More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2170 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00289  predicted propionyl-CoA synthetase with ATPase domain  64.23 
 
 		 628 aa  817    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2795  propionyl-CoA synthetase  63.61 
 
 		 634 aa  819    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.53121  normal  0.243025 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3271  propionate/CoA ligase  64.39 
 
 		 628 aa  818    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.954324  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1825  propionyl-CoA synthetase  73.06 
 
 		 631 aa  953    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1020  propionyl-CoA synthetase  64.51 
 
 		 627 aa  864    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0302  propionyl-CoA synthetase  51.29 
 
 		 670 aa  692    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3790  AMP-dependent synthetase and ligase  51.58 
 
 		 633 aa  642    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.20899  decreased coverage  0.0016859 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1518  propionyl-CoA synthetase  66.82 
 
 		 632 aa  875    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2170  propionyl-CoA synthetase  100 
 
 		 637 aa  1300    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0671437  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0411  propionyl-CoA synthetase  64.83 
 
 		 628 aa  847    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101467 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0899  propionyl-CoA synthetase  51.22 
 
 		 681 aa  687    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1204  propionyl-CoA synthetase  63.11 
 
 		 630 aa  828    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2185  propionyl-CoA synthetase  68.73 
 
 		 630 aa  875    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238065  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1588  propionyl-CoA synthetase  64.41 
 
 		 666 aa  822    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.74588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0366  propionyl-CoA synthetase  64.23 
 
 		 628 aa  815    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.708561 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0792  propionyl-CoA synthetase  59.75 
 
 		 626 aa  774    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00519205  normal  0.139333 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1614  propionyl-CoA synthetase  64.36 
 
 		 630 aa  833    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.1724  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00293  hypothetical protein  64.23 
 
 		 628 aa  817    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0465  propionyl-CoA synthetase  64.66 
 
 		 628 aa  847    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0182759  hitchhiker  0.000616276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2900  propionyl-CoA synthetase  59.46 
 
 		 649 aa  744    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.915781  normal  0.677321 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2513  propionyl-CoA synthetase  73.82 
 
 		 631 aa  953    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0405  propionyl-CoA synthetase  64.66 
 
 		 628 aa  848    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2322  propionyl-CoA synthetase  75.59 
 
 		 631 aa  1006    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.709656  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1562  propionyl-CoA synthetase  66.3 
 
 		 625 aa  880    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2633  propionyl-CoA synthetase  80.91 
 
 		 641 aa  1051    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.587396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1339  propionyl-CoA synthetase  64.79 
 
 		 636 aa  824    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.744278 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2037  propionyl-CoA synthetase  65.77 
 
 		 633 aa  850    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0395  propionyl-CoA synthetase  73.66 
 
 		 631 aa  952    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1518  propionyl-CoA synthetase  50.99 
 
 		 681 aa  681    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.361962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2203  propionyl-CoA synthetase  67.3 
 
 		 629 aa  860    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.249852 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0403  propionyl-CoA synthetase  64.83 
 
 		 628 aa  847    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000502757 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1689  propionyl-CoA synthetase  59.37 
 
 		 636 aa  770    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000127963  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2691  propionyl-CoA synthetase  72.84 
 
 		 632 aa  956    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1729  propionyl-CoA synthetase  65.45 
 
 		 633 aa  862    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264678  normal  0.844585 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0383  propionyl-CoA synthetase  52.53 
 
 		 626 aa  667    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3965  propionyl-CoA synthetase  69.21 
 
 		 628 aa  900    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123935 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0423  propionyl-CoA synthetase  64.83 
 
 		 628 aa  848    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.572013  normal  0.0604407 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0400  propionyl-CoA synthetase  64.07 
 
 		 628 aa  813    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3290  propionyl-CoA synthetase  64.23 
 
 		 628 aa  815    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0359  propionyl-CoA synthetase  64.39 
 
 		 628 aa  818    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0406  propionyl-CoA synthetase  64.39 
 
 		 628 aa  818    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2827  propionyl-CoA synthetase  70.92 
 
 		 641 aa  917    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1804  propionyl-CoA synthetase  79.56 
 
 		 637 aa  1073    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.540364 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2016  propionyl-CoA synthetase  73.06 
 
 		 631 aa  953    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.143176  normal  0.377009 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0263  propionyl-CoA synthetase  68.81 
 
 		 636 aa  919    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.805785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4231  AMP-dependent synthetase and ligase  49.61 
 
 		 625 aa  583  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0943  putative propionate--CoA ligase  47.5 
 
 		 634 aa  582  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1396  AMP-dependent synthetase and ligase  48.02 
 
 		 632 aa  583  1.0000000000000001e-165  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.792119  normal  0.172808 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4609  AMP-dependent synthetase and ligase  49.61 
 
 		 625 aa  583  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.341559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4297  AMP-dependent synthetase and ligase  49.61 
 
 		 625 aa  583  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0348009  normal  0.537155 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1288  propionate--CoA ligase  48.28 
 
 		 631 aa  580  1e-164  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0878  AMP-dependent synthetase and ligase  46.62 
 
