More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_2662 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_2662  Integrase catalytic region  100 
 
 
324 aa  677    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.197853  normal  0.0870551 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2281  Integrase catalytic region  100 
 
 
324 aa  677    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00884942  normal  0.0771332 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0886  Integrase catalytic region  100 
 
 
324 aa  677    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2282  Integrase catalytic region  100 
 
 
324 aa  677    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0155582  normal  0.016893 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0254  helix-turn-helix, Fis-type  54.83 
 
 
785 aa  365  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1143  helix-turn-helix, Fis-type  54.83 
 
 
326 aa  363  3e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.765117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2407  helix-turn-helix, Fis-type  54.83 
 
 
326 aa  363  3e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.49226  normal  0.362833 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2433  helix-turn-helix, Fis-type  54.83 
 
 
326 aa  363  3e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0656957 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2865  helix-turn-helix, Fis-type  54.83 
 
 
326 aa  363  3e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2879  helix-turn-helix, Fis-type  54.83 
 
 
326 aa  363  3e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.676741  normal  0.87637 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2941  helix-turn-helix, Fis-type  54.83 
 
 
326 aa  363  3e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3106  helix-turn-helix, Fis-type  54.83 
 
 
326 aa  363  3e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.969035  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3099  helix-turn-helix, Fis-type  54.83 
 
 
479 aa  362  4e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1541  helix-turn-helix, Fis-type  54.83 
 
 
495 aa  362  5.0000000000000005e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6453  Integrase catalytic region  55.94 
 
 
326 aa  360  2e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3826  integrase catalytic subunit  54.52 
 
 
326 aa  360  3e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0640  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.337003  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0660  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0865  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0872  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.453841 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1018  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.759642 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1299  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1932  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.827485 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1945  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1964  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2135  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2329  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137968  normal  0.366873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2665  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.224592  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2819  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2866  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3086  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.864475  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3112  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1492  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  6e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.246201  normal  0.113657 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2047  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  6e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2358  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  6e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0867438  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2674  helix-turn-helix, Fis-type  53.89 
 
 
326 aa  358  6e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2082  helix-turn-helix, Fis-type  53.58 
 
 
326 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2099  helix-turn-helix, Fis-type  53.58 
 
 
326 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5505  Integrase catalytic region  55.45 
 
 
326 aa  355  5e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5451  Integrase catalytic region  55.45 
 
 
326 aa  355  5e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2451  integrase catalytic subunit  52.53 
 
 
326 aa  350  2e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.908146 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4138  integrase catalytic subunit  52.65 
 
 
326 aa  344  1e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0870  helix-turn-helix, Fis-type  56.01 
 
 
353 aa  338  9.999999999999999e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.465972 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5077  integrase catalytic subunit  54.02 
 
 
266 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0782  integrase, catalytic region  54.04 
 
 
237 aa  276  4e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4906  integrase catalytic subunit  54 
 
 
205 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.350856 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5096  hypothetical protein  56.29 
 
 
156 aa  175  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.495591 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4624  helix-turn-helix, fis-type  53.19 
 
 
156 aa  156  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.318976  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0536  putative transposase  28.52 
 
 
336 aa  139  7.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1351  transposase and inactivated derivatives  28.52 
 
 
336 aa  139  7.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1381  putative integrase  28.52 
 
 
336 aa  139  7.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1841  integrase catalytic subunit  29.5 
 
 
301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1645  integrase catalytic subunit  31.47 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1369  integrase catalytic subunit  30.67 
 
 
272 aa  124  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3338  Integrase catalytic region  30.92 
 
 
380 aa  116  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.858997  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50600  transposase  32.78 
 
 
381 aa  112  9e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138059  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11320  Integrase, catalytic domain-containing protein  31.31 
 
 
381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15790  Integrase, catalytic domain-containing protein  31.31 
 
 
381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22320  Integrase, catalytic domain-containing protein  31.31 
 
 
381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09100  Integrase, catalytic domain-containing protein  31.31 
 
 
381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.387294  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33550  transposase  31.31 
 
 
381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21030  Integrase, catalytic domain-containing protein  31.31 
 
 
381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.436118  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0541  putative transposase integrase  30.84 
 
 
379 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3643  putative transposase  30.84 
 
 
379 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4261  putative transposase  30.84 
 
 
379 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.234878 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4349  putative transposase  30.84 
 
 
379 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.732851  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4350  putative transposase  30.84 
 
 
379 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4904  hypothetical protein  53.77 
 
 
114 aa  110  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.290887 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3594  transposase  30.17 
 
 
377 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0294035 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5697  transposase  30.17 
 
 
377 aa  110  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.308774  normal  0.641944 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2890  transposase  30.17 
 
 
377 aa  110  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0319653  normal  0.0477074 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5108  transposase  30.17 
 
 
377 aa  110  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341163  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2923  transposase  30.17 
 
 
377 aa  109  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.698804 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0789  transposase  31.38 
 
 
369 aa  106  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00176196 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7219  transposase  31.38 
 
 
369 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0129  Integrase catalytic region  31.53 
 
 
391 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.162314  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1525  Integrase catalytic region  31.53 
 
 
391 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88681  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7250  Integrase catalytic region  31.53 
 
 
391 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186063  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3658  Integrase catalytic region  29.1 
 
 
383 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4342  Integrase catalytic region  27.91 
 
 
389 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.636154  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1219  Integrase catalytic region  28.52 
 
 
378 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0433  Integrase catalytic region  28.52 
 
 
378 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.705419  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1250  Integrase catalytic region  28.52 
 
 
378 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1220  Integrase catalytic region  28.52 
 
 
378 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1347  Integrase catalytic region  28.52 
 
 
378 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.519975  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1705  Integrase catalytic region  28.52 
 
 
378 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1303  Integrase catalytic region  28.52 
 
 
378 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0789864  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1264  putative transposase  48.11 
 
 
138 aa  100  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0339  Integrase catalytic region  28.52 
 
 
378 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3192  Integrase catalytic region  28.52 
 
 
378 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00354129  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2409  Integrase catalytic region  30.1 
 
 
383 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.359193  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4748  Integrase catalytic region  27.91 
 
 
389 aa  99.8  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4336  Integrase catalytic region  27.91 
 
 
389 aa  99.8  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0872722  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3847  Integrase catalytic region  29.1 
 
 
383 aa  100  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0598  Integrase catalytic region  27.91 
 
 
389 aa  99.8  6e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.53363  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2180  integrase catalytic region  28.8 
 
 
400 aa  98.2  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0943007  normal  0.866495 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4799  Integrase catalytic region  31.94 
 
 
385 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3168  integrase catalytic region  28.52 
 
 
395 aa  97.1  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0686485  hitchhiker  0.0000277573 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2308  integrase catalytic region  28.52 
 
 
395 aa  97.1  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.349393 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0886  integrase catalytic region  28.52 
 
 
395 aa  97.1  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.406047 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>