228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3218 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3218  alpha/beta hydrolase fold protein  100 
 
 
290 aa  575  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.14106  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4220  alpha/beta hydrolase fold protein  47.42 
 
 
298 aa  241  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1886  alpha/beta hydrolase fold  45.17 
 
 
284 aa  192  4e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2492  alpha/beta hydrolase fold  39.59 
 
 
295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.149577  normal  0.991851 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1863  alpha/beta hydrolase fold  35.09 
 
 
293 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.302111  normal  0.224548 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2687  alpha/beta hydrolase fold  34.64 
 
 
291 aa  133  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.646881 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2303  alpha/beta hydrolase fold  35.77 
 
 
300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00379663 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2103  alpha/beta hydrolase fold protein  36.33 
 
 
296 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1611  alpha/beta hydrolase fold  36.33 
 
 
296 aa  124  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107227  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6150  putative hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)(McbF)  34.57 
 
 
313 aa  115  8.999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.681838 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0592  alpha/beta hydrolase fold  28.9 
 
 
288 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3844  alpha/beta hydrolase fold protein  31.14 
 
 
289 aa  75.1  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.185404  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13602  2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase bphD  33.46 
 
 
291 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.552922 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3668  alpha/beta hydrolase fold protein  27.73 
 
 
299 aa  68.6  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3515  alpha/beta hydrolase fold protein  29.43 
 
 
293 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1361  Alpha/beta hydrolase fold  28.57 
 
 
298 aa  67.4  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00841082  hitchhiker  0.00000857461 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0911  Alpha/beta hydrolase fold  28.57 
 
 
289 aa  67  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0219257  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2670  alpha/beta hydrolase fold  31 
 
 
298 aa  65.1  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00899476  normal  0.0694304 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1754  alpha/beta hydrolase fold  28.68 
 
 
277 aa  65.5  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15080  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  30.15 
 
 
288 aa  64.7  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625795  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2878  alpha/beta hydrolase fold  30.11 
 
 
283 aa  63.9  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4246  alpha/beta hydrolase fold  28.52 
 
 
288 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.912428  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0379  alpha/beta hydrolase fold protein  30.38 
 
 
285 aa  63.9  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.36178  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0274  Alpha/beta hydrolase fold  27.78 
 
 
289 aa  63.2  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.642233  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2775  alpha/beta hydrolase fold  30.57 
 
 
302 aa  62.8  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.562879  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4141  alpha/beta hydrolase fold  27.74 
 
 
286 aa  62.8  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0556153  normal  0.121245 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1981  alpha/beta hydrolase fold  28.63 
 
 
287 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.578343 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3791  alpha/beta hydrolase fold  26.84 
 
 
287 aa  62.4  0.000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3787  alpha/beta hydrolase fold  26.84 
 
 
287 aa  62  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.265139  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4541  alpha/beta hydrolase fold protein  27.84 
 
 
288 aa  62  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.707016  normal  0.231702 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3860  alpha/beta hydrolase fold  26.84 
 
 
287 aa  62  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2400  alpha/beta hydrolase fold  28.26 
 
 
288 aa  62  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1186  2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4- dienoate hydrolase (BphD)  28.32 
 
 
286 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.644621  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4183  alpha/beta hydrolase fold  28.41 
 
 
279 aa  60.8  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.221808 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6242  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.69 
 
 
371 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1837  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.69 
 
 
371 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.282403  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1861  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.69 
 
 
371 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0337473  normal  0.0227354 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0935  alpha/beta hydrolase fold  27.72 
 
 
288 aa  59.7  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423109  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3501  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.32 
 
 
374 aa  59.7  0.00000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0571139 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4983  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28.02 
 
 
367 aa  59.7  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.40688 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0912  alpha/beta hydrolase fold  29.28 
 
 
264 aa  58.9  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1464  alpha/beta hydrolase fold  27.95 
 
 
294 aa  58.9  0.00000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2405  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28.85 
 
 
369 aa  58.2  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0222007  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5307  alpha/beta hydrolase fold  28.08 
 
 
295 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.224347 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4708  alpha/beta hydrolase fold  28.42 
 
 
299 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4794  alpha/beta hydrolase fold  28.42 
 
 
299 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1600  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  27.84 
 
 
371 aa  57.8  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5093  alpha/beta hydrolase fold  28.42 
 
 
299 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.284245 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3257  alpha/beta hydrolase fold protein  27.76 
 
 
288 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2542  alpha/beta hydrolase fold protein  25.09 
 
 
310 aa  57.4  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.106613  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1155  alpha/beta hydrolase fold protein  29.53 
 
 
292 aa  56.6  0.0000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2323  putative 2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase (MhpC)  27.52 
 
