260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2041 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_2041  ribose 5-phosphate isomerase  100 
 
 
157 aa  321  2e-87  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1401  ribose 5-phosphate isomerase  87.9 
 
 
160 aa  282  1.0000000000000001e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.169206  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4053  ribose-5-phosphate isomerase B  82.8 
 
 
157 aa  268  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12490  ribose-5-phosphate isomerase B  82.17 
 
 
162 aa  266  8.999999999999999e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2581  ribose-5-phosphate isomerase B  80.25 
 
 
157 aa  260  6.999999999999999e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1145  ribose 5-phosphate isomerase  76.13 
 
 
161 aa  247  4e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3599  ribose-5-phosphate isomerase B  82.17 
 
 
162 aa  247  5e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0186156  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3672  ribose-5-phosphate isomerase B  82.17 
 
 
162 aa  247  5e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.615114  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3604  ribose-5-phosphate isomerase B  82.17 
 
 
162 aa  247  5e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.152341  normal  0.756157 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11900  ribose 5-phosphate isomerase  67.1 
 
 
157 aa  218  1.9999999999999999e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.197382 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5443  ribose 5-phosphate isomerase  64.94 
 
 
159 aa  211  1.9999999999999998e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3514  ribose-5-phosphate isomerase B  62.58 
 
 
155 aa  212  1.9999999999999998e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3522  ribose-5-phosphate isomerase B  63.23 
 
 
162 aa  206  1e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.173014  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1105  ribose 5-phosphate isomerase  65.75 
 
 
152 aa  205  2e-52  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.79146  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3889  ribose-5-phosphate isomerase B  61.29 
 
 
155 aa  204  4e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.212373 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7302  ribose-5-phosphate isomerase B  58.6 
 
 
159 aa  202  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160581  normal  0.0238108 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24510  ribose 5-phosphate isomerase  63.7 
 
 
149 aa  200  6e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.893298  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1375  ribose 5-phosphate isomerase  65.07 
 
 
150 aa  199  9.999999999999999e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00903478 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0947  ribose 5-phosphate isomerase  63.51 
 
 
150 aa  199  9.999999999999999e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2202  ribose-5-phosphate isomerase B  58.71 
 
 
166 aa  196  1.0000000000000001e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11660  ribose 5-phosphate isomerase  61.07 
 
 
160 aa  194  5.000000000000001e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3408  ribose 5-phosphate isomerase  58.06 
 
 
155 aa  192  1e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7320  ribose/galactose isomerase  58.71 
 
 
169 aa  192  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2531  ribose 5-phosphate isomerase  60 
 
 
155 aa  193  1e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.9034  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2620  ribose 5-phosphate isomerase  63.7 
 
 
149 aa  191  5e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.285539  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1551  ribose 5-phosphate isomerase  59.21 
 
 
163 aa  190  6e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.181797  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1356  ribose 5-phosphate isomerase  59.35 
 
 
155 aa  189  2e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1598  ribose-5-phosphate isomerase B  57.42 
 
 
160 aa  184  4e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.113376  normal  0.826061 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09810  ribose-5-phosphate isomerase B  59.09 
 
 
157 aa  182  1.0000000000000001e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0167583  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1162  ribose-5-phosphate isomerase B  57.32 
 
 
162 aa  182  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0742632  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2162  ribose-5-phosphate isomerase B  56.21 
 
 
164 aa  175  2e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000167121 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5303  ribose-5-phosphate isomerase B  57.33 
 
 
161 aa  171  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.430947  normal  0.546103 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3483  ribose-5-phosphate isomerase B  55.62 
 
 
162 aa  171  2.9999999999999996e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2408  ribose-5-phosphate isomerase B  55.56 
 
 
164 aa  171  3.9999999999999995e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.683138  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09040  ribose 5-phosphate isomerase  52.63 
 
 
153 aa  155  2e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.0154661 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0006  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  41.61 
 
 
153 aa  125  3e-28  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2701  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  45.77 
 
 
143 aa  123  8.000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0076574  normal  0.215374 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl105  ribose 5-phosphate isomerase  43.15 
 
 
146 aa  121  3e-27  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1196  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  47.22 
 
 
156 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0922394  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0074  ribose 5-phosphate isomerase B, putative  42.07 
 
 
165 aa  114  3.9999999999999997e-25  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4828  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.82 
 
 
149 aa  111  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000305549  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03435  ribose 5-phosphate isomerase B, putative  40.56 
 
 
143 aa  110  1.0000000000000001e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0370371  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4630  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  44.9 
 
 
147 aa  110  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.136383 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0369  ribose 5-phosphate isomerase B  38.26 
 
 
148 aa  109  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3163  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  40.14 
 
 
152 aa  108  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000204659  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1376  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  39.44 
 
 
146 aa  107  9.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1019  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  44.06 
 
 
153 aa  105  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0792  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  41.01 
 
