More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_4874 on replicon NC_009717
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009717  Xaut_5054  fumarate lyase  91.67 
 
 
456 aa  850    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0605282  normal  0.269052 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4874  fumarate lyase  100 
 
 
456 aa  914    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0760075  normal  0.0695852 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5067  fumarate lyase  69.13 
 
 
446 aa  582  1.0000000000000001e-165  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.185188  normal  0.273207 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4837  fumarate lyase  43.24 
 
 
450 aa  333  3e-90  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.616525  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4818  fumarate lyase  42.86 
 
 
451 aa  328  2.0000000000000001e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.327057  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1630  adenylosuccinate lyase  41.88 
 
 
477 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18830  adenylosuccinate lyase  40.44 
 
 
477 aa  307  3e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0801563 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0280  adenylosuccinate lyase  35.21 
 
 
454 aa  295  1e-78  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3210  adenylosuccinate lyase  38.71 
 
 
452 aa  295  1e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127423  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1582  adenylosuccinate lyase  36.08 
 
 
455 aa  291  1e-77  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1393  adenylosuccinate lyase  36.22 
 
 
455 aa  289  7e-77  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00268576  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0005  adenylosuccinate lyase  35.07 
 
 
454 aa  275  1.0000000000000001e-72  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0170  adenylosuccinate lyase  34.47 
 
 
454 aa  271  1e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00265741  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21250  adenylosuccinate lyase  35.94 
 
 
452 aa  270  4e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0991556  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0215  adenylosuccinate lyase  35.17 
 
 
454 aa  268  1e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314002  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3997  adenylosuccinate lyase  33.56 
 
 
454 aa  269  1e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00709346  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3487  fumarate lyase  34.29 
 
 
450 aa  266  5e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4188  adenylosuccinate lyase  33.56 
 
 
454 aa  265  1e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4374  adenylosuccinate lyase  32.74 
 
 
451 aa  264  2e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  6.25048e-22 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3811  fumarate lyase  33.63 
 
 
449 aa  261  2e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4557  fumarate lyase  33.26 
 
 
449 aa  259  9e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1631  adenylosuccinate lyase  33.41 
 
 
483 aa  252  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4409  fumarate lyase  35.04 
 
 
446 aa  251  1e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18850  adenylosuccinate lyase  32.73 
 
 
483 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.110706 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2958  adenylosuccinate lyase  34.83 
 
 
471 aa  245  9.999999999999999e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121926  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2745  fumarate lyase  32.96 
 
 
473 aa  245  9.999999999999999e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.632463  normal  0.0578708 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2341  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34 
 
 
453 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0757  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.53 
 
 
457 aa  243  5e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2418  fumarate lyase  31.1 
 
 
448 aa  243  6e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.259458 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1483  fumarate lyase  32.74 
 
 
450 aa  237  4e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.151746  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0014  fumarate lyase  33.48 
 
 
450 aa  236  6e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000353189  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2125  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  33.85 
 
 
453 aa  236  8e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1379  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.51 
 
 
450 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.449914  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3622  fumarate lyase  33.03 
 
 
456 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741551  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4344  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.51 
 
 
450 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.339693  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1439  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  33.11 
 
 
460 aa  233  5e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.81 
 
 
450 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00531997 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1072  adenylosuccinate lyase  36.88 
 
 
455 aa  226  7e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1273  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  32.58 
 
 
454 aa  224  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281218  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38190  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.12 
 
 
450 aa  223  8e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.569484  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5023  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  33.33 
 
 
462 aa  218  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.261629  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1906  putative lyase  32.07 
 
 
445 aa  218  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4598  fumarate lyase  31.64 
 
 
458 aa  218  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.604906  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4435  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.29 
 
 
450 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.115184  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0316  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.04 
 
 
459 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2695  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.89 
 
 
453 aa  216  9e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0450627  normal  0.5058 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2456  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.02 
 
 
453 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786558  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0986  adenylosuccinate lyase  30.09 
 
 
448 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.00836427  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23110  adenylosuccinate lyase  31.5 
 
 
431 aa  213  5.999999999999999e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2251  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.62 
 
 
453 aa  212  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.001838  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0794  adenylosuccinate lyase  30.28 
 
 
449 aa  212  1e-53  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.652976  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02830  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.14 
 
 
459 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289129 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0393  adenylosuccinate lyase  32.03 
 
