More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2900 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00289  predicted propionyl-CoA synthetase with ATPase domain  55.98 
 
 		 628 aa  719    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3271  propionate/CoA ligase  56.14 
 
 		 628 aa  721    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.954324  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0263  propionyl-CoA synthetase  56.83 
 
 		 636 aa  733    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.805785  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2170  propionyl-CoA synthetase  59.46 
 
 		 637 aa  724    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0671437  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1518  propionyl-CoA synthetase  56.76 
 
 		 632 aa  724    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0403  propionyl-CoA synthetase  55.98 
 
 		 628 aa  738    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000502757 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0899  propionyl-CoA synthetase  51.45 
 
 		 681 aa  699    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1204  propionyl-CoA synthetase  55.5 
 
 		 630 aa  724    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2185  propionyl-CoA synthetase  58.88 
 
 		 630 aa  729    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238065  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1020  propionyl-CoA synthetase  55.4 
 
 		 627 aa  746    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2691  propionyl-CoA synthetase  58.01 
 
 		 632 aa  757    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0302  propionyl-CoA synthetase  51.98 
 
 		 670 aa  694    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1804  propionyl-CoA synthetase  56.44 
 
 		 637 aa  724    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.540364 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2037  propionyl-CoA synthetase  57.26 
 
 		 633 aa  729    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1588  propionyl-CoA synthetase  56.92 
 
 		 666 aa  720    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.74588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0406  propionyl-CoA synthetase  56.14 
 
 		 628 aa  721    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2016  propionyl-CoA synthetase  57.42 
 
 		 631 aa  719    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.143176  normal  0.377009 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0366  propionyl-CoA synthetase  56.46 
 
 		 628 aa  723    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.708561 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2827  propionyl-CoA synthetase  56.2 
 
 		 641 aa  689    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0359  propionyl-CoA synthetase  56.14 
 
 		 628 aa  720    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2795  propionyl-CoA synthetase  57.75 
 
 		 634 aa  733    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.53121  normal  0.243025 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0405  propionyl-CoA synthetase  55.98 
 
 		 628 aa  739    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3290  propionyl-CoA synthetase  55.98 
 
 		 628 aa  718    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2322  propionyl-CoA synthetase  55.45 
 
 		 631 aa  723    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.709656  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0423  propionyl-CoA synthetase  55.98 
 
 		 628 aa  738    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.572013  normal  0.0604407 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0792  propionyl-CoA synthetase  74.88 
 
 		 626 aa  972    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00519205  normal  0.139333 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2513  propionyl-CoA synthetase  59.33 
 
 		 631 aa  743    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2633  propionyl-CoA synthetase  57.37 
 
 		 641 aa  712    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.587396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1339  propionyl-CoA synthetase  57.5 
 
 		 636 aa  728    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.744278 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1518  propionyl-CoA synthetase  50.76 
 
 		 681 aa  689    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.361962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2203  propionyl-CoA synthetase  56.89 
 
 		 629 aa  722    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.249852 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0395  propionyl-CoA synthetase  59.46 
 
 		 631 aa  747    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3790  AMP-dependent synthetase and ligase  50.8 
 
 		 633 aa  646    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.20899  decreased coverage  0.0016859 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00293  hypothetical protein  55.98 
 
 		 628 aa  719    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1689  propionyl-CoA synthetase  57.64 
 
 		 636 aa  724    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000127963  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0400  propionyl-CoA synthetase  55.82 
 
 		 628 aa  715    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1825  propionyl-CoA synthetase  57.42 
 
 		 631 aa  719    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3965  propionyl-CoA synthetase  59.42 
 
 		 628 aa  756    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123935 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0411  propionyl-CoA synthetase  55.98 
 
 		 628 aa  738    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101467 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0383  propionyl-CoA synthetase  52.38 
 
 		 626 aa  682    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1562  propionyl-CoA synthetase  55.43 
 
 		 625 aa  746    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1729  propionyl-CoA synthetase  57.1 
 
 		 633 aa  737    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264678  normal  0.844585 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2900  propionyl-CoA synthetase  100 
 
 		 649 aa  1330    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.915781  normal  0.677321 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0465  propionyl-CoA synthetase  55.98 
 
 		 628 aa  738    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0182759  hitchhiker  0.000616276 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1614  propionyl-CoA synthetase  55.98 
 
 		 630 aa  735    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.1724  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1396  AMP-dependent synthetase and ligase  48.33 
 
 		 632 aa  579  1e-164  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.792119  normal  0.172808 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1575  AMP-dependent synthetase and ligase  48.74 
 
 		 627 aa  558  1e-157  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.134471 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1890  propionate--CoA ligase  48.08 
 
 		 695 aa  556  1e-157  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.964967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0613  AMP-dependent synthetase and ligase  48.24 
 
 		 643 aa  556  1e-157  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0012  AMP-dependent synthetase and ligase  47.46 
 
 		 634 aa  552  1e-156  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4326  AMP-dependent synthetase and ligase  46.23 
 
 		 636 aa  555  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.471144 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4396  AMP-dependent synthetase and ligase  47.96 
 
