More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3997 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_0215  adenylosuccinate lyase  88.72 
 
 
454 aa  840    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314002  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4188  adenylosuccinate lyase  98.46 
 
 
454 aa  925    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0170  adenylosuccinate lyase  88.94 
 
 
454 aa  841    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00265741  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3997  adenylosuccinate lyase  100 
 
 
454 aa  936    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00709346  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3210  adenylosuccinate lyase  45.72 
 
 
452 aa  396  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127423  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18830  adenylosuccinate lyase  42.79 
 
 
477 aa  379  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0801563 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1630  adenylosuccinate lyase  43.11 
 
 
477 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0280  adenylosuccinate lyase  41.72 
 
 
454 aa  373  1e-102  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1483  fumarate lyase  40.63 
 
 
450 aa  356  5.999999999999999e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.151746  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1582  adenylosuccinate lyase  41.87 
 
 
455 aa  354  2e-96  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21250  adenylosuccinate lyase  41.08 
 
 
452 aa  353  2e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0991556  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1393  adenylosuccinate lyase  41.87 
 
 
455 aa  354  2e-96  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00268576  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0014  fumarate lyase  40.41 
 
 
450 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000353189  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0005  adenylosuccinate lyase  40.62 
 
 
454 aa  340  4e-92  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0757  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40 
 
 
457 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1439  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.41 
 
 
460 aa  333  5e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4374  adenylosuccinate lyase  39.28 
 
 
451 aa  331  2e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  6.25048e-22 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4598  fumarate lyase  37.7 
 
 
458 aa  324  2e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.604906  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2745  fumarate lyase  36.97 
 
 
473 aa  320  3e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.632463  normal  0.0578708 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3487  fumarate lyase  36.94 
 
 
450 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4409  fumarate lyase  35.67 
 
 
446 aa  311  2e-83  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2418  fumarate lyase  36.04 
 
 
448 aa  309  5e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.259458 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1121  adenylosuccinate lyase  39.91 
 
 
447 aa  307  3e-82  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4557  fumarate lyase  36.04 
 
 
449 aa  306  7e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3811  fumarate lyase  37.69 
 
 
449 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0824  adenylosuccinate lyase  37.22 
 
 
446 aa  302  8.000000000000001e-81  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.116488 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0794  adenylosuccinate lyase  37.17 
 
 
449 aa  301  2e-80  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.652976  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4837  fumarate lyase  38.84 
 
 
450 aa  300  5e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.616525  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1631  adenylosuccinate lyase  35.75 
 
 
483 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2341  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.94 
 
 
453 aa  297  2e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0986  adenylosuccinate lyase  36.5 
 
 
448 aa  296  4e-79  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.00836427  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1072  adenylosuccinate lyase  38.68 
 
 
455 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0673  adenylosuccinate lyase  37.22 
 
 
448 aa  293  4e-78  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18850  adenylosuccinate lyase  35.67 
 
 
483 aa  293  4e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.110706 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2125  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.72 
 
 
453 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4818  fumarate lyase  38.29 
 
 
451 aa  290  4e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.327057  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0781  adenylosuccinate lyase  37.36 
 
 
446 aa  288  2e-76  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0994774  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04011  conserved hypothetical protein  35.15 
 
 
476 aa  287  2.9999999999999996e-76  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981247  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1160  adenylosuccinate lyase  35.63 
 
 
446 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0645  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.16 
 
 
459 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0741414 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3622  fumarate lyase  36.76 
 
 
456 aa  281  1e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741551  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.9 
 
 
452 aa  281  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2958  adenylosuccinate lyase  34.64 
 
 
471 aa  280  3e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121926  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0058  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.9 
 
 
452 aa  280  4e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.593603  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.9 
 
 
452 aa  280  4e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1485  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.9 
 
 
452 aa  280  4e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1202  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.9 
 
 
452 aa  280  4e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0069  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.9 
 
 
452 aa  279  9e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.675451  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0056  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.67 
 
 
452 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0457569  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1273  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.85 
 
