261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_11900 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_11900  ribose 5-phosphate isomerase  100 
 
 
157 aa  320  4e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.197382 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1145  ribose 5-phosphate isomerase  76.13 
 
 
161 aa  242  9.999999999999999e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3514  ribose-5-phosphate isomerase B  70.32 
 
 
155 aa  231  3e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1401  ribose 5-phosphate isomerase  68.39 
 
 
160 aa  226  7e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.169206  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3889  ribose-5-phosphate isomerase B  67.74 
 
 
155 aa  221  2e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.212373 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2041  ribose 5-phosphate isomerase  67.1 
 
 
157 aa  218  1.9999999999999999e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3522  ribose-5-phosphate isomerase B  67.1 
 
 
162 aa  212  9.999999999999999e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.173014  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12490  ribose-5-phosphate isomerase B  65.81 
 
 
162 aa  212  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4053  ribose-5-phosphate isomerase B  65.16 
 
 
157 aa  210  7e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3408  ribose 5-phosphate isomerase  64.52 
 
 
155 aa  209  7.999999999999999e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5443  ribose 5-phosphate isomerase  64.94 
 
 
159 aa  206  1e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2531  ribose 5-phosphate isomerase  66.45 
 
 
155 aa  206  1e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.9034  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1105  ribose 5-phosphate isomerase  66.44 
 
 
152 aa  205  2e-52  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.79146  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2581  ribose-5-phosphate isomerase B  62.58 
 
 
157 aa  204  4e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2202  ribose-5-phosphate isomerase B  62.58 
 
 
166 aa  203  7e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24510  ribose 5-phosphate isomerase  64.19 
 
 
149 aa  201  3e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.893298  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7320  ribose/galactose isomerase  63.23 
 
 
169 aa  198  1.9999999999999998e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1356  ribose 5-phosphate isomerase  61.29 
 
 
155 aa  195  2.0000000000000003e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2408  ribose-5-phosphate isomerase B  61.84 
 
 
164 aa  195  2.0000000000000003e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.683138  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3599  ribose-5-phosphate isomerase B  65.81 
 
 
162 aa  195  3e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0186156  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3672  ribose-5-phosphate isomerase B  65.81 
 
 
162 aa  195  3e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.615114  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3604  ribose-5-phosphate isomerase B  65.81 
 
 
162 aa  195  3e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.152341  normal  0.756157 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09810  ribose-5-phosphate isomerase B  62.75 
 
 
157 aa  194  3e-49  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0167583  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7302  ribose-5-phosphate isomerase B  59.87 
 
 
159 aa  194  4.0000000000000005e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160581  normal  0.0238108 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2162  ribose-5-phosphate isomerase B  60.53 
 
 
164 aa  192  2e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000167121 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0947  ribose 5-phosphate isomerase  60.14 
 
 
150 aa  189  9e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1551  ribose 5-phosphate isomerase  60.13 
 
 
163 aa  189  2e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.181797  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1598  ribose-5-phosphate isomerase B  57.42 
 
 
160 aa  186  1e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.113376  normal  0.826061 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1375  ribose 5-phosphate isomerase  60.96 
 
 
150 aa  184  4e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00903478 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11660  ribose 5-phosphate isomerase  59.06 
 
 
160 aa  181  3e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2620  ribose 5-phosphate isomerase  58.22 
 
 
149 aa  177  4e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.285539  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3483  ribose-5-phosphate isomerase B  57.23 
 
 
162 aa  176  1e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5303  ribose-5-phosphate isomerase B  60.4 
 
 
161 aa  169  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.430947  normal  0.546103 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1162  ribose-5-phosphate isomerase B  55.41 
 
 
162 aa  167  4e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0742632  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09040  ribose 5-phosphate isomerase  55.92 
 
 
153 aa  166  1e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.0154661 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl105  ribose 5-phosphate isomerase  43.15 
 
 
146 aa  124  5e-28  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0006  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  38.26 
 
 
153 aa  123  1e-27  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1019  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  46.85 
 
 
143 aa  120  9.999999999999999e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.485944  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2701  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  42.25 
 
 
143 aa  119  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0076574  normal  0.215374 
 
 
-
 
NC_002936  DET0643  ribose-5-phosphate isomerase B  40.94 
 
 
152 aa  117  7e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0677  ribose-5-phosphate isomerase B  40.94 
 
 
152 aa  117  7e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2597  ribose-5-phosphate isomerase  42.86 
 
 
149 aa  117  7.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0696545  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4828  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  42 
 
 
149 aa  116  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000305549  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0074  ribose 5-phosphate isomerase B, putative  42.76 
 
 
165 aa  116  9.999999999999999e-26  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0043  ribose 5-phosphate isomerase B  46.76 
 
