59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2134 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2134  capsule polysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 679 aa  1377    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3420  capsule polysaccharide biosynthesis  53.41 
 
 		 683 aa  646    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1560  capsule polysaccharide biosynthesis  52.86 
 
 		 663 aa  632  1e-180  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.025532  normal  0.0249289 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2255  putative capsule polysaccharide export protein  48.23 
 
 		 658 aa  512  1e-144  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.729539 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02818  Capsule polysaccharide export protein KpsC  41.6 
 
 		 675 aa  402  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000081315  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02768  hypothetical protein  41.6 
 
 		 675 aa  402  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000859987  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3223  polysialic acid capsule polysaccharide export protein KpsC  40.9 
 
 		 677 aa  392  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5948  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  39.91 
 
 		 699 aa  371  1e-101  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2755  capsule polysaccharide biosynthesis  40.46 
 
 		 674 aa  366  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.723522  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001778  capsule polysaccharide modification protein  37.88 
 
 		 658 aa  362  9e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2595  capsule polysaccharide biosynthesis  37.43 
 
 		 683 aa  362  1e-98  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00683877 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2616  capsule polysaccharide biosynthesis protein  40.58 
 
 		 684 aa  354  4e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0463  polysaccharide export protein  39.69 
 
 		 665 aa  350  6e-95  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.45624  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2216  polysaccharide export protein  39 
 
 		 650 aa  342  2e-92  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.245029  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0318  capsular polysaccharide export protein KpsC  31.99 
 
 		 675 aa  337  5e-91  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2331  capsule polysaccharide biosynthesis  37.54 
 
 		 695 aa  337  5e-91  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1314  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  37.6 
 
 		 657 aa  334  3e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3912  capsule polysaccharide biosynthesis protein  38.64 
 
 		 673 aa  316  7e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5736  capsule polysaccharide modification protein  37.2 
 
 		 682 aa  316  8e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1504  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  34.97 
 
 		 653 aa  316  8e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1413  capsule polysaccharide export protein KpsC  29.75 
 
 		 689 aa  315  9.999999999999999e-85  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.38162  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1601  capsule polysaccharide export protein KpsC  30.02 
 
 		 690 aa  314  2.9999999999999996e-84  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.420763  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1941  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  38.03 
 
 		 658 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1747  capsule polysaccharide export protein KpsC  29.45 
 
 		 688 aa  308  2.0000000000000002e-82  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0321  capsule polysaccharide biosynthesis protein  37.84 
 
 		 661 aa  298  2e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3917  capsule polysaccharide biosynthesis protein  35.82 
 
 		 714 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.442533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3257  capsular polysaccharide biosynthesis protein  36.11 
 
 		 578 aa  270  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1080  putative capsule polysaccharide biosynthesis/export protein  36.11 
 
 		 671 aa  268  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.800995  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3292  capsular polysaccharide biosynthesis protein  36.11 
 
 		 578 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.333396  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2309  capsule polysaccharide biosynthesis/export protein, putative  36.11 
 
 		 671 aa  268  2e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.301834  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3303  WcbA  36.11 
 
 		 671 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.334534  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0519  putative capsule polysaccharide biosynthesis/export protein  37.34 
 
 		 525 aa  265  2e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.405208  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2187  putative capsule polysaccharide biosynthesis/export protein  37.34 
 
 		 525 aa  265  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3857  capsule polysaccharide biosynthesis  36.63 
 
 		 616 aa  249  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.211188 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1163  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  39.85 
 
 		 671 aa  240  5e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0373646  normal  0.786795 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0738  capsule polysaccharide biosynthesis protein  36.67 
 
 		 685 aa  238  3e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1325  WcbA  38.99 
 
 		 676 aa  234  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2453  capsule polysaccharide biosynthesis protein  40.78 
 
 		 513 aa  223  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.993176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0285  capsule polysaccharide biosynthesis  34.21 
 
 		 642 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.812993  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0769  capsule polysaccharide biosynthesis  34.21 
 
 		 645 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1535  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  43.93 
 
 		 346 aa  212  2e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2085  capsule polysaccharide biosynthesis protein  44.6 
 
 		 373 aa  212  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.817087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2619  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  42.95 
 
 		 347 aa  207  5e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3012  capsule polysaccharide biosynthesis protein  42.95 
 
 		 347 aa  207  5e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0948  capsule polysaccharide biosynthesis protein  43.99 
 
 		 500 aa  201  3e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.46852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4923  capsule polysaccharide biosynthesis  46.08 
 
 		 355 aa  199  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0644  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  35.41 
 
 		 560 aa  199  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.91013 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1286  capsule polysaccharide biosynthesis  42.44 
 
 		 437 aa  197  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.395245  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2760  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  35.04 
 
 		 649 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0643593 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2537  capsule polysaccharide biosynthesis protein  35.86 
 
 		 649 aa  189  1e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2465  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  34.55 
 
 		 650 aa  186  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0602481 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4999  capsule polysaccharide biosynthesis protein  41.57 
 
 		 341 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.851528  normal  0.0115997 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0612  putative polysaccharide export protein  44.09 
 
 		 326 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.976208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0731  capsule polysaccharide biosynthesis  38.38 
 
 		 326 aa  154  7e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4993  capsule polysaccharide biosynthesis protein  34.36 
 
 		 433 aa  153  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0145163 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1310  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  29.01 
 
 		 747 aa  120  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5737  capsule polysaccharide modification protein  28.06 
 
 		 461 aa  47.4  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0748  capsule polysaccharide biosynthesis protein  33.83 
 
 		 402 aa  44.7  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0536  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.11 
 
 		 754 aa  44.3  0.008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0012986  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>