49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1105 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1105  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 143 aa  285  1e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3148  MarR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 145 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1036  MarR family transcriptional regulator  68.67 
 
 		 85 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0755699  normal  0.33215 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1851  putative transcription regulator protein  43.94 
 
 		 155 aa  110  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0882274 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2962  MarR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 167 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.273789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0033  MarR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 179 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.674408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4073  regulatory protein MarR  50.98 
 
 		 147 aa  105  2e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3090  MarR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 180 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.742362  normal  0.0240914 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2119  transcriptional regulator, MarR family  43.28 
 
 		 157 aa  103  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.024767  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3659  transcriptional regulator, MarR family  45.54 
 
 		 158 aa  99  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2725  MarR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 155 aa  97.1  7e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0218  transcriptional regulator, MarR family  34.07 
 
 		 147 aa  95.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.812852  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0247  transcriptional regulator, MarR family  33.57 
 
 		 144 aa  94.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.427949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1721  transcriptional regulator, MarR family  50 
 
 		 163 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00761179 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4041  transcriptional regulator, MarR family  38.06 
 
 		 148 aa  94  6e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00474505 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1510  MarR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 202 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.48899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1446  regulatory protein MarR  50 
 
 		 172 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.363143 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0570  transcriptional regulator, MarR family  37.78 
 
 		 182 aa  92.4  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7572  MarR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 120 aa  92.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.334698 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5361  MarR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 189 aa  92.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000465127  normal  0.0688552 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3646  transcriptional regulator, MarR family  46.24 
 
 		 151 aa  91.7  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.571582 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1849  putative transcription regulator protein  35.34 
 
 		 157 aa  91.3  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0705598  normal  0.0434545 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3441  MarR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 189 aa  91.3  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933202  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4926  MarR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 189 aa  91.3  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000000606834  normal  0.054891 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4358  MarR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 148 aa  90.5  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000202613  unclonable  0.00000493526 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4875  MarR family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 148 aa  88.6  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000623298  hitchhiker  0.0000000014051 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2156  MarR family transcriptional regulator  49.45 
 
 		 154 aa  88.2  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.851939 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0765  MarR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 161 aa  87.4  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00380869  hitchhiker  0.0000756657 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3934  MarR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 151 aa  84.3  5e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.530394  decreased coverage  0.00586866 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12043  hypothetical protein  33.59 
 
 		 143 aa  79.3  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.506773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0862  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 152 aa  66.2  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.529832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1560  MarR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 151 aa  54.7  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2732  hypothetical protein  34 
 
 		 157 aa  48.5  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 148 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2122  MarR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 169 aa  44.7  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000649422  normal  0.111554 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0187  transcriptional regulator, MarR family  38.1 
 
 		 153 aa  44.7  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.713112  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3223  transcriptional regulator, MarR family  33.78 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6090  transcriptional regulator, MarR family  24.77 
 
 		 155 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.441137  normal  0.170401 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6943  MarR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 148 aa  42.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0283  hypothetical protein  29.25 
 
 		 151 aa  42  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000125013  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002424  transcriptional regulator MarR family/GCN5-related N-acetyltransferase  30.95 
 
 		 301 aa  41.6  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3626  MarR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 160 aa  42  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00335375  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1899  transcriptional regulator SlyA  28.32 
 
 		 146 aa  41.2  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0947823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4078  MarR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 175 aa  41.6  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.419804 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3385  transcriptional regulator, MarR family  32.39 
 
 		 147 aa  41.2  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.824794  hitchhiker  0.00000813466 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1614  transcriptional regulator SlyA  27.43 
 
 		 146 aa  40.4  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.550286 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1730  transcriptional regulator SlyA  27.43 
 
 		 146 aa  40.4  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00443681  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1642  transcriptional regulator, MarR family  24.78 
 
 		 150 aa  40.4  0.008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03639  hypothetical protein  26.51 
 
 		 283 aa  40  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>