 
289 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2456  alpha/beta hydrolase fold  25.61 
 
 
278 aa  56.6  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0153839  normal  0.505758 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0350  alpha/beta hydrolase fold protein  27.85 
 
 
308 aa  56.6  0.0000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.931364 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3055  alpha/beta hydrolase fold  26.91 
 
 
277 aa  56.2  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0115287 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3276  alpha/beta hydrolase fold  27.76 
 
 
288 aa  56.2  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.15708  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0380  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  27.76 
 
 
288 aa  56.2  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.615144  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0424  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  27.76 
 
 
288 aa  55.8  0.0000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00303  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  27.76 
 
 
293 aa  55.8  0.0000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0321266  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0413  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  27.76 
 
 
293 aa  55.8  0.0000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3731  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28.21 
 
 
372 aa  55.8  0.0000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0373  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  27.76 
 
 
293 aa  55.8  0.0000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.170384  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00307  hypothetical protein  27.76 
 
 
293 aa  55.8  0.0000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0415585  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1183  Alpha/beta hydrolase  29.48 
 
 
279 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.330922  normal  0.0773535 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1436  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  29.37 
 
 
371 aa  55.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00517321 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4043  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28.24 
 
 
372 aa  55.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140528  normal  0.0217743 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2652  alpha/beta hydrolase fold protein  27.61 
 
 
268 aa  55.1  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.191504  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2141  alpha/beta hydrolase fold  28.88 
 
 
284 aa  55.1  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0174  cyclic nucleotide-binding protein  25.64 
 
 
456 aa  55.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000271627  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0108  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  27.15 
 
 
639 aa  55.1  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0033  alpha/beta hydrolase fold  31.09 
 
 
290 aa  54.7  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4130  alpha/beta hydrolase fold protein  27.57 
 
 
301 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0572  alpha/beta hydrolase fold  28.52 
 
 
266 aa  54.3  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5690  Alpha/beta hydrolase fold  28.57 
 
 
283 aa  53.9  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2629  alpha/beta hydrolase fold protein  27.82 
 
 
263 aa  54.3  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000794828  hitchhiker  0.00279844 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1513  Alpha/beta hydrolase fold  25.77 
 
 
293 aa  53.5  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4215  alpha/beta hydrolase fold  29.45 
 
 
271 aa  53.5  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.756479  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1343  alpha/beta hydrolase fold protein  27 
 
 
293 aa  53.5  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0161559  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0950  alpha/beta hydrolase fold protein  25.94 
 
 
296 aa  53.5  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0923  alpha/beta hydrolase fold protein  25.94 
 
 
296 aa  52.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3834  alpha/beta hydrolase fold  26.67 
 
 
270 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.441877 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1919  alpha/beta hydrolase fold  21.65 
 
 
309 aa  52.8  0.000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0221  alpha/beta hydrolase fold  28.27 
 
 
286 aa  52.8  0.000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0269  hypothetical protein  27.02 
 
 
293 aa  52.4  0.000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2523  alpha/beta hydrolase fold protein  26.09 
 
 
267 aa  52.4  0.000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.737323 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3822  alpha/beta hydrolase fold  27.64 
 
 
308 aa  52.4  0.000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3998  alpha/beta hydrolase fold protein  28.29 
 
 
302 aa  52.4  0.000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0475  alpha/beta hydrolase fold protein  29.37 
 
 
290 aa  52.4  0.000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3344  alpha/beta hydrolase fold  27.69 
 
 
289 aa  52.4  0.000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1990  alpha/beta hydrolase fold protein  28.04 
 
 
308 aa  52  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000207277 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2242  alpha/beta hydrolase fold  25.95 
 
 
301 aa  52.4  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.545637  normal  0.560868 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1331  Alpha/beta hydrolase fold  26.09 
 
 
278 aa  50.8  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000258733 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5138  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28.01 
 
 
371 aa  51.2  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.184434  normal  0.586519 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3689  alpha/beta hydrolase fold protein  28.11 
 
 
302 aa  51.6  0.00002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2274  2-hydroxymuconic semialdehyde hydrolase  27.37 
 
 
291 aa  51.2  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4748  alpha/beta hydrolase fold  27.64 
 
 
295 aa  51.2  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.259792  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3858  alpha/beta hydrolase fold  25 
 
 
283 aa  51.2  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3786  Alpha/beta hydrolase fold  28.62 
 
 
274 aa  50.8  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00563208  hitchhiker  0.00293132 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4082  alpha/beta hydrolase fold  26.48 
 
 
284 aa  50.8  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.29051 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10240  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  29.3 
 
 
370 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>