.28 
 
 
268 aa  84  2e-15  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  31.62 
 
 
304 aa  84.3  2e-15  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  27.38 
 
 
239 aa  83.6  3e-15  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  8.93452e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2208  Tol-Pal system YbgF  23.89 
 
 
275 aa  83.6  4e-15  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00178877  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1859  TPR repeat-containing protein  31.07 
 
 
242 aa  83.2  4e-15  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  1.36736e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  24.6 
 
 
271 aa  82.4  7e-15  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.61801e-15  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  33.12 
 
 
304 aa  82.4  8e-15  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  28.8 
 
 
268 aa  82.4  8e-15  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  29.41 
 
 
254 aa  81.6  1e-14  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  28.8 
 
 
268 aa  81.6  1e-14  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  32.48 
 
 
271 aa  81.6  1e-14  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0537  tol-pal system protein YbgF  27.31 
 
 
321 aa  80.9  2e-14  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0161881  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  25.23 
 
 
271 aa  80.9  2e-14  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2204  TPR repeat-containing protein  31.28 
 
 
265 aa  80.9  2e-14  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000773589 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  32.62 
 
 
222 aa  80.9  2e-14  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.96847e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  27.86 
 
 
273 aa  81.3  2e-14  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  28.89 
 
 
285 aa  80.9  2e-14  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  30.28 
 
 
245 aa  80.5  3e-14  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.3069e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  24.77 
 
 
271 aa  80.1  3e-14  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  27.95 
 
 
261 aa  79.7  5e-14  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  1.08782e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  24.77 
 
 
236 aa  79  7e-14  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0023  TPR domain-containing protein  25.99 
 
 
278 aa  79  8e-14  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165753  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1529  TPR repeat-containing protein  29.36 
 
 
240 aa  78.6  1e-13  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.57088e-08  normal  0.395847 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 
343 aa  78.6  1e-13  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2048  TPR repeat-containing protein  24.1 
 
 
253 aa  78.6  1e-13  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400973  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0826  tol-pal system protein YbgF  30.82 
 
 
271 aa  77  3e-13  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  5.23116e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  31.08 
 
 
341 aa  77  3e-13  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  31.08 
 
 
339 aa  77  3e-13  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1725  TPR repeat-containing protein  26.32 
 
 
261 aa  76.6  4e-13  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.039074 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1979  tol-pal system protein YbgF  26.32 
 
 
261 aa  76.6  4e-13  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  30.41 
 
 
341 aa  76.3  5e-13  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1114  tol-pal system protein YbgF  29.95 
 
 
292 aa  76.3  5e-13  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.875403  normal  0.0458265 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  28.77 
 
 
242 aa  75.9  7e-13  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  28.33 
 
 
301 aa  74.7  1e-12  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0692  tol-pal system protein YbgF  26.17 
 
 
249 aa  73.9  2e-12  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000467208  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2937  tetratricopeptide TPR_2  27.23 
 
 
251 aa  74.3  2e-12  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0022329  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0201  TPR repeat-containing protein  23.76 
 
 
275 aa  74.3  2e-12  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  4.41439e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0675  hypothetical protein  26.51 
 
 
249 aa  74.3  2e-12  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0840445  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  29.06 
 
 
279 aa  73.9  3e-12  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  28.84 
 
 
248 aa  73.9  3e-12  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0281  tol-pal system protein YbgF  33.63 
 
 
313 aa  73.6  3e-12  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.433103  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0729  TPR repeat-containing protein  28.87 
 
 
255 aa  73.2  5e-12  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.032974  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0315  hypothetical protein  26.64 
 
 
249 aa  72.8  6e-12  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00113686  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0767  tol-pal system protein YbgF  26.64 
 
 
249 aa  72.8  6e-12  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0348274  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0798  hypothetical protein  26.64 
 
 
249 aa  72.8  6e-12  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00161054  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  27.94 
 
 
268 aa  72.4  7e-12  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  31.1 
 
 
395 aa  72.4  8e-12  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  32.84 
 
 
329 aa  72  9e-12  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3887  hypothetical protein  26.64 
 
 
249 aa  72  9e-12  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1371  hypothetical protein  25.58 
 
 
249 aa  72  9e-12  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3404  TPR repeat-containing protein  23.31 
 
 
268 aa  72  9e-12  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.535167 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2694  tol-pal system protein YbgF  26.67 
 
 
249 aa  71.6  1e-11  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0825  hypothetical protein  25.12 
 
 
249 aa  70.9  2e-11  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2746  hypothetical protein  27.71 
 
 
250 aa  71.2  2e-11  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2659  hypothetical protein  25.12 
 
 
249 aa  70.9  2e-11  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.238854  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  30.77 
 
 
264 aa  71.2  2e-11  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>