200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5096 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009508  Swit_5096  hypothetical protein  100 
 
 		 156 aa  322  2e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.495591 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2451  integrase catalytic subunit  90.38 
 
 		 326 aa  296  7e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.908146 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5451  Integrase catalytic region  76.92 
 
 		 326 aa  257  4e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5505  Integrase catalytic region  76.92 
 
 		 326 aa  257  4e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0640  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.337003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0660  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0865  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0872  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.453841 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1018  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.759642 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1299  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1492  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.246201  normal  0.113657 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1932  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.827485 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1945  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1964  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2047  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2135  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2329  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137968  normal  0.366873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2358  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0867438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2665  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.224592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2674  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2819  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2866  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3086  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.864475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3112  helix-turn-helix, Fis-type  78.85 
 
 		 326 aa  254  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2082  helix-turn-helix, Fis-type  78.21 
 
 		 326 aa  253  6e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2099  helix-turn-helix, Fis-type  78.21 
 
 		 326 aa  253  6e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4138  integrase catalytic subunit  76.28 
 
 		 326 aa  250  5.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0254  helix-turn-helix, Fis-type  76.28 
 
 		 785 aa  249  9.000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1143  helix-turn-helix, Fis-type  76.28 
 
 		 326 aa  248  2e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.765117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2407  helix-turn-helix, Fis-type  76.28 
 
 		 326 aa  248  2e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.49226  normal  0.362833 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2433  helix-turn-helix, Fis-type  76.28 
 
 		 326 aa  248  2e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0656957 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2865  helix-turn-helix, Fis-type  76.28 
 
 		 326 aa  248  2e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2879  helix-turn-helix, Fis-type  76.28 
 
 		 326 aa  248  2e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.676741  normal  0.87637 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2941  helix-turn-helix, Fis-type  76.28 
 
 		 326 aa  248  2e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3106  helix-turn-helix, Fis-type  76.28 
 
 		 326 aa  248  2e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.969035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6453  Integrase catalytic region  73.08 
 
 		 326 aa  248  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1541  helix-turn-helix, Fis-type  76.28 
 
 		 495 aa  248  3e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3099  helix-turn-helix, Fis-type  76.28 
 
 		 479 aa  248  3e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0870  helix-turn-helix, Fis-type  76.28 
 
 		 353 aa  247  4e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.465972 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3826  integrase catalytic subunit  75.64 
 
 		 326 aa  246  1e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4624  helix-turn-helix, fis-type  73.97 
 
 		 156 aa  227  5e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.318976  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4904  hypothetical protein  99.1 
 
 		 114 aa  223  9e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.290887 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5077  integrase catalytic subunit  98.96 
 
 		 266 aa  202  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2662  Integrase catalytic region  56.29 
 
 		 324 aa  175  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.197853  normal  0.0870551 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0886  Integrase catalytic region  56.29 
 
 		 324 aa  175  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2281  Integrase catalytic region  56.29 
 
 		 324 aa  175  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00884942  normal  0.0771332 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2282  Integrase catalytic region  56.29 
 
 		 324 aa  175  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0155582  normal  0.016893 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1264  putative transposase  73.21 
 
 		 138 aa  166  1e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0782  integrase, catalytic region  79.1 
 
 		 237 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6150  hypothetical protein  72.31 
 
 		 82 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.25111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4906  integrase catalytic subunit  97.14 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.350856 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0541  putative transposase integrase  28.99 
 
 		 379 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3643  putative transposase  28.99 
 
 		 379 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4261  putative transposase  28.99 
 
 		 379 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.234878 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4349  putative transposase  28.99 
 
 		 379 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.732851  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4350  putative transposase  28.99 
 
 		 379 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3594  transposase  27.54 
 
 		 377 aa  60.5  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0294035 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5697  transposase  27.54 
 
 		 377 aa  60.1  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.308774  normal  0.641944 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2890  transposase  27.54 
 
 		 377 aa  60.1  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0319653  normal  0.0477074 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5108  transposase  27.54 
 
 		 377 aa  60.1  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4151  integrase catalytic region  28.08 
 
 		 347 aa  59.3  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2923  transposase  27.54 
 
 		 377 aa  59.7  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.698804 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3130  integrase catalytic region  26.9 
 
 		 347 aa  57.8  0.00000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7219  transposase  28.24 
 
 		 369 aa  57  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0789  transposase  28.24 
 
 		 369 aa  57.4  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00176196 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3338  Integrase catalytic region  27.03 
 
 		 380 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.858997  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1100  conserved hypothetical transposase  27.33 
 
 		 259 aa  55.8  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00213813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2098  Integrase catalytic region  27.33 
 
 		 327 aa  55.1  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0645  conserved hypothetical transposase  26.67 
 
 		 259 aa  54.7  0.0000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0437717  normal  0.451912 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4311  integrase catalytic subunit  24.05 
 
 		 349 aa  53.9  0.0000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1855  putative transposase  28.48 
 
 		 327 aa  52.8  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000952934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2047  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 		 272 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3168  integrase catalytic region  25.95 
 
 		 395 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0686485  hitchhiker  0.0000277573 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2452  integrase catalytic region  25.95 
 
 		 395 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.128502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4443  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 		 349 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.472308  normal  0.634079 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0252  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 		 349 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0455  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 		 349 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1097  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 		 349 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1143  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 		 349 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0742479  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1259  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 		 349 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1263  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 		 349 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1932  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 		 349 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2091  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 		 349 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2334  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 		 349 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2586  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 		 349 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0412118  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2624  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 		 349 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3063  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 		 349 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517823  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3545  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 		 317 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3683  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 		 349 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4318  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 		 349 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1409  integrase, catalytic region  25.95 
 
 		 209 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2308  integrase catalytic region  25.95 
 
 		 395 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349393 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0886  integrase catalytic region  25.95 
 
 		 395 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.406047 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0954  integrase catalytic region  25.95 
 
 		 395 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1567  integrase catalytic region  25.95 
 
 		 395 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.210525  normal  0.165207 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1698  integrase catalytic subunit  26.14 
 
 		 327 aa  51.6  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000000748356  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0336  Integrase catalytic region  25.9 
 
 		 385 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133077  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4799  Integrase catalytic region  25.9 
 
 		 385 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0129  Integrase catalytic region  25.9 
 
 		 391 aa  50.8  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.162314  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7250  Integrase catalytic region  25.9 
 
 		 391 aa  50.8  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186063  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>