262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0947 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_0947  ribose 5-phosphate isomerase  100 
 
 
150 aa  308  1e-83  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24510  ribose 5-phosphate isomerase  77.18 
 
 
149 aa  244  3e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.893298  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1105  ribose 5-phosphate isomerase  69.8 
 
 
152 aa  229  7.000000000000001e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.79146  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2620  ribose 5-phosphate isomerase  73.83 
 
 
149 aa  227  4e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.285539  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1375  ribose 5-phosphate isomerase  69.33 
 
 
150 aa  223  6e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00903478 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11660  ribose 5-phosphate isomerase  64.19 
 
 
160 aa  204  2e-52  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1401  ribose 5-phosphate isomerase  65.54 
 
 
160 aa  205  2e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.169206  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2162  ribose-5-phosphate isomerase B  63.58 
 
 
164 aa  201  4e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000167121 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3514  ribose-5-phosphate isomerase B  63.09 
 
 
155 aa  201  4e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2041  ribose 5-phosphate isomerase  63.51 
 
 
157 aa  199  9.999999999999999e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2408  ribose-5-phosphate isomerase B  62.91 
 
 
164 aa  199  9.999999999999999e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.683138  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3522  ribose-5-phosphate isomerase B  64.19 
 
 
162 aa  199  9.999999999999999e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.173014  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3889  ribose-5-phosphate isomerase B  63.09 
 
 
155 aa  198  1.9999999999999998e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.212373 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09810  ribose-5-phosphate isomerase B  62.5 
 
 
157 aa  198  1.9999999999999998e-50  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0167583  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2202  ribose-5-phosphate isomerase B  60.81 
 
 
166 aa  196  7e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4053  ribose-5-phosphate isomerase B  60.81 
 
 
157 aa  192  1e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1145  ribose 5-phosphate isomerase  61.49 
 
 
161 aa  190  7e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11900  ribose 5-phosphate isomerase  60.14 
 
 
157 aa  189  7e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.197382 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2581  ribose-5-phosphate isomerase B  59.46 
 
 
157 aa  190  7e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12490  ribose-5-phosphate isomerase B  60.14 
 
 
162 aa  188  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3408  ribose 5-phosphate isomerase  58.78 
 
 
155 aa  187  5e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2531  ribose 5-phosphate isomerase  60.81 
 
 
155 aa  185  1e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.9034  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5443  ribose 5-phosphate isomerase  59.73 
 
 
159 aa  185  2e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1551  ribose 5-phosphate isomerase  59.06 
 
 
163 aa  181  3e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.181797  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7302  ribose-5-phosphate isomerase B  57.43 
 
 
159 aa  180  5.0000000000000004e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160581  normal  0.0238108 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5303  ribose-5-phosphate isomerase B  61.64 
 
 
161 aa  179  8.000000000000001e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.430947  normal  0.546103 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1598  ribose-5-phosphate isomerase B  57.43 
 
 
160 aa  178  2.9999999999999997e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.113376  normal  0.826061 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7320  ribose/galactose isomerase  56.85 
 
 
169 aa  177  4e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1356  ribose 5-phosphate isomerase  56.08 
 
 
155 aa  177  4e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1162  ribose-5-phosphate isomerase B  59.46 
 
 
162 aa  173  8e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0742632  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3483  ribose-5-phosphate isomerase B  57.89 
 
 
162 aa  171  1.9999999999999998e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3599  ribose-5-phosphate isomerase B  58.11 
 
 
162 aa  168  3e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0186156  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3672  ribose-5-phosphate isomerase B  58.11 
 
 
162 aa  168  3e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.615114  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3604  ribose-5-phosphate isomerase B  58.11 
 
 
162 aa  168  3e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.152341  normal  0.756157 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09040  ribose 5-phosphate isomerase  54.11 
 
 
153 aa  159  8.000000000000001e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.0154661 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2701  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  44.44 
 
 
143 aa  123  8.000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0076574  normal  0.215374 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0006  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  36.42 
 
 
153 aa  120  8e-27  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1196  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  49.31 
 
 
156 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0922394  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1376  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  40.85 
 
 
146 aa  118  3e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0632  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  46.48 
 
 
148 aa  117  3.9999999999999996e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2463  ribose-5-phosphate isomerase B  44 
 
 
149 aa  117  6e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2173  ribose-5-phosphate isomerase B  44 
 
 
149 aa  117  6e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0388966  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0934  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  41.78 
 
 
161 aa  116  9e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.759422  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_583  ribose-5-phosphate isomerase-like protein  41.78 
 
 
154 aa  116  9e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0643  ribose-5-phosphate isomerase B  41.78 
 
 
152 aa  115  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0677  ribose-5-phosphate isomerase B  41.78 
 
