More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5415 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_5038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  99.07 
 
 
325 aa  634    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.642958  normal  0.861569 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5415  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
324 aa  637    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.717601 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3005  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50 
 
 
325 aa  322  6e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2869  transmembrane dipeptide transport system permease ABC transporter protein  48.89 
 
 
325 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0598671  normal  0.76334 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.99 
 
 
324 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3157  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.37 
 
 
325 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.4 
 
 
324 aa  305  5.0000000000000004e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.94 
 
 
327 aa  299  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.94 
 
 
327 aa  298  7e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303852  normal  0.27124 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.89 
 
 
323 aa  297  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.740453  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.96 
 
 
323 aa  293  4e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2531  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.47 
 
 
325 aa  288  8e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00320592 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1882  peptide ABC transporter transmembrane protein  46.96 
 
 
328 aa  288  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0184491  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.17 
 
 
324 aa  282  5.000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.17 
 
 
325 aa  278  1e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.86 
 
 
325 aa  276  3e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.45 
 
 
324 aa  275  6e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00239771  normal  0.0141944 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.23 
 
 
315 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2538  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.72 
 
 
324 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000540331  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2810  peptide ABC transporter, permease protein  44.41 
 
 
324 aa  268  8e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0199712  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1241  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.44 
 
 
323 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
326 aa  248  9e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.115178  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.19 
 
 
327 aa  238  6.999999999999999e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0558864 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 
326 aa  238  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19101  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.19 
 
 
327 aa  237  2e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.395027  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
321 aa  233  4.0000000000000004e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3120  IM pore protein  38.44 
 
 
327 aa  229  5e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0682288  normal  0.0671441 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
324 aa  227  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.5 
 
 
326 aa  226  4e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
326 aa  225  7e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.443976  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7193  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  39.12 
 
 
326 aa  225  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
328 aa  225  1e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
326 aa  224  1e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.844486 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.01 
 
 
326 aa  223  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.195389 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00494  ABC transporter permease component  36.84 
 
 
325 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  37.57 
 
 
339 aa  219  7e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  36.98 
 
 
339 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  36.98 
 
 
339 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  36.98 
 
 
339 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  36.98 
 
 
339 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  36.98 
 
 
339 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  36.69 
 
 
339 aa  215  7e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  36.39 
 
 
339 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  36.39 
 
 
339 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  36.39 
 
 
339 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  36.39 
 
 
339 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  36.39 
 
 
339 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  36.39 
 
 
339 aa  214  9.999999999999999e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.88 
 
 
326 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.508516  normal  0.0813716 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  36.39 
 
 
339 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  36.39 
 
 
339 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  36.39 
 
 
381 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2565  peptide ABC transporter, permease protein  36.53 
 
 
342 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.304242  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  36.94 
 
 
339 aa  213  2.9999999999999995e-54  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.75 
 
 
335 aa  213  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  36.39 
 
 
339 aa  213  2.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0096  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  35.29 
 
 
325 aa  213  2.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2824  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.21 
 
 
338 aa  213  3.9999999999999995e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.365334  normal  0.156098 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  36.09 
 
 
339 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  36.09 
 
 
339 aa  212  5.999999999999999e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.06 
 
 
333 aa  211  2e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
334 aa  210  2e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2856  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  34.69 
 
 
326 aa  210  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.247357 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001973  peptide ABC transporter permease component  36.36 
 
 
310 aa  209  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0274  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  34.77 
 
 
391 aa  208  1e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.56 
 
 
327 aa  208  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.74241  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 
334 aa  208  1e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
326 aa  207  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  35.61 
 
 
351 aa  206  4e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.83 
 
 
336 aa  206  6e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  35.31 
 
 
339 aa  205  9e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  35.31 
 
 
339 aa  205  9e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.31 
 
 
335 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  35.31 
 
 
335 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1498  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.76 
 
 
308 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.241637  normal  0.263961 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0563  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  33.23 
 
 
325 aa  201  9.999999999999999e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1530  dipeptide ABC transporter, permease protein  34.14 
 
 
335 aa  200  1.9999999999999998e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.755182  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1001  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.02 
 
 
316 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  36.25 
 
 
336 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  35.14 
 
 
336 aa  200  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
308 aa  200  3e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  35.01 
 
 
335 aa  200  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_004310  BR1585  dipeptide ABC transporter, permease protein  34.14 
 
 
335 aa  199  5e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.280526  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1360  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.16 
 
 
324 aa  199  6e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000247365  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  35.87 
 
 
336 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  35.76 
 
 
337 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  34.83 
 
 
336 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  36.84 
 
 
336 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.75 
 
 
313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.83 
 
 
336 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0997  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.57 
 
 
316 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.28482e-62 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  34.83 
 
 
336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0330  nickel-transporting ATPase  35.76 
 
 
334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0802428 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  35.76 
 
 
336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.83 
 
 
338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  35.56 
 
 
336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.78 
 
 
321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.751263  normal  0.0835793 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0808  oligopeptide ABC transporter, permease  34.26 
 
 
316 aa  197  3e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.282065  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1964  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.88 
 
 
334 aa  196  3e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>