 
140 aa  105  2e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0043  ribose 5-phosphate isomerase B  43.88 
 
 
142 aa  105  3e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1263  ribose-5-phosphate isomerase  40.82 
 
 
152 aa  104  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.649363 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0790  ribose 5-phosphate isomerase B  38.36 
 
 
145 aa  104  5e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0934  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  39.73 
 
 
161 aa  104  5e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.759422  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0632  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  42.14 
 
 
148 aa  103  9e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2209  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.28 
 
 
143 aa  103  9e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.922372  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1933  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.82 
 
 
149 aa  103  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000691154  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2314  ribose-5-phosphate isomerase  40.69 
 
 
149 aa  103  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3631  ribose 5-phosphate isomerase B  39.72 
 
 
145 aa  103  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2463  ribose-5-phosphate isomerase B  41.1 
 
 
149 aa  102  1e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2173  ribose-5-phosphate isomerase B  41.1 
 
 
149 aa  102  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0388966  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1307  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.71 
 
 
154 aa  102  3e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.833866  normal  0.257706 
 
 
-
 
NC_002936  DET0643  ribose-5-phosphate isomerase B  35.57 
 
 
152 aa  100  6e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0677  ribose-5-phosphate isomerase B  35.57 
 
 
152 aa  100  6e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0350  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  36.88 
 
 
391 aa  99.8  1e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.19303  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4198  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  43.07 
 
 
145 aa  99.8  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.335941  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1737  ribose 5-phosphate isomerase B  38.13 
 
 
143 aa  99  2e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0615  ribose-5-phosphate isomerase B  34.9 
 
 
152 aa  99.4  2e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1664  ribose 5-phosphate isomerase B  38.13 
 
 
143 aa  99  2e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2859  ribose-5-phosphate isomerase  35.66 
 
 
162 aa  97.8  5e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000346833 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1019  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  39.86 
 
 
143 aa  97.4  6e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.485944  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0217  ribose 5-phosphate isomerase B  37.5 
 
 
152 aa  97.1  9e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.00182493  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1182  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  38.36 
 
 
145 aa  97.1  9e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_583  ribose-5-phosphate isomerase-like protein  34.69 
 
 
154 aa  97.1  1e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3103  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  39.31 
 
 
151 aa  96.3  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00677478  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2621  ribose/galactose isomerase  38 
 
 
150 aa  96.3  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2809  ribose-5-phosphate isomerase B  35.62 
 
 
149 aa  95.9  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119147  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1258  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40 
 
 
144 aa  95.5  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000876493  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2228  ribose 5-phosphate isomerase B  38.41 
 
 
147 aa  95.5  3e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000313562  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0932  ribose 5-phosphate isomerase B  40.58 
 
 
145 aa  95.5  3e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.17917  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3821  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  39.16 
 
 
146 aa  95.1  4e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0187638  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1042  ribose 5-phosphate isomerase B  35.17 
 
 
148 aa  94.7  4e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1159  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.28 
 
 
151 aa  94.7  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.832991 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0972  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  34.21 
 
 
149 aa  94.7  5e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2837  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.41 
 
 
147 aa  94.4  6e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5648  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.41 
 
 
160 aa  94.4  6e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609634  normal  0.681058 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0852  ribose 5-phosphate isomerase B  35.81 
 
 
150 aa  94.4  6e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00452736  normal  0.320057 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2124  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  39.86 
 
 
150 aa  94.4  6e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.191599  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1003  ribose 5-phosphate isomerase B  39.86 
 
 
145 aa  94  7e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.152735  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1446  ribose 5-phosphate isomerase B  41.43 
 
 
144 aa  93.6  9e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.396381  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0401  ribose/galactose isomerase  37.14 
 
 
149 aa  93.6  9e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0557061  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1130  ribose-5-phosphate isomerase  41.13 
 
 
152 aa  93.2  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.590654  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2597  ribose-5-phosphate isomerase  35.37 
 
 
149 aa  93.6  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0696545  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0070  galactose-6-phosphate isomerase subunit LacB  34.25 
 
 
176 aa  92.4  2e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000149222  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1313  ribose 5-phosphate isomerase B  36.23 
 
 
149 aa  92.8  2e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00000182185  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1441  ribose 5-phosphate isomerase B  37.06 
 
 
151 aa  92  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0901  ribose/galactose isomerase  38.03 
 
 
150 aa  92.4  2e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0481  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  39.86 
 
 
150 aa  92.8  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00576444 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1171  ribose 5-phosphate isomerase B  34.48 
 
 
148 aa  92.8  2e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0563702  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1332  ribose-5-phosphate isomerase  38.57 
 
 
148 aa  92.8  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4874  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  39.44 
 
 
143 aa  92.8  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.585109 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2929  ribose 5-phosphate isomerase B  39.73 
 
 
147 aa  91.7  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>