113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3244 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3244  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  100 
 
 		 179 aa  361  4e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1596  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  28.82 
 
 		 165 aa  70.9  0.000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0735  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.27 
 
 		 154 aa  68.9  0.00000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.466982  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2983  CheD, stimulates methylation of MCP protein  27.06 
 
 		 175 aa  68.9  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1741  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  28.57 
 
 		 171 aa  67.8  0.00000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1421  CheD  30.36 
 
 		 160 aa  67  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.216006  normal  0.348077 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2845  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  33.12 
 
 		 161 aa  65.9  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.244077  normal  0.188439 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1727  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.44 
 
 		 154 aa  64.7  0.0000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2022  CheD, stimulates methylation of MCP protein  28.14 
 
 		 166 aa  63.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0493  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.7 
 
 		 161 aa  63.5  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4129  CheD  28.1 
 
 		 160 aa  62.8  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000670022  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1137  CheD  27.56 
 
 		 166 aa  63.5  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0176263  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0175  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  26.22 
 
 		 154 aa  62.8  0.000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.155132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2385  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  27.75 
 
 		 166 aa  62  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0800  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  30.64 
 
 		 167 aa  61.6  0.000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0621769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0221  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  26.83 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0450541  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0235  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.39 
 
 		 172 aa  61.2  0.000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.367659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0662  CheD, stimulates methylation of MCP protein  28.83 
 
 		 163 aa  60.8  0.000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.436046  normal  0.296152 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0977  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  24.56 
 
 		 156 aa  60.8  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2029  CheD, stimulates methylation of MCP protein  25.29 
 
 		 165 aa  60.5  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0111  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.73 
 
 		 166 aa  60.8  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.290541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3146  CheD  31.29 
 
 		 173 aa  60.5  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3209  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.28 
 
 		 162 aa  59.7  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000200637 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2617  CheD, stimulates methylation of MCP protein  25.29 
 
 		 165 aa  60.1  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2362  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  30.32 
 
 		 198 aa  58.9  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.45026  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  24.18 
 
 		 157 aa  58.5  0.00000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000154554  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  24.18 
 
 		 157 aa  58.5  0.00000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.375225  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07640  chemotaxis protein CheD  27.27 
 
 		 158 aa  58.5  0.00000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000135078  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0382  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  26.8 
 
 		 159 aa  58.2  0.00000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0955  CheD, stimulates methylation of MCP protein  30.06 
 
 		 173 aa  58.2  0.00000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1103  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.59 
 
 		 199 aa  58.2  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.766752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0963  CheD, stimulates methylation of MCP protein  26.88 
 
 		 199 aa  58.2  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00056  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.29 
 
 		 194 aa  58.2  0.00000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00180609  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0877  hypothetical protein  29.63 
 
 		 186 aa  57  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0303  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.64 
 
 		 184 aa  57  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00198735  normal  0.717495 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2439  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30 
 
 		 199 aa  56.6  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.310288  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0955  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  24.4 
 
 		 171 aa  56.2  0.0000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.301241  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0726  chemotaxis protein CheD, putative  27.61 
 
 		 220 aa  55.8  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.345445  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1844  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.78 
 
 		 198 aa  55.8  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494723 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0363  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.88 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.3362  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0398  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  27.12 
 
 		 183 aa  55.5  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.152516 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1791  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.73 
 
 		 199 aa  55.5  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0335  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.36 
 
 		 184 aa  55.5  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2024  CheD  25.45 
 
 		 162 aa  55.5  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1147  chemotaxis protein  24.07 
 
 		 170 aa  54.7  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.332567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2146  CheD  24.71 
 
 		 160 aa  54.7  0.0000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00139115  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3212  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  26.51 
 
 		 212 aa  54.7  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0712  CheD  28.82 
 
 		 157 aa  54.7  0.0000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1144  chemotaxis protein CheD, putative  28.57 
 
 		 131 aa  54.3  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000787559  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2326  chemotaxis protein CheD, putative  25 
 
