More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1460 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_2043  AMP-dependent synthetase and ligase  55.66 
 
 		 638 aa  728    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0081773  normal  0.454673 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1532  AMP-dependent synthetase and ligase  80.06 
 
 		 652 aa  1062    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.589921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1951  AMP-dependent synthetase and ligase  55.02 
 
 		 629 aa  695    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419294 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0825  AMP-dependent synthetase and ligase  60 
 
 		 630 aa  785    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1913  AMP-dependent synthetase and ligase  57.48 
 
 		 640 aa  728    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.633526 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2351  acetyl-CoA synthetase, putative  55.18 
 
 		 629 aa  696    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120484 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1460  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 638 aa  1315    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0917  acid-CoA ligase family protein  55.06 
 
 		 631 aa  719    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2234  AMP-dependent synthetase and ligase  57.17 
 
 		 643 aa  735    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.573086 
 
 
-
 
NC_004310  BR1731  propionate--CoA ligase  61.66 
 
 		 636 aa  786    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2826  AMP-dependent synthetase and ligase  79.59 
 
 		 652 aa  1057    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0613  AMP-dependent synthetase and ligase  58.11 
 
 		 643 aa  756    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1527  AMP-dependent synthetase and ligase  55.86 
 
 		 636 aa  707    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000383021 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1958  AMP-dependent synthetase and ligase  57.96 
 
 		 643 aa  741    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2568  AMP-dependent synthetase and ligase  84.65 
 
 		 662 aa  1121    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1721  AMP-dependent synthetase and ligase  80.22 
 
 		 652 aa  1068    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2671  AMP-dependent synthetase and ligase  57.32 
 
 		 624 aa  694    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1067  AMP-dependent synthetase and ligase  56.08 
 
 		 642 aa  732    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  54.7 
 
 		 629 aa  714    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1592  acyl-CoA sythetase  61.76 
 
 		 638 aa  810    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1288  propionate--CoA ligase  60.22 
 
 		 631 aa  791    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1125  propionate--CoA ligase  59.29 
 
 		 640 aa  790    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3221  AMP-dependent synthetase and ligase  87.26 
 
 		 640 aa  1166    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0171767 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4609  AMP-dependent synthetase and ligase  58.55 
 
 		 625 aa  731    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.341559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1046  AMP-dependent synthetase and ligase  60.79 
 
 		 634 aa  806    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.735408  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0956  propionate--CoA ligase  56.74 
 
 		 632 aa  735    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1959  AMP-dependent synthetase and ligase  62.56 
 
 		 639 aa  783    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.330038  normal  0.184805 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1779  AMP-dependent synthetase and ligase  55.12 
 
 		 631 aa  693    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.489551  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4326  AMP-dependent synthetase and ligase  60.28 
 
 		 636 aa  801    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.471144 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2622  AMP-dependent synthetase and ligase  54.96 
 
 		 642 aa  692    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2795  AMP-dependent synthetase and ligase  80.95 
 
 		 634 aa  1079    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0943  putative propionate--CoA ligase  58.81 
 
 		 634 aa  781    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2298  AMP-dependent synthetase and ligase  57.8 
 
 		 633 aa  744    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.59059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4996  AMP-dependent synthetase and ligase  58.65 
 
 		 636 aa  773    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1511  propionate--CoA ligase  60.45 
 
 		 634 aa  805    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.919396  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4396  AMP-dependent synthetase and ligase  59.55 
 
 		 636 aa  776    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.185753 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1890  propionate--CoA ligase  61.53 
 
 		 695 aa  790    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.964967  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1575  AMP-dependent synthetase and ligase  61.13 
 
 		 627 aa  773    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.134471 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4221  AMP-dependent synthetase and ligase  59.65 
 
 		 636 aa  793    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.409374  normal  0.719321 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0878  AMP-dependent synthetase and ligase  59.49 
 
 		 631 aa  786    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000235453  normal  0.0118338 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3748  AMP-dependent synthetase and ligase  57.82 
 
 		 641 aa  766    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.159285  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10660  acetyl-CoA synthetase  55.07 
 
 		 629 aa  716    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0273  AMP-dependent synthetase and ligase  62.08 
 
 		 630 aa  817    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1574  AMP-dependent synthetase and ligase  60.86 
 
 		 630 aa  803    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4231  AMP-dependent synthetase and ligase  58.55 
 
 		 625 aa  732    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1797  AMP-dependent synthetase and ligase  55.11 
 
 		 641 aa  711    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2971  AMP-dependent synthetase and ligase  80.06 
 
 		 652 aa  1062    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.420562 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2319  AMP-dependent synthetase and ligase  78.96 
 
 		 635 aa  1059    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1183  AMP-dependent synthetase and ligase  61.6 
 
 		 636 aa  791    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.918913  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2391  AMP-dependent synthetase and ligase  78.68 
 
