More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2232 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2232  polysaccharide biosynthesis protein CapD  100 
 
 
332 aa  677    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1718  polysaccharide biosynthesis protein CapD  57.49 
 
 
341 aa  404  1e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.910405  hitchhiker  0.0000000304233 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3221  polysaccharide biosynthesis protein CapD  63.27 
 
 
335 aa  397  1e-109  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1591  polysaccharide biosynthesis protein CapD  54.88 
 
 
344 aa  363  2e-99  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.49643  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0227  polysaccharide biosynthesis protein CapD  51.34 
 
 
337 aa  356  2.9999999999999997e-97  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.377971  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0428  polysaccharide biosynthesis protein CapD  51.53 
 
 
343 aa  338  7e-92  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0374599  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0501  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50 
 
 
330 aa  320  3e-86  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.153832  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0147  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.09 
 
 
340 aa  305  5.0000000000000004e-82  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.886918  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1302  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.59 
 
 
355 aa  301  8.000000000000001e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.454328  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2184  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.63 
 
 
404 aa  291  1e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3520  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.21 
 
 
328 aa  287  2e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1447  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  43.33 
 
 
328 aa  285  5.999999999999999e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000193449 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1471  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.32 
 
 
341 aa  285  5.999999999999999e-76  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3851  FlmA  43.33 
 
 
328 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3090  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.04 
 
 
326 aa  279  4e-74  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.196445  normal  0.352446 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0146  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.21 
 
 
329 aa  278  8e-74  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000000342824 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0458  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45 
 
 
342 aa  272  6e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0778  polysaccharide biosynthesis protein CapD  49.65 
 
 
325 aa  270  2e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.909827 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3511  UDP-glucose 4-epimerase  42.9 
 
 
336 aa  266  4e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000024389 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1957  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.67 
 
 
357 aa  264  2e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.540068  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01570  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  46.15 
 
 
327 aa  263  3e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0782999 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2246  polysaccharide biosynthesis domain-containing protein  42.14 
 
 
336 aa  261  8e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1621  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.73 
 
 
338 aa  261  8e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1199  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.72 
 
 
327 aa  258  9e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.530201 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1302  polysaccharide biosynthesis protein  45.05 
 
 
331 aa  257  3e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.112616  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3271  polysaccharide biosynthesis protein  44.71 
 
 
331 aa  255  6e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3560  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.69 
 
 
331 aa  255  7e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.423862 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3711  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.9 
 
 
333 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.724189  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4262  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  44.52 
 
 
338 aa  253  2.0000000000000002e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.404826 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2629  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.32 
 
 
331 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0117  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.99 
 
 
335 aa  253  4.0000000000000004e-66  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000592797 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3032  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  41.46 
 
 
332 aa  252  5.000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1518  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.71 
 
 
333 aa  252  7e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.280588  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0560  polysaccharide biosynthesis protein  43.92 
 
 
328 aa  251  9.000000000000001e-66  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0609  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  44.34 
 
 
333 aa  251  1e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.812779  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3801  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.56 
 
 
348 aa  251  1e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3011  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.71 
 
 
331 aa  251  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1778  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.99 
 
 
350 aa  251  1e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1142  nucleoside-diphosphate sugar epimerase  44.41 
 
 
356 aa  251  2e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1872  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.3 
 
 
336 aa  250  3e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0528646  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02896  polysaccharide biosynthesis protein  45.05 
 
 
332 aa  250  3e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2967  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.37 
 
 
331 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1396  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.37 
 
 
331 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.709485  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0580  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.34 
 
 
333 aa  249  6e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.174594  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2421  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.46 
 
 
340 aa  248  9e-65  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.746498  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2208  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  42.66 
 
 
329 aa  248  1e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0535487  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.76 
 
 
340 aa  248  1e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2322  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.81 
 
 
332 aa  247  2e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0743791 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2409  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.27 
 
 
344 aa  247  2e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.551754  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1318  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.69 
 
 
332 aa  247  2e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.914837  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3026  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.01 
 
 
350 aa  247  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4634  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.96 
 
 
344 aa  246  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0138  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.6 
 
 
336 aa  247  3e-64  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000749249  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0093  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.22 
 
 
333 aa  247  3e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.403582 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3558  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.22 
 
 
333 aa  247  3e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.437109  normal  0.427053 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13073  capsular polysaccharide biosynthesis protein  43.05 
 
 
336 aa  246  4e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3947  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.2 
 
 
340 aa  246  4e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.689942  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0726  polysaccharide biosynthesis domain-containing protein  39.52 
 
 
337 aa  246  4e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1633  FlmA  43.29 
 
 
331 aa  246  4e-64  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1298  UDP-GlcNAc C6-dehydratase/C4-reductase  40.65 
 
 
335 aa  245  6e-64  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1373  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.16 
 
 
344 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45387  hitchhiker  0.00458395 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2741  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.27 
 
 
355 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0679  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.86 
 
 
333 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.122561  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1286  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.53 
 
 
331 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4753  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.72 
 
 
345 aa  243  3e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.447789  normal  0.0884742 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0748  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.05 
 
 
336 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1485  polysaccharide biosynthesis protein  42.07 
 
 
334 aa  243  3.9999999999999997e-63  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.317262  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1264  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.53 
 
 
336 aa  241  1e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0201234  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3080  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.2 
 
 
332 aa  241  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1310  polysaccharide biosynthesis protein  41.42 
 
 
334 aa  240  2e-62  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.573218  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2092  polysaccharide biosynthesis protein  40.58 
 
 
337 aa  239  2.9999999999999997e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3715  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.76 
 
 
344 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.722931  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1980  polysaccharide biosynthesis protein  38.32 
 
 
344 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0429  polysaccharide biosynthesis protein  42.07 
 
 
334 aa  239  4e-62  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2766  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase; UDP-4-dehydro-6-deoxy-2-acetamido-D-glucose 4-reductase  39.35 
 
 
338 aa  238  8e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.881567  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0653  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.66 
 
 
332 aa  238  1e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0235558  normal  0.660633 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4586  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.53 
 
 
348 aa  237  3e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.789975  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1283  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.6 
 
 
350 aa  236  4e-61  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3033  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.25 
 
 
340 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0101  capsular polysaccharide biosynthesis protein  43.99 
 
 
339 aa  236  6e-61  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0202415  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0789  fused dTDP-4-dehydrorhamnose reductase and 3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.62 
 
 
345 aa  235  7e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468733  hitchhiker  0.00205032 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0144  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40 
 
 
342 aa  234  1.0000000000000001e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5444  FlmA  39.64 
 
 
345 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0139  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40 
 
 
342 aa  234  1.0000000000000001e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1385  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.82 
 
 
337 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00862014 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1109  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.29 
 
 
341 aa  233  3e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1480  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.94 
 
 
345 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0141626  normal  0.282035 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0020  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.82 
 
 
353 aa  233  4.0000000000000004e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1193  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.52 
 
 
333 aa  231  9e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.965289  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1660  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.02 
 
 
350 aa  228  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4310  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.52 
 
 
344 aa  227  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0643  Short-chain dehydrogenase/reductase  42.37 
 
 
333 aa  226  3e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132994  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0558  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.02 
 
 
340 aa  227  3e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.201229  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1672  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.02 
 
 
346 aa  223  3e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0765  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.31 
 
 
630 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2650  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.03 
 
 
607 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0776  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.31 
 
 
627 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.905737  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.96 
 
 
628 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.288119  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0408  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.96 
 
 
627 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0887  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.96 
 
 
627 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>