63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3143 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_3143  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 203 aa  394  1e-109  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.828512  normal  0.93709 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2706  transcriptional regulator, AraC family  76.85 
 
 		 236 aa  299  2e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.28935 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4632  AraC family transcriptional regulator  72.91 
 
 		 235 aa  266  2e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0186381 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2026  transcriptional regulator, AraC family  69.95 
 
 		 251 aa  265  4e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0545338 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05740  hypothetical protein  47.67 
 
 		 239 aa  160  9e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.170117  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2317  AraC family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2793  transcriptional regulator, AraC family  38.32 
 
 		 219 aa  62  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.537681  hitchhiker  0.00108463 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 269 aa  47.8  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 264 aa  47  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 		 366 aa  46.2  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 361 aa  46.2  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 263 aa  45.8  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 278 aa  45.8  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1906  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 308 aa  45.8  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 462 aa  45.4  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3308  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 255 aa  45.4  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  26.12 
 
 		 304 aa  45.1  0.0008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2332  AraC family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 311 aa  44.7  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2447  AraC family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 304 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.140424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  26.12 
 
 		 306 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  34.21 
 
 		 271 aa  43.9  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0228  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 123 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.654381 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 410 aa  43.5  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2167  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 261 aa  43.5  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.241927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 355 aa  43.5  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 357 aa  43.9  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 357 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  36.99 
 
 		 396 aa  43.5  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  36.99 
 
 		 396 aa  43.5  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 360 aa  43.9  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 357 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 360 aa  43.9  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1875  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 294 aa  42.7  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 360 aa  43.1  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  36.99 
 
 		 356 aa  43.1  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 360 aa  42.7  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  27.85 
 
 		 269 aa  43.1  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4141  helix-turn-helix domain-containing protein  27.78 
 
 		 278 aa  42.7  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000207295  hitchhiker  0.0000292463 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  30.14 
 
 		 120 aa  42.7  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2688  helix-turn-helix domain-containing protein  29.03 
 
 		 221 aa  42.4  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.977146  normal  0.242396 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 271 aa  42.7  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 360 aa  42.7  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2737  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 262 aa  42.4  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0062511  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5070  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 317 aa  42.7  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5492  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 360 aa  42.7  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2016  transcriptional regulator, AraC family  26.12 
 
 		 308 aa  42.7  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296737 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 297 aa  42.7  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  30.88 
 
 		 409 aa  42.4  0.005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 134 aa  42.4  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  30.88 
 
 		 185 aa  42.4  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  30.88 
 
 		 409 aa  42.4  0.005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4065  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 282 aa  42.4  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.209723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4320  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 333 aa  42.4  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 409 aa  42.4  0.005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2723  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 273 aa  42  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0671245 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  34.85 
 
 		 284 aa  42  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 344 aa  42  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2466  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 306 aa  42  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 278 aa  41.6  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3022  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 269 aa  41.6  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.179069 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2657  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 269 aa  41.6  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2799  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 269 aa  41.6  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0653395  normal  0.0991111 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0693  AraC family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 276 aa  41.2  0.01  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>