62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1560 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1560  capsule polysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 663 aa  1303    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.025532  normal  0.0249289 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2134  capsule polysaccharide biosynthesis  52.86 
 
 		 679 aa  632  1e-180  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3420  capsule polysaccharide biosynthesis  52.79 
 
 		 683 aa  601  1e-170  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2255  putative capsule polysaccharide export protein  48.38 
 
 		 658 aa  487  1e-136  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.729539 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2755  capsule polysaccharide biosynthesis  39.87 
 
 		 674 aa  359  7e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.723522  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02818  Capsule polysaccharide export protein KpsC  38.57 
 
 		 675 aa  358  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000081315  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02768  hypothetical protein  38.57 
 
 		 675 aa  358  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000859987  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3223  polysialic acid capsule polysaccharide export protein KpsC  39.39 
 
 		 677 aa  355  1e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2595  capsule polysaccharide biosynthesis  37.3 
 
 		 683 aa  345  2e-93  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00683877 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2216  polysaccharide export protein  40.47 
 
 		 650 aa  343  5.999999999999999e-93  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.245029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5736  capsule polysaccharide modification protein  36.92 
 
 		 682 aa  334  3e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2616  capsule polysaccharide biosynthesis protein  38.8 
 
 		 684 aa  332  1e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3912  capsule polysaccharide biosynthesis protein  39.9 
 
 		 673 aa  332  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1941  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  40.73 
 
 		 658 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0321  capsule polysaccharide biosynthesis protein  40.92 
 
 		 661 aa  322  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2331  capsule polysaccharide biosynthesis  37.6 
 
 		 695 aa  318  2e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001778  capsule polysaccharide modification protein  36.72 
 
 		 658 aa  317  6e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0463  polysaccharide export protein  39.15 
 
 		 665 aa  316  7e-85  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.45624  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3917  capsule polysaccharide biosynthesis protein  40.44 
 
 		 714 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.442533  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0318  capsular polysaccharide export protein KpsC  30.53 
 
 		 675 aa  315  2.9999999999999996e-84  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1413  capsule polysaccharide export protein KpsC  31.36 
 
 		 689 aa  305  2.0000000000000002e-81  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.38162  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5948  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  37.96 
 
 		 699 aa  304  3.0000000000000004e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1314  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  36.6 
 
 		 657 aa  303  7.000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1747  capsule polysaccharide export protein KpsC  30.6 
 
 		 688 aa  300  6e-80  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1601  capsule polysaccharide export protein KpsC  30.62 
 
 		 690 aa  295  2e-78  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.420763  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1504  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  35.03 
 
 		 653 aa  289  1e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3857  capsule polysaccharide biosynthesis  41.71 
 
 		 616 aa  240  5.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.211188 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2453  capsule polysaccharide biosynthesis protein  43.87 
 
 		 513 aa  240  5.999999999999999e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.993176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0948  capsule polysaccharide biosynthesis protein  45.33 
 
 		 500 aa  240  6.999999999999999e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.46852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1080  putative capsule polysaccharide biosynthesis/export protein  36.35 
 
 		 671 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.800995  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3303  WcbA  36.93 
 
 		 671 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.334534  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2309  capsule polysaccharide biosynthesis/export protein, putative  36.35 
 
 		 671 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.301834  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3257  capsular polysaccharide biosynthesis protein  36.8 
 
 		 578 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3292  capsular polysaccharide biosynthesis protein  36.93 
 
 		 578 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.333396  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2187  putative capsule polysaccharide biosynthesis/export protein  36.9 
 
 		 525 aa  232  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0519  putative capsule polysaccharide biosynthesis/export protein  36.9 
 
 		 525 aa  232  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.405208  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0738  capsule polysaccharide biosynthesis protein  37 
 
 		 685 aa  231  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0644  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  46.35 
 
 		 560 aa  229  9e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.91013 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1325  WcbA  40.91 
 
 		 676 aa  228  3e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2760  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  40.45 
 
 		 649 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0643593 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2537  capsule polysaccharide biosynthesis protein  39.29 
 
 		 649 aa  220  6e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1286  capsule polysaccharide biosynthesis  47.68 
 
 		 437 aa  219  1e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.395245  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1163  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  37.72 
 
 		 671 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0373646  normal  0.786795 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0285  capsule polysaccharide biosynthesis  38.97 
 
 		 642 aa  217  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.812993  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0769  capsule polysaccharide biosynthesis  38.97 
 
 		 645 aa  217  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2085  capsule polysaccharide biosynthesis protein  45.85 
 
 		 373 aa  214  5.999999999999999e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.817087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3012  capsule polysaccharide biosynthesis protein  45.03 
 
 		 347 aa  210  7e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2619  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  45.03 
 
 		 347 aa  210  7e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2465  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  41.03 
 
 		 650 aa  206  9e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0602481 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1535  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  44 
 
 		 346 aa  200  7.999999999999999e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4923  capsule polysaccharide biosynthesis  43.19 
 
 		 355 aa  179  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4999  capsule polysaccharide biosynthesis protein  41.2 
 
 		 341 aa  170  7e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.851528  normal  0.0115997 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4993  capsule polysaccharide biosynthesis protein  41.52 
 
 		 433 aa  162  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0145163 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0612  putative polysaccharide export protein  42.97 
 
 		 326 aa  150  5e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.976208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0731  capsule polysaccharide biosynthesis  36.42 
 
 		 326 aa  146  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1310  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  32.82 
 
 		 747 aa  115  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2589  hypothetical protein  46.67 
 
 		 1460 aa  50.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.305745  hitchhiker  0.0036664 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1356  capsule polysaccharide biosynthesis protein  33.86 
 
 		 359 aa  49.7  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3217  capsule polysaccharide biosynthesis protein  29.68 
 
 		 398 aa  48.5  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3256  capsule polysaccharide biosynthesis protein  29.68 
 
 		 398 aa  48.5  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3268  capsule polysaccharide biosynthesis protein  29.68 
 
 		 398 aa  48.5  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001779  region 2 capsular polysaccharide biosynthesis protein  24.07 
 
 		 509 aa  44.7  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>