More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4409 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_4409  fumarate lyase  100 
 
 		 446 aa  906    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2745  fumarate lyase  72.52 
 
 		 473 aa  674    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.632463  normal  0.0578708 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3487  fumarate lyase  54.61 
 
 		 450 aa  510  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4557  fumarate lyase  54.38 
 
 		 449 aa  498  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3811  fumarate lyase  52.81 
 
 		 449 aa  484  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2418  fumarate lyase  52.8 
 
 		 448 aa  481  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.259458 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4598  fumarate lyase  51.01 
 
 		 458 aa  456  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.604906  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0757  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  52.94 
 
 		 457 aa  448  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1439  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  50.9 
 
 		 460 aa  439  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1483  fumarate lyase  50.34 
 
 		 450 aa  441  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.151746  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1072  adenylosuccinate lyase  53.48 
 
 		 455 aa  438  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0014  fumarate lyase  49.77 
 
 		 450 aa  432  1e-120  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000353189  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3622  fumarate lyase  50.23 
 
 		 456 aa  426  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741551  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04011  conserved hypothetical protein  47.19 
 
 		 476 aa  420  1e-116  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981247  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21250  adenylosuccinate lyase  43.72 
 
 		 452 aa  358  9.999999999999999e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0991556  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3127  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.44 
 
 		 457 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5286  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  47.22 
 
 		 451 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.335784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4344  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.34 
 
 		 450 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.339693  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1379  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.34 
 
 		 450 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.449914  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3160  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.9 
 
 		 457 aa  353  4e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2125  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.49 
 
 		 453 aa  351  2e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5748  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  47.92 
 
 		 452 aa  350  4e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.955684  normal  0.122503 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4459  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.06 
 
 		 476 aa  349  5e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.484308 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.67 
 
 		 460 aa  347  3e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.646656  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2341  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.69 
 
 		 453 aa  343  4e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0645  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.13 
 
 		 459 aa  340  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0741414 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1273  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.14 
 
 		 454 aa  340  4e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0056  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.91 
 
 		 452 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0457569  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.68 
 
 		 452 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0058  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.68 
 
 		 452 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.593603  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1202  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.68 
 
 		 452 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.68 
 
 		 452 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0069  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.68 
 
 		 452 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.675451  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.83 
 
 		 465 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1485  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.68 
 
 		 452 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4475  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  47.36 
 
 		 452 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.24 
 
 		 450 aa  335  9e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00531997 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5111  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  47.25 
 
 		 406 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38190  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.78 
 
 		 450 aa  333  3e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.569484  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4314  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.45 
 
 		 459 aa  333  3e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417348  normal  0.728676 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4015  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.37 
 
 		 490 aa  329  8e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0773124  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0215  adenylosuccinate lyase  37.02 
 
 		 454 aa  326  6e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314002  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4435  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.89 
 
 		 450 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.115184  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0170  adenylosuccinate lyase  37.02 
 
 		 454 aa  322  6e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00265741  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1906  putative lyase  40.18 
 
 		 445 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2456  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.15 
 
 		 453 aa  320  5e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2505  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.56 
 
 		 452 aa  319  7.999999999999999e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5023  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.69 
 
 		 462 aa  318  1e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.261629  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4188  adenylosuccinate lyase  36.12 
 
 		 454 aa  317  3e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3997  adenylosuccinate lyase  35.67 
 
 		 454 aa  315  9.999999999999999e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00709346  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02830  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.79 
 
 		 459 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289129 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0316  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.47 
 
 		 459 aa  312  6.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4374  adenylosuccinate lyase  37 
 
 		 451 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  6.25048e-22 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2063  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.02 
 
 		 453 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146832  normal  0.884924 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2251  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.11 
 
 		 453 aa  298  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.001838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2695  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.44 
 
 		 453 aa  293  3e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0450627  normal  0.5058 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18830  adenylosuccinate lyase  37.16 
 
 		 477 aa  290  3e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0801563 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3210  adenylosuccinate lyase  37.08 
 