 
430 aa  211  3e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.623936  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02908  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.6 
 
 
450 aa  210  5e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0824  adenylosuccinate lyase  29.95 
 
 
446 aa  209  1e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.116488 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1536  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  31.84 
 
 
438 aa  208  2e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0157227  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0455  Adenylosuccinate lyase  30.3 
 
 
430 aa  206  6e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.547071  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4015  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.38 
 
 
490 aa  206  7e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0773124  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0307  adenylosuccinate lyase  32.14 
 
 
430 aa  205  1e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.141521  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1160  adenylosuccinate lyase  29.38 
 
 
446 aa  204  2e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04011  conserved hypothetical protein  29.8 
 
 
476 aa  204  3e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981247  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0673  adenylosuccinate lyase  30.23 
 
 
448 aa  204  3e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3530  adenylosuccinate lyase  31.19 
 
 
431 aa  203  4e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2587  adenylosuccinate lyase  31.19 
 
 
431 aa  203  4e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.184004  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0018  adenylosuccinate lyase  31.53 
 
 
458 aa  203  5e-51  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.146335  decreased coverage  0.000415583 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1963  adenylosuccinate lyase  29.1 
 
 
431 aa  202  7e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.739677  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1997  adenylosuccinate lyase  29.1 
 
 
431 aa  202  7e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.035377  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16551  adenylosuccinate lyase  28.83 
 
 
431 aa  202  8e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0255  adenylosuccinate lyase  29.95 
 
 
431 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00422824  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3127  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  33.96 
 
 
457 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4984  adenylosuccinate lyase  29.59 
 
 
435 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0315  adenylosuccinate lyase  31.59 
 
 
431 aa  200  3.9999999999999996e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0319  adenylosuccinate lyase  29.52 
 
 
435 aa  200  5e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0336  adenylosuccinate lyase  29.52 
 
 
435 aa  200  5e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0363  adenylosuccinate lyase  29.52 
 
 
435 aa  200  5e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0277  adenylosuccinate lyase  29.52 
 
 
435 aa  199  6e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.351809  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0262  adenylosuccinate lyase  29.52 
 
 
435 aa  199  6e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0271  adenylosuccinate lyase  29.59 
 
 
435 aa  199  6e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0290  adenylosuccinate lyase  29.52 
 
 
435 aa  199  6e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0322  adenylosuccinate lyase  29.52 
 
 
435 aa  199  6e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1446  adenylosuccinate lyase  28.64 
 
 
431 aa  199  7e-50  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.149725  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0216  adenylosuccinate lyase  30.28 
 
 
449 aa  199  7.999999999999999e-50  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.595584 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0265  adenylosuccinate lyase  29.29 
 
 
435 aa  199  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0631795  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16451  adenylosuccinate lyase  28.9 
 
 
431 aa  198  1.0000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.721255  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2094  adenylosuccinate lyase  29.52 
 
 
431 aa  197  2.0000000000000003e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2952  adenylosuccinate lyase  31.35 
 
 
431 aa  197  2.0000000000000003e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.582746  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1307  adenylosuccinate lyase  29.91 
 
 
427 aa  198  2.0000000000000003e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.325105  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0294  adenylosuccinate lyase  32.16 
 
 
449 aa  197  3e-49  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.437352  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2151  adenylosuccinate lyase  30.88 
 
 
431 aa  197  3e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2385  fumarate lyase  35.52 
 
 
463 aa  197  3e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.72571  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1684  adenylosuccinate lyase  30.05 
 
 
449 aa  197  3e-49  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.29073  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2063  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.62 
 
 
453 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146832  normal  0.884924 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4459  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  31.07 
 
 
476 aa  196  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.484308 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1217  adenylosuccinate lyase  28.06 
 
 
457 aa  196  1e-48  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0739358  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4928  adenylosuccinate lyase  31.98 
 
 
433 aa  195  1e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000014766  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0269  adenylosuccinate lyase  29.06 
 
 
433 aa  195  1e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0759  adenylosuccinate lyase  27.92 
 
 
451 aa  196  1e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4233  adenylosuccinate lyase  30.05 
 
 
431 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000273894 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5748  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.43 
 
 
452 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.955684  normal  0.122503 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0819  adenylosuccinate lyase  26.83 
 
 
438 aa  194  3e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>