95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4904 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009508  Swit_4904  hypothetical protein  100 
 
 		 114 aa  232  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.290887 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5096  hypothetical protein  99.1 
 
 		 156 aa  223  8e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.495591 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2451  integrase catalytic subunit  85.59 
 
 		 326 aa  195  2.0000000000000003e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.908146 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5505  Integrase catalytic region  78.38 
 
 		 326 aa  179  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5451  Integrase catalytic region  78.38 
 
 		 326 aa  179  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6453  Integrase catalytic region  75.68 
 
 		 326 aa  177  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3086  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.864475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2866  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3112  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2819  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2674  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2665  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.224592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2358  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0867438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2329  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137968  normal  0.366873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2135  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2047  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1964  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1945  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1932  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.827485 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1492  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.246201  normal  0.113657 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1299  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1018  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.759642 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0872  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.453841 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0865  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0660  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0640  helix-turn-helix, Fis-type  79.28 
 
 		 326 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.337003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2082  helix-turn-helix, Fis-type  78.38 
 
 		 326 aa  175  2e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2099  helix-turn-helix, Fis-type  78.38 
 
 		 326 aa  175  2e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4138  integrase catalytic subunit  75.68 
 
 		 326 aa  174  4e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3106  helix-turn-helix, Fis-type  75.68 
 
 		 326 aa  171  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.969035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2433  helix-turn-helix, Fis-type  75.68 
 
 		 326 aa  171  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0656957 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2941  helix-turn-helix, Fis-type  75.68 
 
 		 326 aa  171  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2879  helix-turn-helix, Fis-type  75.68 
 
 		 326 aa  171  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.676741  normal  0.87637 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2865  helix-turn-helix, Fis-type  75.68 
 
 		 326 aa  171  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2407  helix-turn-helix, Fis-type  75.68 
 
 		 326 aa  171  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.49226  normal  0.362833 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1143  helix-turn-helix, Fis-type  75.68 
 
 		 326 aa  171  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.765117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0254  helix-turn-helix, Fis-type  75.68 
 
 		 785 aa  171  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3099  helix-turn-helix, Fis-type  76.36 
 
 		 479 aa  170  5e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1541  helix-turn-helix, Fis-type  76.36 
 
 		 495 aa  170  5e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0870  helix-turn-helix, Fis-type  75.68 
 
 		 353 aa  170  5e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.465972 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3826  integrase catalytic subunit  74.77 
 
 		 326 aa  169  1e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4624  helix-turn-helix, fis-type  72.07 
 
 		 156 aa  169  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.318976  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1264  putative transposase  72.07 
 
 		 138 aa  161  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2281  Integrase catalytic region  53.77 
 
 		 324 aa  110  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00884942  normal  0.0771332 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0886  Integrase catalytic region  53.77 
 
 		 324 aa  110  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2662  Integrase catalytic region  53.77 
 
 		 324 aa  110  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.197853  normal  0.0870551 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2282  Integrase catalytic region  53.77 
 
 		 324 aa  110  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0155582  normal  0.016893 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5077  integrase catalytic subunit  96.08 
 
 		 266 aa  102  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6150  hypothetical protein  72.31 
 
 		 82 aa  99  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.25111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4151  integrase catalytic region  29.36 
 
 		 347 aa  50.8  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3130  integrase catalytic region  27.78 
 
 		 347 aa  49.3  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0645  conserved hypothetical transposase  27.45 
 
 		 259 aa  45.1  0.0004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0437717  normal  0.451912 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0541  putative transposase integrase  26.44 
 
 		 379 aa  44.7  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4350  putative transposase  26.44 
 
 		 379 aa  44.7  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4349  putative transposase  26.44 
 
 		 379 aa  44.7  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.732851  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4261  putative transposase  26.44 
 
 		 379 aa  44.7  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.234878 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3643  putative transposase  26.44 
 
 		 379 aa  44.7  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1100  conserved hypothetical transposase  27.45 
 
 		 259 aa  44.3  0.0006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00213813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0362  integrase, catalytic region  25.71 
 
 		 337 aa  43.9  0.0007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.540687  hitchhiker  0.0000859615 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5614  putative transposase  32.11 
 
 		 208 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.147736 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0395  hypothetical protein  30.85 
 
 		 191 aa  43.9  0.0008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5697  transposase  26.92 
 
 		 377 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.308774  normal  0.641944 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0649  Integrase catalytic region  28.43 
 
 		 327 aa  43.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.387806  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2098  Integrase catalytic region  27.45 
 
 		 327 aa  43.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2890  transposase  26.92 
 
 		 377 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0319653  normal  0.0477074 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2225  putative transposase  28.43 
 
 		 162 aa  43.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00838667  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3594  transposase  26.92 
 
 		 377 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0294035 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5108  transposase  26.92 
 
 		 377 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24520  integrase family protein  29.13 
 
 		 328 aa  42.7  0.002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2923  transposase  26.92 
 
 		 377 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.698804 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0376  Integrase catalytic region  29.03 
 
 		 325 aa  42  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000454687  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3338  Integrase catalytic region  25 
 
 		 380 aa  41.6  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.858997  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2536  Integrase catalytic region  29.03 
 
 		 325 aa  42  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000616979  normal  0.891736 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0782  integrase, catalytic region  81.82 
 
 		 237 aa  41.6  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1855  putative transposase  29.13 
 
 		 327 aa  41.6  0.004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000952934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1409  integrase, catalytic region  26.72 
 
 		 209 aa  41.2  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4480  integrase, catalytic region  27.78 
 
 		 357 aa  41.2  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000214093 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5264  Integrase catalytic region  31.25 
 
 		 330 aa  40.8  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3168  integrase catalytic region  26.72 
 
 		 395 aa  40.8  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0686485  hitchhiker  0.0000277573 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2452  integrase catalytic region  26.72 
 
 		 395 aa  40.8  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.128502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2308  integrase catalytic region  26.72 
 
 		 395 aa  40.8  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349393 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1567  integrase catalytic region  26.72 
 
 		 395 aa  40.8  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.210525  normal  0.165207 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0954  integrase catalytic region  26.72 
 
 		 395 aa  40.8  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4853  Integrase catalytic region  31.25 
 
 		 330 aa  40.8  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0886  integrase catalytic region  26.72 
 
 		 395 aa  40.8  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.406047 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0788  Integrase catalytic region  31.25 
 
 		 347 aa  40.8  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3083  Integrase catalytic region  31.25 
 
 		 330 aa  40.8  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00428734  hitchhiker  0.0000289484 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3733  Integrase catalytic region  31.25 
 
 		 330 aa  40.8  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0167687  normal  0.270652 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0458  integrase catalytic subunit  30 
 
 		 338 aa  40.8  0.007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0789  transposase  27.84 
 
 		 369 aa  40  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00176196 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3001  integrase catalytic region  30.97 
 
 		 362 aa  40  0.01  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4311  integrase catalytic subunit  25.23 
 
 		 349 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28440  integrase family protein  42.19 
 
 		 434 aa  40  0.01  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04580  integrase family protein  42.19 
 
 		 434 aa  40  0.01  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2306  integrase catalytic region  30.97 
 
 		 362 aa  40  0.01  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>