 		 199 aa  53.5  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2687  hypothetical protein  26.14 
 
 		 161 aa  53.5  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0061  CheD, stimulates methylation of MCP protein  27.88 
 
 		 173 aa  52.4  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1308  CheD  22.86 
 
 		 163 aa  52.4  0.000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.950792  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1417  CheD  26.39 
 
 		 145 aa  52.4  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0653716  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0782  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.49 
 
 		 177 aa  52  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1382  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  25.77 
 
 		 201 aa  52  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00327904  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3201  chemotaxis protein CheD, putative  30.18 
 
 		 162 aa  51.6  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.945605  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1527  hypothetical protein  26.09 
 
 		 160 aa  52  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.101375 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4071  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.55 
 
 		 184 aa  52  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130637  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0669  CheD, stimulates methylation of MCP protein  30.41 
 
 		 163 aa  51.2  0.000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0620166  normal  0.293268 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1665  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  26.8 
 
 		 162 aa  51.2  0.000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00633684  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0982  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  25.81 
 
 		 151 aa  51.2  0.000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0240  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.91 
 
 		 183 aa  50.4  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.497247 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0909  chemotaxis protein CheD, putative  26.32 
 
 		 168 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1432  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  23.46 
 
 		 160 aa  50.1  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0284  hypothetical protein  28.3 
 
 		 188 aa  50.1  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1321  CheD, stimulates methylation of MCP protein  24.4 
 
 		 194 aa  49.7  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.776014  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1334  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.08 
 
 		 137 aa  48.9  0.00004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.104931  normal  0.313636 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3300  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  24.38 
 
 		 170 aa  48.5  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0877  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  24.18 
 
 		 161 aa  48.5  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.312761  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1986  CheD family protein  23.31 
 
 		 156 aa  48.1  0.00007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0103025  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3628  hypothetical protein  29.75 
 
 		 180 aa  48.1  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0550026 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2419  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  24.86 
 
 		 160 aa  47  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.333698  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3211  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  26.54 
 
 		 187 aa  47.4  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.192174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2899  CheD, stimulates methylation of MCP protein  26.9 
 
 		 198 aa  47.4  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5563900000000001e-18 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1430  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  22.56 
 
 		 178 aa  47.4  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.166298  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1395  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  28.83 
 
 		 201 aa  46.2  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.520006 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1782  CheD  25.43 
 
 		 234 aa  45.8  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.544534 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2581  CheD  26.42 
 
 		 159 aa  45.8  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3294  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  23.84 
 
 		 175 aa  45.4  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.370177 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2161  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  26.32 
 
 		 216 aa  45.4  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.847826  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0941  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  24.18 
 
 		 163 aa  45.4  0.0004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.326065  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0439  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  25.93 
 
 		 210 aa  45.1  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00596403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0638  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  22.29 
 
 		 171 aa  44.7  0.0007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0629  CheD  21.69 
 
 		 171 aa  44.7  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0701  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  30.12 
 
 		 167 aa  44.7  0.0008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0356622  normal  0.347186 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1931  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  23.08 
 
 		 203 aa  43.9  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2243  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  22.82 
 
 		 206 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.030336  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2485  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  26.11 
 
 		 159 aa  44.3  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.380035  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3362  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  23.53 
 
 		 241 aa  43.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0117903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2116  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  23.03 
 
 		 206 aa  43.1  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0153  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  25.93 
 
 		 233 aa  43.1  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2360  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  22.82 
 
 		 206 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.24573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2102  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  22.82 
 
 		 206 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.28508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1854  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  25.6 
 
 		 164 aa  43.1  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2563  CheD  28.4 
 
 		 175 aa  43.5  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.236478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3178  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  22.82 
 
 		 234 aa  42.7  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2855  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  22.82 
 
 		 234 aa  42.4  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0072  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  22.82 
 
 		 234 aa  42.4  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3932  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  22.82 
 
 		 234 aa  42.4  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.329787  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>