 		 636 aa  552  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.185753 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4231  AMP-dependent synthetase and ligase  49.37 
 
 		 625 aa  553  1e-156  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4609  AMP-dependent synthetase and ligase  49.37 
 
 		 625 aa  553  1e-156  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.341559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4297  AMP-dependent synthetase and ligase  49.37 
 
 		 625 aa  553  1e-156  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0348009  normal  0.537155 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4221  AMP-dependent synthetase and ligase  45.43 
 
 		 636 aa  549  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.409374  normal  0.719321 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2393  AMP-dependent synthetase and ligase  48.33 
 
 		 627 aa  549  1e-155  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000718613  hitchhiker  0.000862635 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2671  AMP-dependent synthetase and ligase  48.81 
 
 		 624 aa  548  1e-154  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  46.19 
 
 		 638 aa  548  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0122187  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4996  AMP-dependent synthetase and ligase  45.89 
 
 		 636 aa  548  1e-154  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6467  AMP-dependent synthetase and ligase  47.95 
 
 		 627 aa  544  1e-153  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0556456 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0943  putative propionate--CoA ligase  45.9 
 
 		 634 aa  545  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1797  AMP-dependent synthetase and ligase  46.97 
 
 		 641 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10660  acetyl-CoA synthetase  47.54 
 
 		 629 aa  539  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02248  Propionyl CoA synthase  46.06 
 
 		 636 aa  539  9.999999999999999e-153  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.267498  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2319  AMP-dependent synthetase and ligase  46.74 
 
 		 635 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2391  AMP-dependent synthetase and ligase  46.39 
 
 		 640 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.977158 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0872  AMP-dependent synthetase and ligase  45.71 
 
 		 640 aa  539  9.999999999999999e-153  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32550  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  47.15 
 
 		 644 aa  539  9.999999999999999e-153  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.113888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  45.57 
 
 		 632 aa  538  1e-151  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471619  hitchhiker  0.000000265688 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2795  AMP-dependent synthetase and ligase  45.58 
 
 		 634 aa  536  1e-151  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1592  acyl-CoA sythetase  46.58 
 
 		 638 aa  538  1e-151  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1288  propionate--CoA ligase  46.45 
 
 		 631 aa  537  1e-151  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0245  AMP-dependent synthetase and ligase  46.58 
 
 		 630 aa  538  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2568  AMP-dependent synthetase and ligase  46.07 
 
 		 662 aa  536  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1675  AMP-dependent synthetase and ligase  46.39 
 
 		 640 aa  537  1e-151  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1125  propionate--CoA ligase  46.09 
 
 		 640 aa  532  1e-150  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1460  AMP-dependent synthetase and ligase  45.71 
 
 		 638 aa  534  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0273  AMP-dependent synthetase and ligase  45.95 
 
 		 630 aa  533  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1171  AMP-dependent synthetase and ligase  45.24 
 
 		 640 aa  535  1e-150  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.263452  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1959  AMP-dependent synthetase and ligase  46.51 
 
 		 639 aa  533  1e-150  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.330038  normal  0.184805 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  46.42 
 
 		 623 aa  533  1e-150  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.884011 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1721  AMP-dependent synthetase and ligase  46.02 
 
 		 652 aa  530  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4248  AMP-dependent synthetase and ligase  45.79 
 
 		 636 aa  528  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.193877 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0878  AMP-dependent synthetase and ligase  44.2 
 
 		 631 aa  531  1e-149  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000235453  normal  0.0118338 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3221  AMP-dependent synthetase and ligase  45.8 
 
 		 640 aa  531  1e-149  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0171767 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2688  AMP-dependent synthetase and ligase  46.18 
 
 		 641 aa  531  1e-149  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.646779 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3748  AMP-dependent synthetase and ligase  44.53 
 
 		 641 aa  530  1e-149  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.159285  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0956  propionate--CoA ligase  46.52 
 
 		 632 aa  529  1e-149  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  46.37 
 
 		 638 aa  529  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.214924 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1176  AMP-dependent synthetase and ligase  44.52 
 
 		 631 aa  530  1e-149  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0407416 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1364  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase  45.4 
 
 		 644 aa  531  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2043  AMP-dependent synthetase and ligase  45.17 
 
 		 638 aa  531  1e-149  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0081773  normal  0.454673 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003392  propionate--CoA ligase  46.04 
 
 		 625 aa  527  1e-148  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2351  acetyl-CoA synthetase, putative  46.93 
 
 		 629 aa  527  1e-148  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120484 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1958  AMP-dependent synthetase and ligase  47.33 
 
 		 643 aa  525  1e-148  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  46.06 
 
 		 629 aa  528  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2844  AMP-dependent synthetase and ligase  45.86 
 
 		 652 aa  525  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1499  AMP-dependent synthetase and ligase  45.38 
 
 		 635 aa  524  1e-147  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1865  AMP-dependent synthetase and ligase  46.67 
 
 		 628 aa  522  1e-147  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.610194  normal  0.170173 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>