More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4221 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_2234  AMP-dependent synthetase and ligase  67.68 
 
 		 643 aa  890    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.573086 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  57.96 
 
 		 626 aa  717    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.135947  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02248  Propionyl CoA synthase  56.87 
 
 		 636 aa  772    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.267498  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0872  AMP-dependent synthetase and ligase  60.7 
 
 		 640 aa  813    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2351  acetyl-CoA synthetase, putative  54.55 
 
 		 629 aa  687    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120484 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2671  AMP-dependent synthetase and ligase  59.27 
 
 		 624 aa  738    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0917  acid-CoA ligase family protein  52.07 
 
 		 631 aa  713    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2688  AMP-dependent synthetase and ligase  71.41 
 
 		 641 aa  948    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.646779 
 
 
-
 
NC_004310  BR1731  propionate--CoA ligase  64.65 
 
 		 636 aa  865    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0012  AMP-dependent synthetase and ligase  56.1 
 
 		 634 aa  749    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1575  AMP-dependent synthetase and ligase  61.62 
 
 		 627 aa  791    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.134471 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1183  AMP-dependent synthetase and ligase  66.72 
 
 		 636 aa  904    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.918913  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1576  putative acetyl-coa synthetase  55.04 
 
 		 628 aa  726    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1890  propionate--CoA ligase  62.54 
 
 		 695 aa  808    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.964967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1673  propionate--CoA ligase  64.81 
 
 		 636 aa  867    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1499  AMP-dependent synthetase and ligase  61.82 
 
 		 635 aa  829    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1592  acyl-CoA sythetase  60.22 
 
 		 638 aa  803    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1288  propionate--CoA ligase  60.7 
 
 		 631 aa  808    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1721  AMP-dependent synthetase and ligase  59.58 
 
 		 652 aa  795    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1125  propionate--CoA ligase  59.58 
 
 		 640 aa  800    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0825  AMP-dependent synthetase and ligase  62.82 
 
 		 630 aa  831    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0245  AMP-dependent synthetase and ligase  60.38 
 
 		 630 aa  803    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1067  AMP-dependent synthetase and ligase  67.68 
 
 		 642 aa  886    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2971  AMP-dependent synthetase and ligase  59.42 
 
 		 652 aa  793    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.420562 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  65.13 
 
 		 632 aa  900    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471619  hitchhiker  0.000000265688 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  64.59 
 
 		 635 aa  868    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2844  AMP-dependent synthetase and ligase  59.26 
 
 		 652 aa  785    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1046  AMP-dependent synthetase and ligase  62.14 
 
 		 634 aa  822    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.735408  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1779  AMP-dependent synthetase and ligase  59.4 
 
 		 631 aa  766    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.489551  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2568  AMP-dependent synthetase and ligase  59.62 
 
 		 662 aa  791    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4326  AMP-dependent synthetase and ligase  94.97 
 
 		 636 aa  1246    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.471144 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2622  AMP-dependent synthetase and ligase  52.47 
 
 		 642 aa  679    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  72.52 
 
 		 641 aa  937    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02393  hypothetical protein  54.23 
 
 		 626 aa  734    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4609  AMP-dependent synthetase and ligase  58.44 
 
 		 625 aa  745    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.341559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2298  AMP-dependent synthetase and ligase  64.22 
 
 		 633 aa  855    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.59059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1171  AMP-dependent synthetase and ligase  59.84 
 
 		 640 aa  802    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.263452  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0273  AMP-dependent synthetase and ligase  59.97 
 
 		 630 aa  801    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4396  AMP-dependent synthetase and ligase  87.87 
 
 		 636 aa  1140    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.185753 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003392  propionate--CoA ligase  54.55 
 
 		 625 aa  741    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14120  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  56.9 
 
 		 651 aa  737    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0156514  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2043  AMP-dependent synthetase and ligase  59.94 
 
 		 638 aa  793    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0081773  normal  0.454673 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1959  AMP-dependent synthetase and ligase  59.9 
 
 		 639 aa  772    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.330038  normal  0.184805 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4221  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 636 aa  1305    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.409374  normal  0.719321 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10660  acetyl-CoA synthetase  55.61 
 
 		 629 aa  721    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3748  AMP-dependent synthetase and ligase  82.66 
 
 		 641 aa  1108    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.159285  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4248  AMP-dependent synthetase and ligase  63.29 
 
 		 636 aa  873    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.193877 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1951  AMP-dependent synthetase and ligase  54.07 
 
 		 629 aa  680    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419294 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0613  AMP-dependent synthetase and ligase  58.07 
 
 		 643 aa  784    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1574  AMP-dependent synthetase and ligase  63.16 
 
 		 630 aa  840    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2393  AMP-dependent synthetase and ligase  60.67 
 