 
142 aa  114  6.9999999999999995e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1196  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  45.83 
 
 
156 aa  112  1.0000000000000001e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0922394  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3163  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  39.46 
 
 
152 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000204659  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2463  ribose-5-phosphate isomerase B  41.1 
 
 
149 aa  111  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2173  ribose-5-phosphate isomerase B  41.1 
 
 
149 aa  111  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0388966  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2209  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  43.06 
 
 
143 aa  111  5e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.922372  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_583  ribose-5-phosphate isomerase-like protein  39.46 
 
 
154 aa  110  6e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0942  uracil phosphoribosyltransferase  40.54 
 
 
370 aa  110  6e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1933  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  42.18 
 
 
149 aa  110  7.000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000691154  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0615  ribose-5-phosphate isomerase B  38.26 
 
 
152 aa  110  7.000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17930  ribose-5-phosphate isomerase  42.18 
 
 
322 aa  110  8.000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03435  ribose 5-phosphate isomerase B, putative  39.86 
 
 
143 aa  109  2.0000000000000002e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0370371  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2859  ribose-5-phosphate isomerase  39.86 
 
 
162 aa  108  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000346833 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0792  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.14 
 
 
140 aa  108  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5648  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  43.15 
 
 
160 aa  106  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609634  normal  0.681058 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1441  ribose 5-phosphate isomerase B  40.14 
 
 
151 aa  105  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3631  ribose 5-phosphate isomerase B  41.84 
 
 
145 aa  105  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1019  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.56 
 
 
153 aa  105  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1332  ribose-5-phosphate isomerase  40.14 
 
 
148 aa  104  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0481  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.82 
 
 
150 aa  104  5e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00576444 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0934  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  39.73 
 
 
161 aa  104  5e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.759422  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0559  ribose 5-phosphate isomerase B  38.73 
 
 
150 aa  103  7e-22  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1263  ribose-5-phosphate isomerase  39.46 
 
 
152 aa  103  8e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.649363 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4198  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  42.14 
 
 
145 aa  103  9e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.335941  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0401  ribose/galactose isomerase  41.26 
 
 
149 aa  103  9e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0557061  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3431  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  41.78 
 
 
147 aa  103  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000280792  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2621  ribose/galactose isomerase  39.6 
 
 
150 aa  103  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1747  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  39.31 
 
 
148 aa  103  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0569698  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1307  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  41.55 
 
 
154 aa  103  1e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.833866  normal  0.257706 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0632  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.85 
 
 
148 aa  102  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4630  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  45.95 
 
 
147 aa  102  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.136383 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1182  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  39.73 
 
 
145 aa  102  2e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2734  ribose 5-phosphate isomerase B  43.15 
 
 
147 aa  102  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2450  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  37.67 
 
 
149 aa  102  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.618106 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0790  ribose 5-phosphate isomerase B  39.04 
 
 
145 aa  102  2e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0259  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.69 
 
 
149 aa  102  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000129497  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0792  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  38.85 
 
 
150 aa  102  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0447104  normal  0.0700549 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3427  ribose-5-phosphate isomerase B  41.1 
 
 
149 aa  102  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0070  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  39.74 
 
 
149 aa  102  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.212167  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1159  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  42.36 
 
 
151 aa  101  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.832991 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0369  ribose 5-phosphate isomerase B  38 
 
 
148 aa  101  3e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1376  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  39.57 
 
 
146 aa  101  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3103  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.69 
 
 
151 aa  101  4e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00677478  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2837  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  42.47 
 
 
147 aa  100  5e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3745  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  38.73 
 
 
142 aa  100  5e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0446576  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1553  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  42.03 
 
 
147 aa  101  5e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0350  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  36.62 
 
 
391 aa  100  6e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.19303  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0217  ribose 5-phosphate isomerase B  37.5 
 
 
152 aa  100  6e-21  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.00182493  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0932  ribose 5-phosphate isomerase B  38.3 
 
 
145 aa  100  7e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.17917  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0889  ribose 5-phosphate isomerase B  39.01 
 
 
145 aa  100  9e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0638  ribose 5-phosphate isomerase B  39.16 
 
 
148 aa  100  1e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0815876  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0901  ribose/galactose isomerase  38.73 
 
 
150 aa  99.4  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0852  ribose 5-phosphate isomerase B  38.1 
 
 
150 aa  99.4  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00452736  normal  0.320057 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2314  ribose-5-phosphate isomerase  40.69 
 
 
149 aa  99  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1258  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  39.44 
 
 
144 aa  99.4  2e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000876493  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2929  ribose 5-phosphate isomerase B  41.78 
 
 
147 aa  99  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>