 		 452 aa  290  3e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02908  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.8 
 
 		 450 aa  288  2e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0280  adenylosuccinate lyase  35.35 
 
 		 454 aa  284  2.0000000000000002e-75  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1536  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.95 
 
 		 438 aa  284  3.0000000000000004e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0157227  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7931  3-carboxy-cis,cis-muconate cyclo-isomerase  42.07 
 
 		 452 aa  282  7.000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.46399  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1630  adenylosuccinate lyase  36.26 
 
 		 477 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4837  fumarate lyase  38.06 
 
 		 450 aa  270  4e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.616525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0005  adenylosuccinate lyase  35.57 
 
 		 454 aa  270  5e-71  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0824  adenylosuccinate lyase  34.91 
 
 		 446 aa  269  8.999999999999999e-71  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.116488 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1631  adenylosuccinate lyase  34.16 
 
 		 483 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4818  fumarate lyase  37.98 
 
 		 451 aa  259  5.0000000000000005e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.327057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1393  adenylosuccinate lyase  34.23 
 
 		 455 aa  257  3e-67  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00268576  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2084  fumarate lyase  41.4 
 
 		 451 aa  256  7e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252524  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1582  adenylosuccinate lyase  33.78 
 
 		 455 aa  255  9e-67  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5054  fumarate lyase  34.82 
 
 		 456 aa  254  3e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0605282  normal  0.269052 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1579  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.84 
 
 		 448 aa  251  2e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.13236  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18850  adenylosuccinate lyase  32.81 
 
 		 483 aa  251  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.110706 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0781  adenylosuccinate lyase  34.38 
 
 		 446 aa  246  4e-64  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0994774  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4874  fumarate lyase  35.04 
 
 		 456 aa  241  1e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0760075  normal  0.0695852 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1160  adenylosuccinate lyase  33.26 
 
 		 446 aa  241  2e-62  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1701  adenylosuccinate lyase  33.78 
 
 		 445 aa  239  8e-62  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.259986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2958  adenylosuccinate lyase  34.42 
 
 		 471 aa  238  1e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121926  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2385  fumarate lyase  37.41 
 
 		 463 aa  238  2e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.72571  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1121  adenylosuccinate lyase  32.81 
 
 		 447 aa  238  2e-61  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1218  adenylosuccinate lyase  36.63 
 
 		 445 aa  231  2e-59  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4654  fumarate lyase  39.76 
 
 		 451 aa  230  5e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.179746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1855  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.75 
 
 		 419 aa  224  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354329  normal  0.137347 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0673  adenylosuccinate lyase  32.25 
 
 		 448 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1657  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.13 
 
 		 404 aa  218  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.919998 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1118  adenylosuccinate lyase  34.68 
 
 		 446 aa  218  1e-55  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.984181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0794  adenylosuccinate lyase  31.31 
 
 		 449 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.652976  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1963  adenylosuccinate lyase  34.66 
 
 		 433 aa  218  2.9999999999999998e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.700985  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3530  adenylosuccinate lyase  33.03 
 
 		 431 aa  217  4e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2587  adenylosuccinate lyase  33.03 
 
 		 431 aa  217  4e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.184004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1162  adenylosuccinate lyase  32.73 
 
 		 446 aa  216  5.9999999999999996e-55  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1055  fumarate lyase  33.48 
 
 		 488 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0298  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  33.98 
 
 		 444 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3324  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.77 
 
 		 402 aa  213  5.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0018  adenylosuccinate lyase  32.3 
 
 		 458 aa  210  4e-53  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.146335  decreased coverage  0.000415583 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5067  fumarate lyase  33.93 
 
 		 446 aa  209  8e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.185188  normal  0.273207 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0455  Adenylosuccinate lyase  30.88 
 
 		 430 aa  209  9e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.547071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13030  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.12 
 
 		 462 aa  209  1e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0307  adenylosuccinate lyase  33.1 
 
 		 430 aa  207  3e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.141521  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>