More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_4654 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_4654  fumarate lyase  100 
 
 		 451 aa  857    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.179746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2084  fumarate lyase  87.33 
 
 		 451 aa  686    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252524  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1439  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.74 
 
 		 460 aa  295  1e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0757  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.08 
 
 		 457 aa  292  1e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4557  fumarate lyase  40.78 
 
 		 449 aa  291  1e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3487  fumarate lyase  39.95 
 
 		 450 aa  291  2e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3811  fumarate lyase  40 
 
 		 449 aa  290  3e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2341  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.76 
 
 		 453 aa  286  4e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1483  fumarate lyase  40.87 
 
 		 450 aa  286  5.999999999999999e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.151746  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4598  fumarate lyase  40.88 
 
 		 458 aa  286  7e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.604906  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2125  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.87 
 
 		 453 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.398562 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04011  conserved hypothetical protein  40.43 
 
 		 476 aa  280  3e-74  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4344  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.44 
 
 		 450 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.339693  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1379  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.44 
 
 		 450 aa  280  5e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.449914  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1273  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.31 
 
 		 454 aa  279  8e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2418  fumarate lyase  40.24 
 
 		 448 aa  278  2e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.259458 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0014  fumarate lyase  39.69 
 
 		 450 aa  276  4e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000353189  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1072  adenylosuccinate lyase  42.75 
 
 		 455 aa  272  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.44 
 
 		 450 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00531997 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3622  fumarate lyase  39.67 
 
 		 456 aa  269  8.999999999999999e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741551  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38190  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.41 
 
 		 450 aa  267  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.569484  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2745  fumarate lyase  40.49 
 
 		 473 aa  265  2e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.632463  normal  0.0578708 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4435  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.22 
 
 		 450 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.115184  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5023  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.78 
 
 		 462 aa  259  6e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.261629  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4409  fumarate lyase  39.76 
 
 		 446 aa  258  2e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0645  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.89 
 
 		 459 aa  257  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0741414 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21250  adenylosuccinate lyase  38.7 
 
 		 452 aa  256  6e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0991556  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1536  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.66 
 
 		 438 aa  254  2.0000000000000002e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0157227  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2456  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.13 
 
 		 453 aa  251  1e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02830  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.21 
 
 		 459 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289129 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3127  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.77 
 
 		 457 aa  248  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02908  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.58 
 
 		 450 aa  248  2e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.72 
 
 		 452 aa  247  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4459  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.99 
 
 		 476 aa  247  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.484308 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0069  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.24 
 
 		 452 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.675451  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4314  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.89 
 
 		 459 aa  246  6e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417348  normal  0.728676 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0058  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.24 
 
 		 452 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.593603  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.24 
 
 		 452 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1485  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.24 
 
 		 452 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1202  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.24 
 
 		 452 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0056  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.24 
 
 		 452 aa  245  9e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0457569  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4015  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.92 
 
 		 490 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0773124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0316  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.7 
 
 		 459 aa  244  3e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5286  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.25 
 
 		 451 aa  242  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.335784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.52 
 
 		 460 aa  240  4e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.646656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.2 
 
 		 465 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1055  fumarate lyase  43.63 
 
 		 488 aa  239  6.999999999999999e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3160  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.52 
 
 		 457 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2505  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.39 
 
 		 452 aa  239  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5748  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.28 
 
 		 452 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.955684  normal  0.122503 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2695  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.36 
 
 		 453 aa  236  6e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0450627  normal  0.5058 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2251  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.49 
 
 		 453 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.001838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7931  3-carboxy-cis,cis-muconate cyclo-isomerase  42.7 
 
 		 452 aa  234  3e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.46399  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2063  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43 
 
 		 453 aa  229  6e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146832  normal  0.884924 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5111  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.49 
 
 		 406 aa  227  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4374  adenylosuccinate lyase  32.21 
 
 		 451 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  6.25048e-22 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2457  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.1 
 
 		 383 aa  225  1e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00336692  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4475  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.52 
 
 		 452 aa  224  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1855  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.18 
 
 		 419 aa  224  4e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354329  normal  0.137347 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4654  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.39 
 
 		 464 aa  223  8e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0817649  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1579  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.91 
 
 		 448 aa  217  4e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.13236  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1630  adenylosuccinate lyase  36.47 
 
 		 477 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3324  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.98 
 
 		 402 aa  212  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0170  adenylosuccinate lyase  32.44 
 
 		 454 aa  210  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00265741  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0215  adenylosuccinate lyase  32.6 
 
 		 454 aa  210  5e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314002  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4188  adenylosuccinate lyase  33.09 
 
 		 454 aa  208  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1906  putative lyase  32.66 
 
 		 445 aa  208  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3997  adenylosuccinate lyase  31.77 
 
 		 454 aa  207  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00709346  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18830  adenylosuccinate lyase  35.02 
 
 		 477 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0801563 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2324  fumarate lyase  41.52 
 
 		 500 aa  206  9e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.387168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2385  fumarate lyase  38.3 
 
 		 463 aa  204  2e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.72571  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1657  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.31 
 
 		 404 aa  202  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.919998 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0280  adenylosuccinate lyase  32.35 
 
 		 454 aa  199  1.0000000000000001e-49  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0298  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.81 
 
 		 444 aa  197  3e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3210  adenylosuccinate lyase  33.25 
 
 		 452 aa  185  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127423  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2833  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.8 
 
 		 464 aa  183  6e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1393  adenylosuccinate lyase  30.46 
 
 		 455 aa  182  1e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00268576  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1582  adenylosuccinate lyase  30.46 
 
 		 455 aa  181  2e-44  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0005  adenylosuccinate lyase  30.7 
 
 		 454 aa  181  2.9999999999999997e-44  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2958  adenylosuccinate lyase  32.52 
 
 		 471 aa  177  4e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121926  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4874  fumarate lyase  30.62 
 
 		 456 aa  175  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0760075  normal  0.0695852 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4818  fumarate lyase  33.03 
 
 		 451 aa  173  6.999999999999999e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.327057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0992  adenylosuccinate lyase  34.18 
 
 		 435 aa  173  6.999999999999999e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1014  adenylosuccinate lyase  33.49 
 
 		 437 aa  172  1e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4076  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.5 
 
 		 501 aa  172  1e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3852  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.29 
 
 		 384 aa  172  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0767232  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4837  fumarate lyase  33.49 
 
 		 450 aa  171  2e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.616525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0824  adenylosuccinate lyase  30.43 
 
 		 446 aa  171  4e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.116488 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5054  fumarate lyase  31.07 
 
 		 456 aa  169  6e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0605282  normal  0.269052 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13030  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.01 
 
 		 462 aa  169  9e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0673  adenylosuccinate lyase  29.12 
 
 		 448 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1631  adenylosuccinate lyase  32.13 
 
 		 483 aa  164  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0794  adenylosuccinate lyase  28.95 
 
 		 449 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.652976  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1071  fumarate lyase  41.94 
 
 		 381 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.137268 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23110  adenylosuccinate lyase  29.01 
 
 		 431 aa  163  6e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2695  adenylosuccinate lyase  30.3 
 
 		 431 aa  163  6e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0303486  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1160  adenylosuccinate lyase  30.86 
 
 		 446 aa  162  1e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18850  adenylosuccinate lyase  31.89 
 
 		 483 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.110706 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0307  adenylosuccinate lyase  31 
 
 		 430 aa  159  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.141521  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1662  fumarate lyase  36.29 
 
 		 438 aa  158  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.491711  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>