More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0133 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE0133  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 249 aa  503  1e-141  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.331932  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5646  regulatory protein GntR HTH  29.44 
 
 		 227 aa  64.7  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  45.68 
 
 		 241 aa  64.3  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  43.21 
 
 		 243 aa  63.2  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  43.82 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  47.44 
 
 		 240 aa  62  0.000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  47.44 
 
 		 240 aa  61.2  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 255 aa  60.8  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  42.5 
 
 		 239 aa  60.5  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  45.95 
 
 		 237 aa  59.7  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4809  transcriptional regulator PdhR  40.74 
 
 		 263 aa  58.5  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1662  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 245 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00118308  normal  0.121792 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 238 aa  58.2  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 255 aa  58.2  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 261 aa  58.2  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  35.51 
 
 		 248 aa  57.8  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  45 
 
 		 227 aa  57.8  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03670  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 		 268 aa  57.4  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.99262 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2087  fatty acid responsive transcription factor FadR domain protein  27.66 
 
 		 233 aa  57  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30946e-19 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  41.89 
 
 		 228 aa  57  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  41.89 
 
 		 230 aa  57  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4262  regulatory protein GntR HTH  28.37 
 
 		 244 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  42.65 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  42.65 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  42.31 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  42.65 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  40.51 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  40.51 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  40.51 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  40.51 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0673  transcriptional regulator PdhR  42.05 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  42.65 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  42.65 
 
 		 257 aa  55.8  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2130  regulatory protein GntR HTH  35.51 
 
 		 233 aa  55.5  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0857174  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1195  GntR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187106  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0366  GntR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 288 aa  55.5  0.0000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  23.92 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  27.61 
 
 		 231 aa  55.5  0.0000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5046  GntR domain protein  27.95 
 
 		 240 aa  55.5  0.0000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3364  transcriptional regulator PdhR  42.31 
 
 		 254 aa  55.1  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0485553  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0530  GntR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.710712  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3492  transcriptional regulator PdhR  42.31 
 
 		 254 aa  55.1  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.593618  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  30.51 
 
 		 268 aa  55.1  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1035  transcriptional regulator PdhR  42.31 
 
 		 278 aa  54.7  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.778574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  24.4 
 
 		 218 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4009  regulatory protein GntR, HTH  28.44 
 
 		 245 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  42.47 
 
 		 222 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0195  putative transcriptional regulator  22.62 
 
 		 228 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.361489  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3742  GntR domain-containing protein  24.55 
 
 		 269 aa  55.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4358  regulatory protein GntR, HTH  28.44 
 
 		 245 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 270 aa  54.3  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1986  regulatory protein GntR, HTH  36.29 
 
 		 258 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 239 aa  54.3  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1260  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 235 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  23.44 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  24.19 
 
 		 270 aa  54.3  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000005482  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  41.1 
 
 		 255 aa  53.9  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  39.73 
 
 		 256 aa  53.9  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0659  transcriptional regulator PdhR  42.31 
 
 		 254 aa  54.3  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.01329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  43.48 
 
 		 231 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002549  transcriptional repressor for pyruvate dehydrogenase complex  41.1 
 
 		 255 aa  54.3  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 252 aa  54.3  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  25.35 
 
 		 224 aa  54.3  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3635  regulatory protein GntR, HTH  42.17 
 
 		 248 aa  54.3  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0356922  normal  0.468942 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2929  GntR domain-containing protein  41.43 
 
 		 257 aa  54.3  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.532881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 242 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  38.71 
 
 		 247 aa  53.5  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  23.92 
 
 		 218 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  37.8 
 
 		 257 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  37.8 
 
 		 257 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4241  regulatory protein GntR HTH  26.51 
 
 		 245 aa  53.5  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000218359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  38.71 
 
 		 247 aa  53.5  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  37.8 
 
 		 257 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  38.71 
 
 		 247 aa  53.5  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0011  GntR domain protein  23.39 
 
 		 254 aa  53.5  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  41.03 
 
 		 254 aa  53.5  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  41.03 
 
 		 254 aa  53.5  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  37.8 
 
 		 257 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  37.8 
 
 		 257 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  36.99 
 
 		 238 aa  53.5  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3125  GntR domain-containing protein  41.94 
 
 		 248 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.062959 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0620  GntR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 254 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 246 aa  53.1  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2928  transcriptional regulator  43.66 
 
 		 249 aa  53.1  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0871114  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1994  GntR domain-containing protein  36 
 
 		 240 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.122046  normal  0.944631 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 246 aa  53.1  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01470  putative transcriptional regulator  26.22 
 
 		 228 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.763826 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2626  transcriptional regulator PdhR  43.06 
 
 		 256 aa  52.8  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  42.31 
 
 		 258 aa  52.8  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3767  regulatory protein GntR, HTH  26.51 
 
 		 261 aa  52.8  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000910713  normal  0.101212 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1561  regulatory protein GntR HTH  26.44 
 
 		 234 aa  52.8  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000597737  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  41.43 
 
 		 254 aa  52.4  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  41.43 
 
 		 254 aa  52.4  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  41.43 
 
 		 254 aa  52.4  0.000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3206  regulatory protein GntR, HTH  42.62 
 
 		 236 aa  52.4  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  41.43 
 
 		 254 aa  52.4  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>