More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3370 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1105  DNA repair protein RadA  80.53 
 
 		 462 aa  754    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.210727  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3370  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 457 aa  944    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2807  DNA repair protein RadA  92.98 
 
 		 457 aa  863    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000422719 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3032  DNA repair protein RadA  93.22 
 
 		 457 aa  895    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3540  DNA repair protein RadA  95.19 
 
 		 457 aa  872    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.154612 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1010  DNA repair protein RadA  83.91 
 
 		 459 aa  796    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2630  DNA repair protein RadA  48.82 
 
 		 470 aa  460  9.999999999999999e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.540448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0626  DNA repair protein RadA  44.49 
 
 		 459 aa  391  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.478337  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002636  DNA repair protein RadA  44.92 
 
 		 459 aa  390  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00949545  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2814  DNA repair protein RadA  44.69 
 
 		 454 aa  385  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1226  DNA repair protein RadA  44.13 
 
 		 454 aa  386  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03370  DNA repair protein RadA  44.49 
 
 		 459 aa  386  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1045  DNA repair protein RadA  44.13 
 
 		 454 aa  385  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.665867  normal  0.0445974 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1110  DNA repair protein RadA  44.13 
 
 		 454 aa  385  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1049  DNA repair protein RadA  44.13 
 
 		 454 aa  385  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.357607 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1148  DNA repair protein RadA  44.81 
 
 		 454 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0384904 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3358  DNA repair protein RadA  44.81 
 
 		 454 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.918494 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3219  DNA repair protein RadA  44.81 
 
 		 454 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3219  DNA repair protein RadA  44.81 
 
 		 454 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02991  DNA repair protein RadA  42.7 
 
 		 455 aa  376  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04265  predicted repair protein  43.53 
 
 		 460 aa  375  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3609  DNA repair protein RadA  43.53 
 
 		 460 aa  374  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4938  DNA repair protein RadA  43.53 
 
 		 460 aa  375  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.664332 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5903  DNA repair protein RadA  43.53 
 
 		 460 aa  375  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04230  hypothetical protein  43.53 
 
 		 460 aa  375  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4988  DNA repair protein RadA  43.53 
 
 		 460 aa  375  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0994  DNA repair protein RadA  43.79 
 
 		 457 aa  372  1e-102  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3667  DNA repair protein RadA  43.53 
 
 		 460 aa  375  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.696085 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4936  DNA repair protein RadA  43.53 
 
 		 460 aa  375  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4624  DNA repair protein RadA  43.53 
 
 		 460 aa  375  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0981  DNA repair protein RadA  44.39 
 
 		 454 aa  370  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.188403 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0406  DNA repair protein RadA  44.35 
 
 		 454 aa  369  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.509389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0667  DNA repair protein RadA  44.55 
 
 		 461 aa  369  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4830  DNA repair protein RadA  42.89 
 
 		 460 aa  368  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0839  DNA repair protein RadA  42.48 
 
 		 458 aa  367  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4937  DNA repair protein RadA  42.89 
 
 		 460 aa  368  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0548  DNA repair protein RadA  43.1 
 
 		 461 aa  367  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.342744 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4989  DNA repair protein RadA  44.09 
 
 		 460 aa  368  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.541639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4903  DNA repair protein RadA  42.89 
 
 		 460 aa  368  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4991  DNA repair protein RadA  42.67 
 
 		 460 aa  365  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0825  DNA repair protein RadA  43.86 
 
 		 460 aa  363  3e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3492  DNA repair protein RadA  43.86 
 
 		 460 aa  363  3e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3621  DNA repair protein RadA  43.86 
 
 		 460 aa  363  3e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  40.52 
 
 		 464 aa  363  3e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0510  DNA repair protein RadA  42.44 
 
 		 458 aa  361  1e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.150975  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1778  DNA repair protein RadA  42.42 
 
 		 460 aa  361  1e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1280  DNA repair protein RadA  42.83 
 
 		 454 aa  360  3e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1145  DNA repair protein RadA  40.43 
 
