More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3097 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3097  nucleoside-diphosphate sugar epimerase  100 
 
 		 403 aa  838    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.876352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1587  polysaccharide biosynthesis protein CapD  83.96 
 
 		 404 aa  706    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0251  capsular polysaccharide biosynthesis protein  75.76 
 
 		 396 aa  629  1e-179  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0172  polysaccharide biosynthesis protein  75.76 
 
 		 396 aa  629  1e-179  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001803  putative capsular polysaccharide biosynthesis protein D  75.76 
 
 		 396 aa  629  1e-179  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00667  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  74.24 
 
 		 396 aa  619  1e-176  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2328  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  74.23 
 
 		 393 aa  617  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.231358 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0046  polysaccharide biosynthesis protein CapD  74.49 
 
 		 393 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0592  polysaccharide biosynthesis protein CapD  69.08 
 
 		 401 aa  568  1e-161  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3117  polysaccharide biosynthesis protein CapD  65.05 
 
 		 399 aa  545  1e-154  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.339066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2643  polysaccharide biosynthesis protein CapD  63.71 
 
 		 395 aa  542  1e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.517596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3985  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.5 
 
 		 412 aa  277  2e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.25 
 
 		 628 aa  126  6e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.288119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2767  polysaccharide synthase family protein  28.46 
 
 		 637 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.149651  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1976  polysaccharide synthase family protein  28.46 
 
 		 637 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113139  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0937  polysaccharide synthase family protein  28.46 
 
 		 637 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.217913  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3150  polysaccharide biosynthesis protein  28.46 
 
 		 637 aa  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1838  polysaccharide synthase family protein  28.46 
 
 		 637 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3090  capsular polysaccharide biosynthesis protein  28.46 
 
 		 637 aa  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3127  capsular polysaccharide biosynthesis protein  28.46 
 
 		 637 aa  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1483  capsular polysaccharide biosynthesis  30.23 
 
 		 656 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.01 
 
 		 627 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0408  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.01 
 
 		 627 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0887  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.01 
 
 		 627 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0902  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.23 
 
 		 625 aa  121  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0776  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.54 
 
 		 627 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.905737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0765  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.62 
 
 		 630 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2289  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.16 
 
 		 629 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195008  normal  0.481233 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0713  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.73 
 
 		 641 aa  119  9.999999999999999e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.47 
 
 		 617 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3984  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.08 
 
 		 627 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.430813 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3385  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.53 
 
 		 651 aa  117  3e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1536  polysaccharide biosynthesis protein  27.08 
 
 		 647 aa  116  7.999999999999999e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0360  lipopolysaccharide biosynthesis protein (WbpM)-like  27.15 
 
 		 649 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1513  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.65 
 
 		 638 aa  116  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0299792  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0128  hypothetical protein  25.73 
 
 		 635 aa  114  3e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1702  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.15 
 
 		 680 aa  114  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1244  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.16 
 
 		 605 aa  113  7.000000000000001e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1211  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.16 
 
 		 605 aa  113  7.000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4411  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.17 
 
 		 644 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3816  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.97 
 
 		 645 aa  110  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.280981 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4167  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.69 
 
 		 648 aa  110  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1338  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.13 
 
 		 646 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0399433 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3780  putative epimerase/dehydratase polysaccharide- related biosynthesis protein  27.04 
 
 		 625 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00473075  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3268  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.35 
 
 		 629 aa  110  5e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4432  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.65 
 
 		 626 aa  110  5e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908556  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001764  nucleoside-diphosphate sugar epimerase/dehydratase  26.8 
 
 		 662 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000353165  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3273  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.43 
 
 		 628 aa  109  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05820  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  29.11 
 
 		 613 aa  108  1e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0718639  hitchhiker  0.00116651 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4862  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.63 
 
 		 600 aa  107  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.428479  normal  0.102171 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  24.75 
 
 		 643 aa  107  4e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3494  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.18 
 
 		 627 aa  107  5e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000299529  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0802  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.68 
 
 		 676 aa  107  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10733  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.03 
 
 		 653 aa  105  1e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1633  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.9 
 
 		 647 aa  105  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1585  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.1 
 
 		 653 aa  104  3e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216403  normal  0.968528 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08591  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  29.65 
 
 		 626 aa  104  3e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000225321 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2334  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.71 
 
 		 614 aa  104  3e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000027  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2244  polysaccharide biosynthesis protein  25.93 
 
 		 644 aa  104  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36548  normal  0.0653141 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2611  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.92 
 
 		 653 aa  104  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.116735  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1997  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.53 
 
 		 650 aa  103  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.521686 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2497  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.36 
 
 		 613 aa  103  4e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.495773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0949  general glycosylation pathway protein  28.06 
 
 		 597 aa  103  4e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.266256  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.76 
 
 		 642 aa  103  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4766  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.35 
 
 		 643 aa  103  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0559289  normal  0.121979 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1480  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.43 
 
 		 345 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0141626  normal  0.282035 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3919  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.94 
 
 		 652 aa  103  6e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0124304 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3473  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.32 
 
 		 666 aa  103  6e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.467717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0082  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.92 
 
 		 660 aa  103  6e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.81164 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0573  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.4 
 
 		 633 aa  103  6e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0138  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.17 
 
 		 607 aa  102  9e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1769  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.85 
 
 		 577 aa  102  9e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5070  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.37 
 
 		 612 aa  102  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0143  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.17 
 
 		 611 aa  102  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0410  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.19 
 
 		 478 aa  102  1e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.13343  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2638  mannosyl-transferase  26.01 
 
 		 621 aa  101  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3895  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.3 
 
 		 381 aa  102  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1486  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.18 
 
 		 646 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0306155  normal  0.36533 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0631  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.42 
 
 		 670 aa  102  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2876  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.57 
 
 		 646 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0813  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.33 
 
 		 659 aa  102  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.32823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2527  polysaccharide biosynthesis protein CapD  24.93 
 
 		 646 aa  101  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3389  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.76 
 
 		 630 aa  101  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1680  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.29 
 
 		 642 aa  100  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.981888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0301  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.43 
 
 		 623 aa  100  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0250  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.12 
 
 		 665 aa  100  4e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234353 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1286  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.41 
 
 		 594 aa  100  4e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.190847  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3126  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.96 
 
 		 633 aa  100  4e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.503601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1258  UDP-GlcNAc C4,6 dehydratase  26.54 
 
 		 587 aa  100  4e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.62797  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2347  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.92 
 
 		 616 aa  100  4e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.866725 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0903  polysaccharide biosynthesis protein  26.15 
 
 		 615 aa  100  6e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.999651  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0501  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.96 
 
 		 330 aa  100  6e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.153832  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3050  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.22 
 
 		 613 aa  100  6e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3171  polysaccharide biosynthesis protein  24.58 
 
 		 646 aa  99.8  8e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2582  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.78 
 
 		 647 aa  99.8  8e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4505  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.55 
 
 		 610 aa  99.8  8e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000203589  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0577  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.27 
 
 		 627 aa  98.2  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.155394  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3221  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.51 
 
 		 335 aa  98.2  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0428  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.93 
 
 		 343 aa  98.6  2e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0374599  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3033  polysaccharide biosynthesis protein, putative epimerase/dehydratase  25.67 
 
 		 644 aa  98.2  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>