More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4837 on replicon NC_008697
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008697  Noca_4837  fumarate lyase  100 
 
 
450 aa  900    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.616525  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4818  fumarate lyase  81.98 
 
 
451 aa  702    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.327057  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5054  fumarate lyase  44.07 
 
 
456 aa  356  5e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0605282  normal  0.269052 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3210  adenylosuccinate lyase  44.24 
 
 
452 aa  342  7e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127423  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4874  fumarate lyase  43.24 
 
 
456 aa  327  3e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0760075  normal  0.0695852 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4374  adenylosuccinate lyase  37.47 
 
 
451 aa  326  5e-88  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  6.25048e-22 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21250  adenylosuccinate lyase  42.21 
 
 
452 aa  319  5e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0991556  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18830  adenylosuccinate lyase  41.89 
 
 
477 aa  318  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0801563 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0170  adenylosuccinate lyase  38.96 
 
 
454 aa  313  5.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00265741  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0215  adenylosuccinate lyase  38.96 
 
 
454 aa  312  6.999999999999999e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314002  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3997  adenylosuccinate lyase  38.84 
 
 
454 aa  309  6.999999999999999e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00709346  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4188  adenylosuccinate lyase  39.06 
 
 
454 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0280  adenylosuccinate lyase  38.64 
 
 
454 aa  306  4.0000000000000004e-82  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5067  fumarate lyase  44.57 
 
 
446 aa  305  8.000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.185188  normal  0.273207 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2958  adenylosuccinate lyase  40.5 
 
 
471 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121926  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1630  adenylosuccinate lyase  40.09 
 
 
477 aa  300  5e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18850  adenylosuccinate lyase  38.15 
 
 
483 aa  295  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.110706 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1631  adenylosuccinate lyase  38.15 
 
 
483 aa  292  8e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1582  adenylosuccinate lyase  38.72 
 
 
455 aa  291  1e-77  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0005  adenylosuccinate lyase  37.98 
 
 
454 aa  290  3e-77  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1393  adenylosuccinate lyase  38.27 
 
 
455 aa  290  5.0000000000000004e-77  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00268576  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2418  fumarate lyase  37.16 
 
 
448 aa  283  3.0000000000000004e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.259458 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2125  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.13 
 
 
453 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1483  fumarate lyase  36.4 
 
 
450 aa  276  4e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.151746  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4598  fumarate lyase  36.26 
 
 
458 aa  275  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.604906  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4409  fumarate lyase  38.06 
 
 
446 aa  273  5.000000000000001e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1072  adenylosuccinate lyase  39.01 
 
 
455 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2341  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.53 
 
 
453 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1160  adenylosuccinate lyase  37.44 
 
 
446 aa  265  1e-69  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0673  adenylosuccinate lyase  36.88 
 
 
448 aa  265  2e-69  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2745  fumarate lyase  35.81 
 
 
473 aa  262  1e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.632463  normal  0.0578708 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3487  fumarate lyase  33.63 
 
 
450 aa  258  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1439  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.99 
 
 
460 aa  258  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0794  adenylosuccinate lyase  34.68 
 
 
449 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.652976  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0014  fumarate lyase  35.49 
 
 
450 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000353189  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0757  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.67 
 
 
457 aa  252  9.000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.44 
 
 
450 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00531997 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0986  adenylosuccinate lyase  33.41 
 
 
448 aa  251  2e-65  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.00836427  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3622  fumarate lyase  36.9 
 
 
456 aa  250  4e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741551  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1273  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.81 
 
 
454 aa  249  6e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281218  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4557  fumarate lyase  33.41 
 
 
449 aa  249  8e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04011  conserved hypothetical protein  34.99 
 
 
476 aa  249  1e-64  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981247  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3811  fumarate lyase  33.18 
 
 
449 aa  248  1e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0824  adenylosuccinate lyase  36.08 
 
 
446 aa  248  1e-64  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.116488 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4344  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.88 
 
 
450 aa  246  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.339693  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1379  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.88 
 
 
450 aa  246  9e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.449914  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1906  putative lyase  34.31 
 