 		 458 aa  359  7e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  43.35 
 
 		 453 aa  359  7e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1922  DNA repair protein RadA  43.45 
 
 		 459 aa  358  9e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000667281  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3470  DNA repair protein RadA  43.53 
 
 		 461 aa  358  9.999999999999999e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  43.35 
 
 		 453 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  43.74 
 
 		 455 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1035  DNA repair protein RadA  42.12 
 
 		 458 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  42.92 
 
 		 455 aa  353  4e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0449  DNA repair protein RadA  44.03 
 
 		 460 aa  353  4e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0204936  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  42.69 
 
 		 455 aa  353  5e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0546  DNA repair protein RadA  43.81 
 
 		 460 aa  353  5e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4095  DNA repair protein RadA  41.14 
 
 		 452 aa  350  3e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  40.65 
 
 		 453 aa  350  4e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  42.79 
 
 		 453 aa  350  4e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1188  DNA repair protein RadA  44.19 
 
 		 458 aa  349  6e-95  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  41.52 
 
 		 448 aa  348  9e-95  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  41.09 
 
 		 451 aa  347  2e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0646  DNA repair protein RadA  40.23 
 
 		 463 aa  346  4e-94  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0731  DNA repair protein RadA  40.23 
 
 		 463 aa  346  4e-94  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  42.82 
 
 		 477 aa  345  8.999999999999999e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2274  DNA repair protein RadA  40.53 
 
 		 450 aa  344  1e-93  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  42.5 
 
 		 456 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  42.5 
 
 		 456 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2246  DNA repair protein RadA  40.04 
 
 		 450 aa  344  2e-93  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4000  DNA repair protein RadA  40.48 
 
 		 452 aa  344  2e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000405173  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3659  DNA repair protein RadA  43.35 
 
 		 462 aa  344  2e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.217436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  42.5 
 
 		 456 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3589  DNA repair protein RadA  43.71 
 
 		 461 aa  342  9e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.36569  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  41.86 
 
 		 451 aa  340  4e-92  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  41.3 
 
 		 447 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  41.63 
 
 		 451 aa  338  1.9999999999999998e-91  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  41.81 
 
 		 482 aa  336  5e-91  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1487  DNA repair protein RadA  41.36 
 
 		 481 aa  334  2e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.652724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0927  DNA repair protein RadA  41.05 
 
 		 482 aa  330  2e-89  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  39.18 
 
 		 456 aa  326  4.0000000000000003e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1332  DNA repair protein RadA  41 
 
 		 453 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.909582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  40.43 
 
 		 453 aa  326  6e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0965  DNA repair protein RadA  41.97 
 
 		 450 aa  324  2e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  39.51 
 
 		 457 aa  322  6e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1574  DNA repair protein RadA  39.09 
 
 		 458 aa  317  2e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2513  DNA repair protein RadA  39.09 
 
 		 458 aa  317  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167746  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2077  DNA repair protein RadA  39.09 
 
 		 458 aa  317  2e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0646051  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1349  DNA repair protein RadA  39.09 
 
 		 458 aa  317  2e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517323  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3235  DNA repair protein RadA  39.09 
 
 		 458 aa  317  2e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.150478  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2457  DNA repair protein RadA  39.09 
 
 		 458 aa  317  2e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108981  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2602  DNA repair protein RadA  39.09 
 
 		 458 aa  317  4e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0200982  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0651  DNA repair protein RadA  39.91 
 
 		 449 aa  315  9.999999999999999e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2008  DNA repair protein RadA  38.88 
 
 		 458 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480875  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  39.32 
 
 		 462 aa  314  1.9999999999999998e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5347  DNA repair protein RadA  40.22 
 
 		 458 aa  311  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2057  DNA repair protein RadA  40 
 
 		 458 aa  308  9e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  38.43 
 
 		 454 aa  308  1.0000000000000001e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  38.43 
 
 		 454 aa  308  1.0000000000000001e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>