More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0910 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_0910  fumarate lyase  100 
 
 
458 aa  888    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1855  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.78 
 
 
419 aa  277  3e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354329  normal  0.137347 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3324  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.02 
 
 
402 aa  275  2.0000000000000002e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1657  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.63 
 
 
404 aa  262  8e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.919998 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1536  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.42 
 
 
438 aa  215  9.999999999999999e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0157227  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4557  fumarate lyase  34.51 
 
 
449 aa  214  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3811  fumarate lyase  34.51 
 
 
449 aa  210  3e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2341  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.64 
 
 
453 aa  210  5e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2125  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.01 
 
 
453 aa  206  6e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3127  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.71 
 
 
457 aa  206  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5023  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.29 
 
 
462 aa  206  8e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.261629  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3487  fumarate lyase  33.26 
 
 
450 aa  204  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5748  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.29 
 
 
452 aa  204  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.955684  normal  0.122503 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3160  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.66 
 
 
457 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5286  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.93 
 
 
451 aa  203  6e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.335784  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.66 
 
 
460 aa  203  6e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.646656  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0645  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.67 
 
 
459 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0741414 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5111  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.05 
 
 
406 aa  200  5e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4459  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.21 
 
 
476 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.484308 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2456  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.78 
 
 
453 aa  197  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786558  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7931  3-carboxy-cis,cis-muconate cyclo-isomerase  40.05 
 
 
452 aa  197  4.0000000000000005e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.46399  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2745  fumarate lyase  35.39 
 
 
473 aa  197  5.000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.632463  normal  0.0578708 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4015  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.04 
 
 
490 aa  196  6e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0773124  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4344  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.95 
 
 
450 aa  196  9e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.339693  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4314  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.47 
 
 
459 aa  195  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417348  normal  0.728676 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1379  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.71 
 
 
450 aa  195  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.449914  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2505  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.56 
 
 
452 aa  192  8e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1273  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.89 
 
 
454 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281218  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4409  fumarate lyase  35.12 
 
 
446 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.36 
 
 
450 aa  190  5e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00531997 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.25 
 
 
465 aa  189  8e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.64 
 
 
452 aa  189  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02908  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.35 
 
 
450 aa  188  1e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.64 
 
 
452 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0056  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.64 
 
 
452 aa  188  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0457569  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1439  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.99 
 
 
460 aa  188  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1202  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.64 
 
 
452 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0058  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.64 
 
 
452 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.593603  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4475  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.05 
 
 
452 aa  188  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1485  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.64 
 
 
452 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1483  fumarate lyase  34.91 
 
 
450 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.151746  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0069  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.78 
 
 
452 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.675451  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3622  fumarate lyase  35.37 
 
 
456 aa  186  6e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741551  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2418  fumarate lyase  35.1 
 
 
448 aa  184  4.0000000000000006e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.259458 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04011  conserved hypothetical protein  31.34 
 
 
476 aa  183  7e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981247  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4435  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.47 
 
 
450 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.115184  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2063  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.75 
 
 
453 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146832  normal  0.884924 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0757  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.43 
 
 
457 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4598  fumarate lyase  34.66 
 
 
458 aa  180  4e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.604906  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38190  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.55 
 
 
450 aa  178  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.569484  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02830  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.98 
 
 
459 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289129 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2251  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.08 
 
 
453 aa  170  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.001838  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1906  putative lyase  31.11 
 
 
445 aa  170  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21250  adenylosuccinate lyase  32.17 
 
 
452 aa  170  5e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0991556  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0316  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.88 
 
 
459 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3852  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.66 
 
 
384 aa  168  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0767232  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2695  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.44 
 
 
453 aa  166  5.9999999999999996e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0450627  normal  0.5058 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4374  adenylosuccinate lyase  29.21 
 
 
451 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  6.25048e-22 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1072  adenylosuccinate lyase  34.57 
 
 
455 aa  163  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0014  fumarate lyase  32.71 
 
 
450 aa  161  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000353189  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1579  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.7 
 
 
448 aa  157  3e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.13236  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13030  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.48 
 
 
462 aa  151  2e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1630  adenylosuccinate lyase  30.96 
 
 
477 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1071  fumarate lyase  40.52 
 
 
381 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.137268 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2457  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.65 
 
 
383 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00336692  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4654  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.1 
 
 
464 aa  148  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0817649  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18830  adenylosuccinate lyase  31.89 
 
 
477 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0801563 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2324  fumarate lyase  34.5 
 
 
500 aa  146  8.000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.387168  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0215  adenylosuccinate lyase  28.16 
 
 
454 aa  144  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314002  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0170  adenylosuccinate lyase  28.95 
 
 
454 aa  143  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00265741  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2833  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.24 
 
 
464 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23357  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5054  fumarate lyase  31.3 
 
 
456 aa  141  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0605282  normal  0.269052 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2385  fumarate lyase  35.93 
 
 
463 aa  138  2e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.72571  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2958  adenylosuccinate lyase  31.6 
 
 
471 aa  137  4e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121926  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2084  fumarate lyase  37.9 
 
 
451 aa  137  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252524  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1582  adenylosuccinate lyase  29.31 
 
 
455 aa  137  5e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1393  adenylosuccinate lyase  29.31 
 
 
455 aa  137  5e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00268576  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0280  adenylosuccinate lyase  27.59 
 
 
454 aa  137  6.0000000000000005e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3997  adenylosuccinate lyase  27.59 
 
 
454 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00709346  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1631  adenylosuccinate lyase  32.51 
 
 
483 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1455  adenylosuccinate lyase  26.04 
 
 
453 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0393  adenylosuccinate lyase  28.75 
 
 
430 aa  135  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.623936  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2952  adenylosuccinate lyase  32.07 
 
 
431 aa  135  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.582746  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18850  adenylosuccinate lyase  31.88 
 
 
483 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.110706 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4837  fumarate lyase  31.86 
 
 
450 aa  133  5e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.616525  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4188  adenylosuccinate lyase  27.34 
 
 
454 aa  133  7.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1055  fumarate lyase  32.47 
 
 
488 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0298  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  30.26 
 
 
444 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0005  adenylosuccinate lyase  28.15 
 
 
454 aa  129  1.0000000000000001e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4654  fumarate lyase  37.21 
 
 
451 aa  128  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.179746  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4874  fumarate lyase  30.65 
 
 
456 aa  127  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0760075  normal  0.0695852 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0986  adenylosuccinate lyase  28.26 
 
 
448 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.00836427  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4818  fumarate lyase  30.63 
 
 
451 aa  125  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.327057  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1058  adenylosuccinate lyase  29.66 
 
 
436 aa  124  4e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0255  adenylosuccinate lyase  27.68 
 
 
431 aa  124  4e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00422824  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1131  adenylosuccinate lyase  27.92 
 
 
431 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0673  adenylosuccinate lyase  28.01 
 
 
448 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3210  adenylosuccinate lyase  30.96 
 
 
452 aa  120  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127423  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0688  adenylosuccinate lyase  30.07 
 
 
435 aa  120  7e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.930148  normal  0.150396 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1662  fumarate lyase  31.17 
 
 
438 aa  119  9e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.491711  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>