More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1561 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1561  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 		 234 aa  479  1e-134  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000597737  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  32.16 
 
 		 254 aa  79  0.00000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  32.45 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  28.88 
 
 		 256 aa  76.6  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  31.58 
 
 		 254 aa  73.9  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  28.33 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  31.65 
 
 		 258 aa  73.2  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  28.63 
 
 		 255 aa  73.6  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  27.22 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0673  transcriptional regulator PdhR  32.91 
 
 		 254 aa  72.4  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  30.99 
 
 		 254 aa  72.4  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002549  transcriptional repressor for pyruvate dehydrogenase complex  27.83 
 
 		 255 aa  72  0.000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5646  regulatory protein GntR HTH  29.56 
 
 		 227 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5046  GntR domain protein  31.13 
 
 		 240 aa  70.5  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  26.67 
 
 		 250 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 255 aa  70.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  28.33 
 
 		 250 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  27.78 
 
 		 250 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  30.82 
 
 		 254 aa  70.5  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  27.22 
 
 		 250 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  25.85 
 
 		 231 aa  69.3  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  27.78 
 
 		 250 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2928  transcriptional regulator  32.09 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0871114  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  27.78 
 
 		 250 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  27.78 
 
 		 250 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  27.78 
 
 		 250 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  29.78 
 
 		 240 aa  68.9  0.00000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0165  transcriptional regulator PdhR  31.45 
 
 		 254 aa  68.6  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0170  transcriptional regulator PdhR  31.45 
 
 		 254 aa  68.6  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0164  transcriptional regulator PdhR  31.45 
 
 		 254 aa  68.6  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.754019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0164  transcriptional regulator PdhR  31.45 
 
 		 254 aa  68.6  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0173  transcriptional regulator PdhR  31.45 
 
 		 254 aa  68.6  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0149565  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  33.58 
 
 		 254 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  33.58 
 
 		 254 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  33.58 
 
 		 254 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  33.58 
 
 		 254 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  33.58 
 
 		 254 aa  67.8  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  33.58 
 
 		 254 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  33.58 
 
 		 254 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  33.58 
 
 		 254 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  27.78 
 
 		 250 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  33.58 
 
 		 254 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0659  transcriptional regulator PdhR  28.65 
 
 		 254 aa  67.4  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.01329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  29.76 
 
 		 241 aa  67  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  27.22 
 
 		 250 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 255 aa  66.6  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  27.22 
 
 		 250 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  27.22 
 
 		 250 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  27.22 
 
 		 250 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  26.24 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13020  transcriptional regulator, GntR family  32.24 
 
 		 230 aa  66.2  0.0000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00181332  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  28.12 
 
 		 255 aa  65.9  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2645  GntR domain protein  28.57 
 
 		 254 aa  65.1  0.0000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 255 aa  65.1  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  23.64 
 
 		 252 aa  65.5  0.0000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 255 aa  65.1  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10597  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 240 aa  65.1  0.0000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  28.12 
 
 		 255 aa  65.1  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.95 
 
 		 255 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  28.33 
 
 		 240 aa  64.3  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8203  transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 		 224 aa  64.7  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  32.1 
 
 		 235 aa  64.7  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 255 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5449  GntR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 247 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179216  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 252 aa  63.9  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  26.11 
 
 		 250 aa  64.3  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2626  transcriptional regulator PdhR  31.94 
 
 		 256 aa  64.3  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2187  GntR domain-containing protein  26.7 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327996  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  29.45 
 
 		 255 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00680  transcriptional regulator, GntR family  29.53 
 
 		 230 aa  63.5  0.000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4323  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  30.23 
 
 		 258 aa  63.5  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.469986 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  27.17 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 254 aa  63.5  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2727  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.45563  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2771  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.908882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  30.06 
 
 		 255 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  28.83 
 
 		 255 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  23.79 
 
 		 227 aa  62.4  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  27.91 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3364  transcriptional regulator PdhR  28.07 
 
 		 254 aa  62.4  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0485553  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3492  transcriptional regulator PdhR  28.07 
 
 		 254 aa  62.4  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.593618  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2942  regulatory protein GntR, HTH  27.03 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0684718  normal  0.415025 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 218 aa  62  0.000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  22.91 
 
 		 239 aa  62  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  26.04 
 
 		 245 aa  62.4  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1035  transcriptional regulator PdhR  28.07 
 
 		 278 aa  62  0.000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.778574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  28.57 
 
 		 242 aa  62  0.000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  27.17 
 
 		 218 aa  62  0.000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 233 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11478  transcriptional regulator, GntR family protein  30.59 
 
 		 233 aa  61.2  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 255 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 255 aa  61.6  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  27.17 
 
 		 218 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  27.17 
 
 		 218 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5438  transcriptional regulator GntR family  29.45 
 
 		 251 aa  60.8  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  27.27 
 
 		 229 aa  60.8  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  29.71 
 
 		 257 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2805  GntR domain protein  25.84 
 
 		 226 aa  60.5  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232435 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  28.22 
 
 		 261 aa  60.8  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>