 		 640 aa  1062    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.977158 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0872  AMP-dependent synthetase and ligase  59.58 
 
 		 640 aa  796    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1576  putative acetyl-coa synthetase  56.47 
 
 		 628 aa  719    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1396  AMP-dependent synthetase and ligase  54.65 
 
 		 632 aa  735    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.792119  normal  0.172808 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  78.45 
 
 		 638 aa  1051    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0122187  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18150  putative acetyl-coa synthetase  56.47 
 
 		 628 aa  716    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  58.39 
 
 		 626 aa  724    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.135947  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1527  AMP-dependent synthetase and ligase  55.06 
 
 		 633 aa  705    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.369396  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0245  AMP-dependent synthetase and ligase  61.76 
 
 		 630 aa  810    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1171  AMP-dependent synthetase and ligase  59.23 
 
 		 640 aa  783    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.263452  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02248  Propionyl CoA synthase  57.33 
 
 		 636 aa  751    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.267498  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2393  AMP-dependent synthetase and ligase  58.62 
 
 		 627 aa  733    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000718613  hitchhiker  0.000862635 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1176  AMP-dependent synthetase and ligase  60.7 
 
 		 631 aa  814    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0407416 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1675  AMP-dependent synthetase and ligase  78.21 
 
 		 640 aa  1050    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2844  AMP-dependent synthetase and ligase  80.06 
 
 		 652 aa  1061    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6467  AMP-dependent synthetase and ligase  58.23 
 
 		 627 aa  746    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0556456 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1168  AMP-dependent synthetase and ligase  58.47 
 
 		 637 aa  785    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.313288  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2225  AMP-dependent synthetase and ligase  59.71 
 
 		 634 aa  791    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003392  propionate--CoA ligase  56.93 
 
 		 625 aa  737    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  60.39 
 
 		 632 aa  780    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471619  hitchhiker  0.000000265688 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  57.25 
 
 		 638 aa  748    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.214924 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32550  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  59.19 
 
 		 644 aa  765    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.113888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1364  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase  72.89 
 
 		 644 aa  971    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1673  propionate--CoA ligase  61.83 
 
 		 636 aa  789    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1791  AMP-dependent synthetase and ligase  54.12 
 
 		 629 aa  678    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.223336 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4297  AMP-dependent synthetase and ligase  58.55 
 
 		 625 aa  732    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0348009  normal  0.537155 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1865  AMP-dependent synthetase and ligase  54.17 
 
 		 628 aa  691    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.610194  normal  0.170173 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  61.45 
 
 		 623 aa  786    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.884011 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  54.12 
 
 		 624 aa  675    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000665124  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1499  AMP-dependent synthetase and ligase  60.13 
 
 		 635 aa  780    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  58.92 
 
 		 641 aa  740    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14120  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  57.01 
 
 		 651 aa  706    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0156514  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02393  hypothetical protein  56.77 
 
 		 626 aa  726    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4248  AMP-dependent synthetase and ligase  56.87 
 
 		 636 aa  756    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.193877 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  57.8 
 
 		 635 aa  742    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0012  AMP-dependent synthetase and ligase  54.02 
 
 		 634 aa  709    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2688  AMP-dependent synthetase and ligase  58.76 
 
 		 641 aa  750    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.646779 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3790  AMP-dependent synthetase and ligase  49.28 
 
 		 633 aa  601  1e-170  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.20899  decreased coverage  0.0016859 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1562  propionyl-CoA synthetase  47.37 
 
 		 625 aa  589  1e-167  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1729  propionyl-CoA synthetase  48.49 
 
 		 633 aa  588  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264678  normal  0.844585 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2185  propionyl-CoA synthetase  48.33 
 
 		 630 aa  578  1e-164  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238065  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2037  propionyl-CoA synthetase  48.33 
 
 		 633 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1518  propionyl-CoA synthetase  47.39 
 
 		 632 aa  574  1.0000000000000001e-162  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2203  propionyl-CoA synthetase  48.48 
 
 		 629 aa  572  1.0000000000000001e-162  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.249852 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1204  propionyl-CoA synthetase  45.79 
 
 		 630 aa  570  1e-161  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1614  propionyl-CoA synthetase  47.06 
 
 		 630 aa  563  1.0000000000000001e-159  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.1724  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2691  propionyl-CoA synthetase  46.34 
 
 		 632 aa  558  1e-157  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2322  propionyl-CoA synthetase  46.43 
 
 		 631 aa  558  1e-157  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.709656  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0792  propionyl-CoA synthetase  46.18 
 
 		 626 aa  555  1e-157  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00519205  normal  0.139333 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1689  propionyl-CoA synthetase  45.94 
 
 		 636 aa  550  1e-155  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000127963  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1020  propionyl-CoA synthetase  44.5 
 
 		 627 aa  548  1e-154  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>