 
445 aa  242  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0781  adenylosuccinate lyase  34.97 
 
 
446 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0994774  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1684  adenylosuccinate lyase  34.51 
 
 
449 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.29073  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0216  adenylosuccinate lyase  34.07 
 
 
449 aa  240  4e-62  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.595584 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1701  adenylosuccinate lyase  35.12 
 
 
445 aa  240  4e-62  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.259986  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38190  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.1 
 
 
450 aa  236  6e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.569484  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1455  adenylosuccinate lyase  30.79 
 
 
453 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1121  adenylosuccinate lyase  34.55 
 
 
447 aa  231  1e-59  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0294  adenylosuccinate lyase  33.56 
 
 
449 aa  230  4e-59  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.437352  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1536  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.1 
 
 
438 aa  229  9e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0157227  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4435  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.24 
 
 
450 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.115184  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1118  adenylosuccinate lyase  35.65 
 
 
446 aa  227  3e-58  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.984181  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0316  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.27 
 
 
459 aa  225  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1218  adenylosuccinate lyase  36.18 
 
 
445 aa  225  1e-57  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02830  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.81 
 
 
459 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289129 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4459  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.3 
 
 
476 aa  224  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.484308 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2746  fumarate lyase  36.75 
 
 
461 aa  223  4e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.382939  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0645  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.07 
 
 
459 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0741414 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4314  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.53 
 
 
459 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417348  normal  0.728676 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7931  3-carboxy-cis,cis-muconate cyclo-isomerase  37.53 
 
 
452 aa  221  1.9999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.46399  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0393  adenylosuccinate lyase  35.56 
 
 
430 aa  221  1.9999999999999999e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.623936  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3127  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.76 
 
 
457 aa  221  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1162  adenylosuccinate lyase  31.63 
 
 
446 aa  216  7e-55  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.57 
 
 
452 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1485  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.57 
 
 
452 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0058  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.57 
 
 
452 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.593603  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1202  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.57 
 
 
452 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0056  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.57 
 
 
452 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0457569  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0069  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.57 
 
 
452 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.675451  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.57 
 
 
452 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4169  adenylosuccinate lyase  35.01 
 
 
431 aa  213  3.9999999999999995e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.618231  normal  0.283805 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0455  Adenylosuccinate lyase  33.01 
 
 
430 aa  213  4.9999999999999996e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.547071  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02908  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.27 
 
 
450 aa  213  4.9999999999999996e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3160  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.64 
 
 
457 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5748  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.87 
 
 
452 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.955684  normal  0.122503 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23110  adenylosuccinate lyase  31.78 
 
 
431 aa  211  3e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2151  adenylosuccinate lyase  34.58 
 
 
431 aa  210  4e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2952  adenylosuccinate lyase  32.48 
 
 
431 aa  210  4e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.582746  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.64 
 
 
460 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.646656  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1634  adenylosuccinate lyase  34.62 
 
 
432 aa  209  1e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1446  adenylosuccinate lyase  31.34 
 
 
431 aa  208  2e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.149725  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2695  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.92 
 
 
453 aa  207  3e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0450627  normal  0.5058 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1943  adenylosuccinate lyase  32.37 
 
 
431 aa  207  3e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5286  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.19 
 
 
451 aa  207  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.335784  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1632  adenylosuccinate lyase  32.61 
 
 
431 aa  207  4e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0328122  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0307  adenylosuccinate lyase  33.66 
 
 
430 aa  207  4e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.141521  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2064  adenylosuccinate lyase  32.37 
 
 
431 aa  206  6e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2505  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.51 
 
 
452 aa  206  9e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4984  adenylosuccinate lyase  32.53 
 
 
435 aa  204  2e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0262  adenylosuccinate lyase  32.53 
 
 
435 aa  204  2e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0255  adenylosuccinate lyase  32.69 
 
 
431 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00422824  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0290  adenylosuccinate lyase  32.53 
 
 
435 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0271  adenylosuccinate lyase  33.01 
 
 
435 aa  205  2e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0322  adenylosuccinate lyase  32.53 
 
 
435 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>