 		 627 aa  790    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000718613  hitchhiker  0.000862635 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4231  AMP-dependent synthetase and ligase  58.44 
 
 		 625 aa  746    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1532  AMP-dependent synthetase and ligase  59.42 
 
 		 652 aa  793    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.589921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0956  propionate--CoA ligase  53.96 
 
 		 632 aa  742    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1797  AMP-dependent synthetase and ligase  54.46 
 
 		 641 aa  721    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2319  AMP-dependent synthetase and ligase  59.39 
 
 		 635 aa  802    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2391  AMP-dependent synthetase and ligase  58.91 
 
 		 640 aa  799    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.977158 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0943  putative propionate--CoA ligase  83.78 
 
 		 634 aa  1110    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1396  AMP-dependent synthetase and ligase  58.08 
 
 		 632 aa  787    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.792119  normal  0.172808 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  58.13 
 
 		 638 aa  768    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0122187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2826  AMP-dependent synthetase and ligase  58.94 
 
 		 652 aa  787    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18150  putative acetyl-coa synthetase  54.24 
 
 		 628 aa  717    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1527  AMP-dependent synthetase and ligase  57.07 
 
 		 633 aa  711    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.369396  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1460  AMP-dependent synthetase and ligase  59.65 
 
 		 638 aa  793    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2795  AMP-dependent synthetase and ligase  57.8 
 
 		 634 aa  768    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1958  AMP-dependent synthetase and ligase  67.68 
 
 		 643 aa  888    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  70.3 
 
 		 638 aa  927    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.214924 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1791  AMP-dependent synthetase and ligase  52.72 
 
 		 629 aa  674    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.223336 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1511  propionate--CoA ligase  64.1 
 
 		 634 aa  839    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.919396  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  53.91 
 
 		 629 aa  700    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1675  AMP-dependent synthetase and ligase  58.75 
 
 		 640 aa  792    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1168  AMP-dependent synthetase and ligase  60.86 
 
 		 637 aa  806    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.313288  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2225  AMP-dependent synthetase and ligase  59.2 
 
 		 634 aa  798    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6467  AMP-dependent synthetase and ligase  58.97 
 
 		 627 aa  754    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0556456 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0878  AMP-dependent synthetase and ligase  60.22 
 
 		 631 aa  808    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000235453  normal  0.0118338 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1913  AMP-dependent synthetase and ligase  67.68 
 
 		 640 aa  881    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.633526 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1364  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase  58.31 
 
 		 644 aa  764    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1176  AMP-dependent synthetase and ligase  61.66 
 
 		 631 aa  813    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0407416 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4297  AMP-dependent synthetase and ligase  58.44 
 
 		 625 aa  746    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0348009  normal  0.537155 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1865  AMP-dependent synthetase and ligase  56.3 
 
 		 628 aa  746    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.610194  normal  0.170173 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  58.79 
 
 		 623 aa  777    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.884011 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  56.84 
 
 		 624 aa  728    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000665124  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1527  AMP-dependent synthetase and ligase  57.19 
 
 		 636 aa  709    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000383021 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4996  AMP-dependent synthetase and ligase  91.51 
 
 		 636 aa  1208    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32550  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  58.56 
 
 		 644 aa  772    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.113888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3221  AMP-dependent synthetase and ligase  58.7 
 
 		 640 aa  773    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0171767 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1562  propionyl-CoA synthetase  49.6 
 
 		 625 aa  605  9.999999999999999e-173  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2203  propionyl-CoA synthetase  49.68 
 
 		 629 aa  603  1.0000000000000001e-171  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.249852 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2185  propionyl-CoA synthetase  49.76 
 
 		 630 aa  600  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238065  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3790  AMP-dependent synthetase and ligase  49.21 
 
 		 633 aa  594  1e-168  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.20899  decreased coverage  0.0016859 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3965  propionyl-CoA synthetase  48.34 
 
 		 628 aa  586  1e-166  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123935 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2691  propionyl-CoA synthetase  48.57 
 
 		 632 aa  587  1e-166  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1020  propionyl-CoA synthetase  46.91 
 
 		 627 aa  579  1e-164  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1614  propionyl-CoA synthetase  47.39 
 
 		 630 aa  579  1e-164  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.1724  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2322  propionyl-CoA synthetase  48.41 
 
 		 631 aa  578  1.0000000000000001e-163  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.709656  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1825  propionyl-CoA synthetase  48.1 
 
 		 631 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1729  propionyl-CoA synthetase  45.67 
 
 		 633 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264678  normal  0.844585 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2016  propionyl-CoA synthetase  48.1 
 
 		 631 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.143176  normal  0.377009 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0395  propionyl-CoA synthetase  48.58 
 
 		 631 aa  565  1e-160  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2513  propionyl-CoA synthetase  48.73 
 
 		 631 aa  566  1e-160  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>