 
454 aa  277  3e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281218  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3127  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.02 
 
 
457 aa  277  3e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1701  adenylosuccinate lyase  36.38 
 
 
445 aa  277  3e-73  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.259986  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1684  adenylosuccinate lyase  36.5 
 
 
449 aa  276  4e-73  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.29073  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0216  adenylosuccinate lyase  36.73 
 
 
449 aa  276  6e-73  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.595584 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0294  adenylosuccinate lyase  36.95 
 
 
449 aa  275  9e-73  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.437352  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4459  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.41 
 
 
476 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.484308 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1906  putative lyase  34.24 
 
 
445 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4314  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.44 
 
 
459 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417348  normal  0.728676 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5054  fumarate lyase  33.03 
 
 
456 aa  273  7e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0605282  normal  0.269052 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3160  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.02 
 
 
457 aa  272  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.56 
 
 
450 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00531997 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4344  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.38 
 
 
450 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.339693  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1379  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.38 
 
 
450 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.449914  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38190  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.41 
 
 
450 aa  266  4e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.569484  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.02 
 
 
460 aa  266  4e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.646656  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.99 
 
 
465 aa  264  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1218  adenylosuccinate lyase  38.15 
 
 
445 aa  264  2e-69  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5748  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.56 
 
 
452 aa  264  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.955684  normal  0.122503 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1162  adenylosuccinate lyase  34.85 
 
 
446 aa  262  1e-68  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0393  adenylosuccinate lyase  34.84 
 
 
430 aa  258  1e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.623936  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4475  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.02 
 
 
452 aa  259  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5286  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.33 
 
 
451 aa  255  9e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.335784  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5023  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.81 
 
 
462 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.261629  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1446  adenylosuccinate lyase  32.54 
 
 
431 aa  254  3e-66  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.149725  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16551  adenylosuccinate lyase  34.69 
 
 
431 aa  253  6e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2151  adenylosuccinate lyase  33.03 
 
 
431 aa  251  2e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1118  adenylosuccinate lyase  36.3 
 
 
446 aa  251  2e-65  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.984181  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0255  adenylosuccinate lyase  33.89 
 
 
431 aa  250  3e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00422824  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23110  adenylosuccinate lyase  33.1 
 
 
431 aa  250  3e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5111  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.66 
 
 
406 aa  250  4e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4015  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.75 
 
 
490 aa  249  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0773124  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16671  adenylosuccinate lyase  34.93 
 
 
431 aa  249  8e-65  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4435  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.62 
 
 
450 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.115184  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2505  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.57 
 
 
452 aa  248  1e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2251  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.1 
 
 
453 aa  247  2e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.001838  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1131  adenylosuccinate lyase  34.13 
 
 
431 aa  248  2e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02830  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.96 
 
 
459 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289129 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4874  fumarate lyase  33.56 
 
 
456 aa  246  4e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0760075  normal  0.0695852 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1963  adenylosuccinate lyase  32.26 
 
 
431 aa  246  4.9999999999999997e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.739677  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1997  adenylosuccinate lyase  32.26 
 
 
431 aa  246  4.9999999999999997e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.035377  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0307  adenylosuccinate lyase  35.34 
 
 
430 aa  245  9.999999999999999e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.141521  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0316  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.32 
 
 
459 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1558  adenylosuccinate lyase  34.69 
 
 
431 aa  244  1.9999999999999999e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0819  adenylosuccinate lyase  35.13 
 
 
438 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16451  adenylosuccinate lyase  35.01 
 
 
431 aa  244  3e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.721255  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0315  adenylosuccinate lyase  32.02 
 
 
431 aa  243  3.9999999999999997e-63  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4928  adenylosuccinate lyase  32.49 
 
 
433 aa  243  7e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000014766  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2456  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.37 
 
 
453 aa  242  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786558  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5067  fumarate lyase  33.18 
 
 
446 aa  241  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.185188  normal  0.273207 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1536  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.1 
 
 
438 aa  240  2.9999999999999997e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0157227  normal  0.182398 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>