 
152 aa  115  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1446  ribose 5-phosphate isomerase B  46.43 
 
 
144 aa  116  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.396381  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4630  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  44.52 
 
 
147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.136383 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0043  ribose 5-phosphate isomerase B  48.2 
 
 
142 aa  115  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4828  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.41 
 
 
149 aa  114  6e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000305549  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2809  ribose-5-phosphate isomerase B  38.93 
 
 
149 aa  113  8.999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119147  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl105  ribose 5-phosphate isomerase  40.97 
 
 
146 aa  112  2.0000000000000002e-24  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0217  ribose 5-phosphate isomerase B  40.85 
 
 
152 aa  112  2.0000000000000002e-24  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.00182493  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1933  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  43.15 
 
 
149 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000691154  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1182  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  39.73 
 
 
145 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0369  ribose 5-phosphate isomerase B  39.73 
 
 
148 aa  111  3e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03435  ribose 5-phosphate isomerase B, putative  39.16 
 
 
143 aa  111  3e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0370371  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0074  ribose 5-phosphate isomerase B, putative  38.62 
 
 
165 aa  110  8.000000000000001e-24  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0792  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  40.79 
 
 
150 aa  110  9e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0447104  normal  0.0700549 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0615  ribose-5-phosphate isomerase B  38.36 
 
 
152 aa  108  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2859  ribose-5-phosphate isomerase  39.04 
 
 
162 aa  108  3e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000346833 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3631  ribose 5-phosphate isomerase B  41.84 
 
 
145 aa  107  4.0000000000000004e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3431  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.27 
 
 
147 aa  107  5e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000280792  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3821  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.56 
 
 
146 aa  107  5e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0187638  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17930  ribose-5-phosphate isomerase  39.73 
 
 
322 aa  107  5e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2597  ribose-5-phosphate isomerase  38 
 
 
149 aa  107  6e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0696545  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1441  ribose 5-phosphate isomerase B  40.14 
 
 
151 aa  107  7.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1263  ribose-5-phosphate isomerase  40.52 
 
 
152 aa  107  7.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.649363 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1258  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  38.73 
 
 
144 aa  107  8.000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000876493  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0792  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  38.73 
 
 
140 aa  106  9.000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1019  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  41.96 
 
 
153 aa  106  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3163  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  38 
 
 
152 aa  106  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000204659  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0790  ribose 5-phosphate isomerase B  37.67 
 
 
145 aa  105  2e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1747  ribose 5-phosphate isomerase B, putative  41.43 
 
 
145 aa  104  4e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1034  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.54 
 
 
146 aa  104  4e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.257274 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0942  uracil phosphoribosyltransferase  41.1 
 
 
370 aa  104  4e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1737  ribose 5-phosphate isomerase B  38.73 
 
 
143 aa  104  4e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1664  ribose 5-phosphate isomerase B  38.73 
 
 
143 aa  104  4e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5648  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  42.47 
 
 
160 aa  103  6e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609634  normal  0.681058 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2621  ribose/galactose isomerase  40.41 
 
 
150 aa  103  6e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4198  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  43.57 
 
 
145 aa  103  7e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.335941  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0350  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  36.62 
 
 
391 aa  102  1e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.19303  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0559  ribose 5-phosphate isomerase B  37.32 
 
 
150 aa  102  1e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2209  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.28 
 
 
143 aa  102  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.922372  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0852  ribose 5-phosphate isomerase B  38.41 
 
 
150 aa  103  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00452736  normal  0.320057 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03962  ribose-5-phosphate isomerase B  39.6 
 
 
149 aa  102  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3901  ribose 5-phosphate isomerase B  39.6 
 
 
149 aa  102  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1042  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  38.03 
 
 
142 aa  102  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000715199  hitchhiker  0.000018847 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1117  ribose-5-phosphate isomerase B  37.67 
 
 
150 aa  102  2e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03922  hypothetical protein  39.6 
 
 
149 aa  102  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4178  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.14 
 
 
149 aa  102  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811694  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1747  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  38.89 
 
 
148 aa  102  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0569698  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3936  ribose-5-phosphate isomerase B  39.6 
 
 
149 aa  102  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0259  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  41.67 
 
 
149 aa  101  3e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000129497  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0070  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  39.04 
 
 
149 aa  101  4e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.212167  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4556  ribose-5-phosphate isomerase B  38.93 
 
 
149 aa  101  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1019  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  39.16 
 
 
143 aa  100  5e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.485944  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1116  ribose-5-phosphate isomerase B  38.03 
 
 
145 aa  100  9e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.177801  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2837  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.69 
 
 
147 aa  99.4  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0481  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  42.14 
 
 
150 aa  99.8  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00576444 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>