143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3646 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3646  hypothetical protein  100 
 
 		 398 aa  793    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5908  hypothetical protein  56.61 
 
 		 390 aa  428  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2934  hypothetical protein  42.11 
 
 		 385 aa  260  4e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0120196 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3962  hypothetical protein  51.14 
 
 		 274 aa  259  8e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0275493  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0790  hypothetical protein  40.26 
 
 		 385 aa  251  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0240573  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3971  hypothetical protein  35.05 
 
 		 377 aa  198  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5721  hypothetical protein  34.15 
 
 		 395 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6085  hypothetical protein  34.15 
 
 		 395 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6011  hypothetical protein  34.21 
 
 		 395 aa  172  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6568  hypothetical protein  34.8 
 
 		 395 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.270027 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7544  hypothetical protein  33.61 
 
 		 395 aa  170  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5860  hypothetical protein  33.33 
 
 		 395 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.232479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6098  hypothetical protein  33.06 
 
 		 395 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1490  hypothetical protein  30.75 
 
 		 400 aa  155  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0510  hypothetical protein  30.62 
 
 		 381 aa  127  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0476754 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1428  hypothetical protein  30.73 
 
 		 250 aa  80.1  0.00000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  31.98 
 
 		 1667 aa  79.3  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4517  hypothetical protein  27.33 
 
 		 433 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  29.11 
 
 		 387 aa  75.5  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0579  hypothetical protein  29.44 
 
 		 453 aa  75.9  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  31.02 
 
 		 479 aa  75.5  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  30.92 
 
 		 819 aa  75.5  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4486  hypothetical protein  26.9 
 
 		 447 aa  75.5  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.13 
 
 		 320 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.8 
 
 		 366 aa  72.4  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.52 
 
 		 347 aa  72.8  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.28 
 
 		 348 aa  71.2  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  31.92 
 
 		 354 aa  70.5  0.00000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.38 
 
 		 348 aa  70.5  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  32.13 
 
 		 354 aa  70.1  0.00000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  28.19 
 
 		 354 aa  69.7  0.00000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.23 
 
 		 348 aa  69.7  0.00000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  26.99 
 
 		 1094 aa  69.7  0.00000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  26.65 
 
 		 335 aa  68.2  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.14 
 
 		 517 aa  68.6  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.57 
 
 		 406 aa  67.8  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  26.25 
 
 		 314 aa  67.4  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  26.86 
 
 		 391 aa  65.5  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  24.34 
 
 		 776 aa  62.8  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5324  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.11 
 
 		 311 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0700232  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.57 
 
 		 366 aa  62  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1184  hypothetical protein  24.72 
 
 		 324 aa  61.6  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.362079 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1104  hypothetical protein  24.72 
 
 		 324 aa  61.2  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  27.82 
 
 		 971 aa  61.2  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  26.12 
 
 		 580 aa  60.5  0.00000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.88 
 
 		 383 aa  60.5  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  26.32 
 
 		 332 aa  59.7  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1892  hypothetical protein  25 
 
 		 334 aa  59.3  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.181009  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  32.22 
 
 		 810 aa  58.9  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5020  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.81 
 
 		 311 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2102  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.19 
 
 		 357 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3832  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.15 
 
 		 607 aa  58.2  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000619199  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3145  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.02 
 
 		 327 aa  58.5  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2496  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.19 
 
 		 357 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.565249 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3113  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.82 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2950  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.88 
 
 		 821 aa  58.2  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0877418  normal  0.740521 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0621  hypothetical protein  25.95 
 
 		 227 aa  57.8  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.47 
 
 		 317 aa  57.8  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4855  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26 
 
 		 2114 aa  57.4  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.656621  normal  0.707732 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0496  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.22 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.511755  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0031  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.89 
 
 		 328 aa  57  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.89 
 
 		 335 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.89 
 
 		 689 aa  57  0.0000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3620  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.18 
 
 		 324 aa  57  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793181  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1859  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.97 
 
 		 329 aa  56.6  0.0000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.981734  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.97 
 
 		 338 aa  56.6  0.0000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.96 
 
 		 340 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.96 
 
 		 340 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.96 
 
 		 340 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2474  hypothetical protein  31.06 
 
 		 364 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.686605  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3045  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.85 
 
 		 313 aa  55.8  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2259  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.89 
 
 		 326 aa  55.8  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.669403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1536  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.33 
 
 		 362 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0196  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  32.75 
 
 		 325 aa  55.8  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.367878 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.55 
 
 		 377 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.07 
 
 		 312 aa  55.1  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.31 
 
 		 752 aa  55.5  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.59 
 
 		 334 aa  55.1  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1789  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25 
 
 		 336 aa  54.3  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2380  hypothetical protein  29.89 
 
 		 250 aa  53.9  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.04 
 
 		 327 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.441743  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4977  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.2 
 
 		 336 aa  53.5  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.370165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25 
 
 		 1170 aa  53.1  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2611  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.12 
 
 		 328 aa  53.1  0.000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.82 
 
 		 457 aa  53.1  0.000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1838  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25 
 
 		 366 aa  52.8  0.000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2173  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.68 
 
 		 366 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.420218 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0103  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  31.21 
 
 		 192 aa  52.4  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.35 
 
 		 328 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0102  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  35.07 
 
 		 154 aa  52.8  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1335  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.89 
 
 		 324 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.911892  normal  0.360031 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5316  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.94 
 
 		 330 aa  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.131426  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.22 
 
 		 451 aa  52.4  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.56 
 
 		 328 aa  51.6  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4869  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.45 
 
 		 362 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.130812 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  25.32 
 
 		 329 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2068  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.8 
 
 		 328 aa  50.4  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.32 
 
 		 329 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2665  hypothetical protein  25.32 
 
 		 325 aa  50.1  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.320211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4507  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.21 
 
 		 314 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.70615 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>