More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1587 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3097  nucleoside-diphosphate sugar epimerase  83.96 
 
 		 403 aa  706    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.876352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0172  polysaccharide biosynthesis protein  78.03 
 
 		 396 aa  644    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1587  polysaccharide biosynthesis protein CapD  100 
 
 		 404 aa  841    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0251  capsular polysaccharide biosynthesis protein  78.03 
 
 		 396 aa  644    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001803  putative capsular polysaccharide biosynthesis protein D  76.52 
 
 		 396 aa  634  1e-180  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00667  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  74.49 
 
 		 396 aa  624  1e-178  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2328  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  75.77 
 
 		 393 aa  626  1e-178  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.231358 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0046  polysaccharide biosynthesis protein CapD  73.98 
 
 		 393 aa  610  1e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0592  polysaccharide biosynthesis protein CapD  68.83 
 
 		 401 aa  572  1.0000000000000001e-162  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2643  polysaccharide biosynthesis protein CapD  65.23 
 
 		 395 aa  547  1e-154  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.517596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3117  polysaccharide biosynthesis protein CapD  63.32 
 
 		 399 aa  536  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.339066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3985  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.69 
 
 		 412 aa  265  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.36 
 
 		 628 aa  113  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.288119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2289  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.65 
 
 		 629 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195008  normal  0.481233 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1838  polysaccharide synthase family protein  30.8 
 
 		 637 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1976  polysaccharide synthase family protein  30.8 
 
 		 637 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113139  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1513  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.8 
 
 		 638 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0299792  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3150  polysaccharide biosynthesis protein  30.8 
 
 		 637 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2767  polysaccharide synthase family protein  30.8 
 
 		 637 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.149651  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1483  capsular polysaccharide biosynthesis  30.8 
 
 		 656 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0937  polysaccharide synthase family protein  30.8 
 
 		 637 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.217913  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3127  capsular polysaccharide biosynthesis protein  30.8 
 
 		 637 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3090  capsular polysaccharide biosynthesis protein  30.8 
 
 		 637 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0408  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.77 
 
 		 627 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0887  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.77 
 
 		 627 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.77 
 
 		 627 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0360  lipopolysaccharide biosynthesis protein (WbpM)-like  28.22 
 
 		 649 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3385  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.99 
 
 		 651 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2334  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.9 
 
 		 614 aa  110  6e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000027  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0713  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.61 
 
 		 641 aa  110  6e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0776  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.22 
 
 		 627 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.905737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0765  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.22 
 
 		 630 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3984  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.81 
 
 		 627 aa  109  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.430813 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3494  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.1 
 
 		 627 aa  108  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000299529  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1536  polysaccharide biosynthesis protein  28.93 
 
 		 647 aa  108  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3780  putative epimerase/dehydratase polysaccharide- related biosynthesis protein  30.22 
 
 		 625 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00473075  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1702  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.36 
 
 		 680 aa  107  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0902  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.35 
 
 		 625 aa  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3268  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.84 
 
 		 629 aa  107  5e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2876  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.52 
 
 		 646 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0128  hypothetical protein  28.1 
 
 		 635 aa  106  7e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1680  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.88 
 
 		 642 aa  106  8e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.981888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0143  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.84 
 
 		 611 aa  106  9e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0138  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.84 
 
 		 607 aa  105  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2527  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26 
 
 		 646 aa  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1338  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.12 
 
 		 646 aa  104  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0399433 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3919  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.32 
 
 		 652 aa  105  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0124304 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3273  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.3 
 
 		 628 aa  104  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2611  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.45 
 
 		 653 aa  104  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.116735  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1585  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.53 
 
 		 653 aa  103  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216403  normal  0.968528 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0410  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.46 
 
 		 478 aa  103  4e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.13343  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.43 
 
 		 643 aa  103  5e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3895  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.29 
 
 		 381 aa  103  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1244  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.96 
 
 		 605 aa  103  7e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1211  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.96 
 
 		 605 aa  103  7e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.65 
 
 		 617 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235509  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3171  polysaccharide biosynthesis protein  26.58 
 
 		 646 aa  102  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1769  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.93 
 
 		 577 aa  101  2e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4167  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.49 
 
 		 648 aa  101  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1633  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.96 
 
 		 647 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1286  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.49 
 
 		 594 aa  101  3e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.190847  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3816  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.66 
 
 		 645 aa  100  4e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.280981 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4862  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.68 
 
 		 600 aa  100  6e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.428479  normal  0.102171 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2497  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.78 
 
 		 613 aa  99.8  9e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.495773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3389  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.15 
 
 		 630 aa  99.4  9e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2582  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.37 
 
 		 647 aa  99.4  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0573  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.1 
 
 		 633 aa  99.4  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05820  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  28.26 
 
 		 613 aa  99.4  1e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0718639  hitchhiker  0.00116651 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1258  UDP-GlcNAc C4,6 dehydratase  26.56 
 
 		 587 aa  99  1e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.62797  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1486  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.47 
 
 		 646 aa  99  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0306155  normal  0.36533 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0949  general glycosylation pathway protein  27.7 
 
 		 597 aa  99.4  1e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.266256  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0802  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.74 
 
 		 676 aa  99.4  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0813  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.76 
 
 		 659 aa  98.6  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.32823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4411  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.32 
 
 		 644 aa  98.6  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08591  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  30.77 
 
 		 626 aa  98.2  2e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000225321 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3473  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.16 
 
 		 666 aa  98.2  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.467717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3403  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.31 
 
 		 609 aa  98.2  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3050  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.64 
 
 		 613 aa  98.2  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4432  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.92 
 
 		 626 aa  97.8  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908556  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10733  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.68 
 
 		 653 aa  97.8  3e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2650  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.78 
 
 		 607 aa  97.8  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0520  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.82 
 
 		 647 aa  97.4  4e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4505  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.04 
 
 		 610 aa  97.4  4e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000203589  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2232  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.5 
 
 		 332 aa  97.1  5e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1718  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.88 
 
 		 341 aa  96.7  6e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.910405  hitchhiker  0.0000000304233 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14131  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane-associated protein  23.82 
 
 		 520 aa  96.7  6e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1997  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.38 
 
 		 650 aa  96.7  7e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.521686 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2347  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.04 
 
 		 616 aa  96.7  7e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.866725 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0501  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.81 
 
 		 330 aa  96.7  7e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.153832  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1980  polysaccharide biosynthesis protein  27.47 
 
 		 344 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001764  nucleoside-diphosphate sugar epimerase/dehydratase  25.89 
 
 		 662 aa  96.3  8e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000353165  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2638  mannosyl-transferase  27.64 
 
 		 621 aa  96.3  8e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2635  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.41 
 
 		 682 aa  96.3  8e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2244  polysaccharide biosynthesis protein  27.91 
 
 		 644 aa  96.3  9e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36548  normal  0.0653141 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0301  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.42 
 
 		 623 aa  95.5  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0039  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.97 
 
 		 620 aa  95.5  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0631  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.75 
 
 		 670 aa  95.5  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1188  nucleotide sugar epimerase/dehydratase  27.17 
 
 		 628 aa  94.7  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1202  putative epimerase/dehydratase WbiI  30.13 
 
 		 593 aa  95.1  2e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3221  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.89 
 
 		 335 aa  95.5  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>