 		 631 aa  580  1e-164  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000235453  normal  0.0118338 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1890  propionate--CoA ligase  48.98 
 
 		 695 aa  580  1e-164  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.964967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  47.1 
 
 		 632 aa  577  1.0000000000000001e-163  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471619  hitchhiker  0.000000265688 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1125  propionate--CoA ligase  47.39 
 
 		 640 aa  576  1.0000000000000001e-163  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4221  AMP-dependent synthetase and ligase  47 
 
 		 636 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.409374  normal  0.719321 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2688  AMP-dependent synthetase and ligase  48.58 
 
 		 641 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.646779 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1176  AMP-dependent synthetase and ligase  47.1 
 
 		 631 aa  573  1.0000000000000001e-162  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0407416 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4326  AMP-dependent synthetase and ligase  46.72 
 
 		 636 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.471144 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4996  AMP-dependent synthetase and ligase  46.88 
 
 		 636 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0012  AMP-dependent synthetase and ligase  48.12 
 
 		 634 aa  570  1e-161  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2393  AMP-dependent synthetase and ligase  49.06 
 
 		 627 aa  570  1e-161  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000718613  hitchhiker  0.000862635 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2971  AMP-dependent synthetase and ligase  47.7 
 
 		 652 aa  566  1e-160  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.420562 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2043  AMP-dependent synthetase and ligase  47.54 
 
 		 638 aa  567  1e-160  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0081773  normal  0.454673 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1532  AMP-dependent synthetase and ligase  47.7 
 
 		 652 aa  566  1e-160  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.589921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0956  propionate--CoA ligase  48.43 
 
 		 632 aa  566  1e-160  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0613  AMP-dependent synthetase and ligase  47.21 
 
 		 643 aa  562  1.0000000000000001e-159  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1171  AMP-dependent synthetase and ligase  47.08 
 
 		 640 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.263452  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2298  AMP-dependent synthetase and ligase  47.42 
 
 		 633 aa  562  1.0000000000000001e-159  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.59059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1721  AMP-dependent synthetase and ligase  47.7 
 
 		 652 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2844  AMP-dependent synthetase and ligase  48.39 
 
 		 652 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  48.28 
 
 		 638 aa  563  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.214924 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3221  AMP-dependent synthetase and ligase  46.7 
 
 		 640 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0171767 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0872  AMP-dependent synthetase and ligase  45.37 
 
 		 640 aa  562  1.0000000000000001e-159  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1046  AMP-dependent synthetase and ligase  46.79 
 
 		 634 aa  560  1e-158  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.735408  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6467  AMP-dependent synthetase and ligase  47.65 
 
 		 627 aa  559  1e-158  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0556456 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4396  AMP-dependent synthetase and ligase  46.25 
 
 		 636 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.185753 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003392  propionate--CoA ligase  47.42 
 
 		 625 aa  560  1e-158  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3748  AMP-dependent synthetase and ligase  46.05 
 
 		 641 aa  560  1e-158  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.159285  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1511  propionate--CoA ligase  46.87 
 
 		 634 aa  561  1e-158  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.919396  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2568  AMP-dependent synthetase and ligase  46.54 
 
 		 662 aa  561  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2319  AMP-dependent synthetase and ligase  46.54 
 
 		 635 aa  560  1e-158  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2391  AMP-dependent synthetase and ligase  46.54 
 
 		 640 aa  559  1e-158  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.977158 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  46.2 
 
 		 638 aa  560  1e-158  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0122187  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02248  Propionyl CoA synthase  47 
 
 		 636 aa  561  1e-158  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.267498  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  47.1 
 
 		 623 aa  560  1e-158  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.884011 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2826  AMP-dependent synthetase and ligase  47.23 
 
 		 652 aa  558  1e-157  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1460  AMP-dependent synthetase and ligase  45.6 
 
 		 638 aa  556  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2795  AMP-dependent synthetase and ligase  46.33 
 
 		 634 aa  557  1e-157  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1168  AMP-dependent synthetase and ligase  45.73 
 
 		 637 aa  558  1e-157  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.313288  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10660  acetyl-CoA synthetase  46.67 
 
 		 629 aa  553  1e-156  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1675  AMP-dependent synthetase and ligase  46.23 
 
 		 640 aa  555  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1797  AMP-dependent synthetase and ligase  46.25 
 
 		 641 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02393  hypothetical protein  46.5 
 
 		 626 aa  549  1e-155  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  46.56 
 
 		 635 aa  551  1e-155  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4248  AMP-dependent synthetase and ligase  45.43 
 
 		 636 aa  550  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.193877 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1364  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase  46.14 
 
 		 644 aa  551  1e-155  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1865  AMP-dependent synthetase and ligase  47.32 
 
 		 628 aa  549  1e-155  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.610194  normal  0.170173 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1067  AMP-dependent synthetase and ligase  47.55 
 
 		 642 aa  548  1e-154  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1183  AMP-dependent synthetase and ligase  45.91 
 
 		 636 aa  547  1e-154  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.918913  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>