124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3962 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3962  hypothetical protein  100 
 
 		 274 aa  545  1e-154  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0275493  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3646  hypothetical protein  51.14 
 
 		 398 aa  240  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5908  hypothetical protein  43.94 
 
 		 390 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0790  hypothetical protein  33.33 
 
 		 385 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0240573  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2934  hypothetical protein  33.99 
 
 		 385 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0120196 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6011  hypothetical protein  32.46 
 
 		 395 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5721  hypothetical protein  32.84 
 
 		 395 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6085  hypothetical protein  32.84 
 
 		 395 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7544  hypothetical protein  32.84 
 
 		 395 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6568  hypothetical protein  32.09 
 
 		 395 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.270027 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6098  hypothetical protein  32.46 
 
 		 395 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5860  hypothetical protein  32.46 
 
 		 395 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.232479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1490  hypothetical protein  31.34 
 
 		 400 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3971  hypothetical protein  29.92 
 
 		 377 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0510  hypothetical protein  28.76 
 
 		 381 aa  96.7  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0476754 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.16 
 
 		 366 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  27.05 
 
 		 1094 aa  72  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  28.47 
 
 		 354 aa  69.7  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  28.08 
 
 		 810 aa  69.3  0.00000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  26.42 
 
 		 335 aa  68.6  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  28.51 
 
 		 387 aa  67  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  26.77 
 
 		 332 aa  66.6  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  29.18 
 
 		 1667 aa  65.9  0.0000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.68 
 
 		 317 aa  65.9  0.0000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.55 
 
 		 1170 aa  63.9  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0621  hypothetical protein  30.3 
 
 		 227 aa  62.8  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  32.92 
 
 		 819 aa  62.4  0.000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.48 
 
 		 340 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.48 
 
 		 340 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.48 
 
 		 340 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.03 
 
 		 377 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  26.98 
 
 		 354 aa  59.3  0.00000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  26.56 
 
 		 580 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  26.48 
 
 		 776 aa  57.8  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5324  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  31.71 
 
 		 311 aa  57  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0700232  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0020  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.4 
 
 		 521 aa  57  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  27.41 
 
 		 479 aa  56.2  0.0000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1428  hypothetical protein  39.76 
 
 		 250 aa  55.8  0.0000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1967  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.5 
 
 		 370 aa  55.5  0.0000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235271  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2173  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.88 
 
 		 366 aa  55.5  0.0000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.420218 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.72 
 
 		 348 aa  55.1  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1241  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.11 
 
 		 320 aa  55.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0330167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5020  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.71 
 
 		 311 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  28.57 
 
 		 354 aa  54.3  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1838  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.88 
 
 		 366 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1789  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.22 
 
 		 336 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4869  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.56 
 
 		 362 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.130812 
 
 
-
 
NC_003296  RS01887  putative hemagglutinin-related protein  25.58 
 
 		 446 aa  53.5  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.82 
 
 		 347 aa  53.9  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  27.94 
 
 		 314 aa  53.9  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3620  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.2 
 
 		 324 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793181  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0025  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25 
 
 		 522 aa  53.9  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.932986 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2583  hypothetical protein  23.72 
 
 		 312 aa  52.8  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.78 
 
 		 689 aa  52.4  0.000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2496  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.67 
 
 		 357 aa  52  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.565249 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2102  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.67 
 
 		 357 aa  51.6  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.3 
 
 		 348 aa  51.2  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0031  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.73 
 
 		 328 aa  50.8  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4507  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.16 
 
 		 314 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.70615 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3038  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  32.5 
 
 		 332 aa  51.2  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  27.8 
 
 		 971 aa  50.1  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  27.44 
 
 		 556 aa  50.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  37.08 
 
 		 391 aa  49.3  0.00006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1446  hypothetical protein  28.24 
 
 		 372 aa  49.3  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.30518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.2 
 
 		 320 aa  49.3  0.00006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4139  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.32 
 
 		 314 aa  49.3  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2474  hypothetical protein  31.54 
 
 		 364 aa  48.9  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.686605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1117  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.95 
 
 		 331 aa  48.5  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1859  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.54 
 
 		 329 aa  48.1  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.981734  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.2 
 
 		 334 aa  48.5  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1847  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.92 
 
 		 328 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.92 
 
 		 327 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.441743  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.43 
 
 		 348 aa  48.9  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25 
 
 		 383 aa  48.1  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1940  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.11 
 
 		 320 aa  47.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6217  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.61 
 
 		 829 aa  47.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.597655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.74 
 
 		 335 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0102  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  33.57 
 
 		 154 aa  47.8  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  26.17 
 
 		 329 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.85 
 
 		 353 aa  47  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  32.14 
 
 		 451 aa  47  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.75 
 
 		 406 aa  47.4  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.73 
 
 		 752 aa  47  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.17 
 
 		 329 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2846  6-phosphogluconolactonase  26.83 
 
 		 334 aa  47  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2933  6-phosphogluconolactonase  26.83 
 
 		 334 aa  47  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.39 
 
 		 338 aa  47.4  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.91 
 
 		 312 aa  46.6  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4621  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.34 
 
 		 318 aa  46.6  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.70566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2182  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.53 
 
 		 328 aa  46.6  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  0.361947 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2142  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.11 
 
 		 943 aa  46.2  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.624762  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2636  6-phosphogluconolactonase  28.57 
 
 		 349 aa  46.2  0.0005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.46 
 
 		 328 aa  46.6  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2950  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.7 
 
 		 821 aa  46.2  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0877418  normal  0.740521 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4136  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.9 
 
 		 345 aa  46.2  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0910022  normal  0.508786 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1622  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25 
 
 		 974 aa  46.2  0.0006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3134  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.17 
 
 		 329 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0196  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.29 
 
 		 325 aa  46.2  0.0006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.367878 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5454  alpha-1,2-mannosidase  29.96 
 
 		 1189 aa  45.8  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8868  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.71 
 
 		 415 aa  45.4  0.0009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>