More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2063 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2251  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  86.03 
 
 
453 aa  680    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.001838  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2063  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  100 
 
 
453 aa  888    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146832  normal  0.884924 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2456  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  96.69 
 
 
453 aa  818    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786558  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5023  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  63.73 
 
 
462 aa  480  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.261629  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4015  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  61.02 
 
 
490 aa  476  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0773124  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  60.46 
 
 
452 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0058  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  60.46 
 
 
452 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.593603  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1485  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  60.46 
 
 
452 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0056  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  60.46 
 
 
452 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0457569  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0069  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  60.46 
 
 
452 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.675451  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1202  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  60.46 
 
 
452 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  60.23 
 
 
452 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4459  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  58.41 
 
 
476 aa  455  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.484308 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0645  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  57.02 
 
 
459 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0741414 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3127  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  59.26 
 
 
457 aa  443  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4314  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  57.33 
 
 
459 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417348  normal  0.728676 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1273  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  54.73 
 
 
454 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281218  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5286  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  59.72 
 
 
451 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.335784  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3160  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  59.26 
 
 
457 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  59.31 
 
 
465 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2341  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  51.45 
 
 
453 aa  437  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2125  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  51.45 
 
 
453 aa  437  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5748  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  60.19 
 
 
452 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.955684  normal  0.122503 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  59.35 
 
 
460 aa  433  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.646656  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1379  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  51.79 
 
 
450 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.449914  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4344  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  51.79 
 
 
450 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.339693  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4475  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  59.95 
 
 
452 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  52.23 
 
 
450 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00531997 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5111  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  59.85 
 
 
406 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38190  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.98 
 
 
450 aa  417  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.569484  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4435  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  52 
 
 
450 aa  415  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.115184  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02830  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  54.05 
 
 
459 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289129 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0316  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  54.5 
 
 
459 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2505  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  51.69 
 
 
452 aa  386  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02908  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  50.67 
 
 
450 aa  360  2e-98  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3811  fumarate lyase  42.6 
 
 
449 aa  353  4e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3487  fumarate lyase  41.7 
 
 
450 aa  350  3e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4557  fumarate lyase  41.26 
 
 
449 aa  341  2e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0757  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.86 
 
 
457 aa  340  2e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1439  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.19 
 
 
460 aa  337  1.9999999999999998e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1536  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.75 
 
 
438 aa  337  2.9999999999999997e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0157227  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2418  fumarate lyase  43.56 
 
 
448 aa  333  4e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.259458 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4409  fumarate lyase  43.02 
 
 
446 aa  332  6e-90  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1483  fumarate lyase  42.26 
 
 
450 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.151746  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7931  3-carboxy-cis,cis-muconate cyclo-isomerase  45.58 
 
 
452 aa  326  5e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.46399  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2745  fumarate lyase  41.78 
 
 
473 aa  326  6e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.632463  normal  0.0578708 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4598  fumarate lyase  43.97 
 
 
458 aa  324  2e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.604906  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0014  fumarate lyase  43.4 
 
 
450 aa  322  8e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000353189  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3622  fumarate lyase  42.02 
 
 
456 aa  312  5.999999999999999e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741551  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1072  adenylosuccinate lyase  44.74 
 
 
455 aa  306  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21250  adenylosuccinate lyase  41.5 
 
 
452 aa  305  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0991556  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04011  conserved hypothetical protein  39.06 
 
 
476 aa  296  4e-79  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981247  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1657  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.97 
 
 
404 aa  281  2e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.919998 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0215  adenylosuccinate lyase  36.28 
 
 
454 aa  280  5e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314002  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1855  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.74 
 
 
419 aa  279  8e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354329  normal  0.137347 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4374  adenylosuccinate lyase  34.83 
 
 
451 aa  278  2e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  6.25048e-22 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1579  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.19 
 
 
448 aa  276  5e-73  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.13236  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0280  adenylosuccinate lyase  36.04 
 
 
454 aa  274  2.0000000000000002e-72  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18830  adenylosuccinate lyase  40.14 
 
 
477 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0801563 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3852  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  50.29 
 
 
384 aa  269  8e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0767232  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3997  adenylosuccinate lyase  35.19 
 
 
454 aa  267  2e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00709346  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3324  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.38 
 
 
402 aa  268  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0170  adenylosuccinate lyase  35.15 
 
 
454 aa  266  4e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00265741  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1630  adenylosuccinate lyase  39.36 
 
 
477 aa  262  8.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4188  adenylosuccinate lyase  34.52 
 
 
454 aa  260  3e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13030  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.99 
 
 
462 aa  257  3e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1055  fumarate lyase  39.25 
 
 
488 aa  253  3e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1906  putative lyase  34.81 
 
 
445 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1393  adenylosuccinate lyase  35.67 
 
 
455 aa  252  1e-65  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00268576  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1582  adenylosuccinate lyase  34.99 
 
 
455 aa  248  1e-64  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0005  adenylosuccinate lyase  34.91 
 
 
454 aa  248  2e-64  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2084  fumarate lyase  44.23 
 
 
451 aa  246  6e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252524  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2833  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.78 
 
 
464 aa  241  2e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23357  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4654  fumarate lyase  43 
 
 
451 aa  237  3e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.179746  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2695  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.5 
 
 
453 aa  235  1.0000000000000001e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0450627  normal  0.5058 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4654  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.47 
 
 
464 aa  232  1e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0817649  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2958  adenylosuccinate lyase  35.62 
 
 
471 aa  229  1e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121926  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5054  fumarate lyase  34.62 
 
 
456 aa  226  8e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0605282  normal  0.269052 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2457  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.66 
 
 
383 aa  223  4.9999999999999996e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00336692  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3210  adenylosuccinate lyase  33.56 
 
 
452 aa  222  8e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127423  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2385  fumarate lyase  40.51 
 
 
463 aa  221  3e-56  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.72571  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18850  adenylosuccinate lyase  33.56 
 
 
483 aa  219  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.110706 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0298  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.12 
 
 
444 aa  219  8.999999999999998e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4874  fumarate lyase  34.62 
 
 
456 aa  214  2.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0760075  normal  0.0695852 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1631  adenylosuccinate lyase  32.73 
 
 
483 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0986  adenylosuccinate lyase  30.29 
 
 
448 aa  208  2e-52  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.00836427  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0393  adenylosuccinate lyase  32.51 
 
 
430 aa  205  2e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.623936  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2324  fumarate lyase  39.5 
 
 
500 aa  205  2e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.387168  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0794  adenylosuccinate lyase  30.56 
 
 
449 aa  202  9.999999999999999e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.652976  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0781  adenylosuccinate lyase  34.38 
 
 
446 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0994774  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1446  adenylosuccinate lyase  28.7 
 
 
431 aa  199  1.0000000000000001e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.149725  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0910  fumarate lyase  37.75 
 
 
458 aa  198  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4837  fumarate lyase  32.59 
 
 
450 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.616525  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1121  adenylosuccinate lyase  31.46 
 
 
447 aa  193  7e-48  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1701  adenylosuccinate lyase  33.41 
 
 
445 aa  191  2e-47  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.259986  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1684  adenylosuccinate lyase  30.56 
 
 
449 aa  192  2e-47  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.29073  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1071  fumarate lyase  43.02 
 
 
381 aa  191  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.137268 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1963  adenylosuccinate lyase  28.34 
 
 
431 aa  191  2.9999999999999997e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.739677  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0992  adenylosuccinate lyase  33.41 
 
 
435 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1997  adenylosuccinate lyase  28.34 
 
 
431 aa  191  2.9999999999999997e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.035377  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>