More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2538 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2810  peptide ABC transporter, permease protein  98.77 
 
 
324 aa  635    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0199712  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2538  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
324 aa  643    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000540331  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.07 
 
 
327 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.07 
 
 
327 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303852  normal  0.27124 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1882  peptide ABC transporter transmembrane protein  74.92 
 
 
328 aa  477  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0184491  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.42 
 
 
324 aa  465  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.4 
 
 
324 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3005  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.79 
 
 
325 aa  391  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2869  transmembrane dipeptide transport system permease ABC transporter protein  56.17 
 
 
325 aa  389  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0598671  normal  0.76334 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.13 
 
 
323 aa  387  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.79 
 
 
325 aa  375  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.1 
 
 
325 aa  377  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2531  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.41 
 
 
325 aa  372  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00320592 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3157  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.48 
 
 
325 aa  372  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.13 
 
 
323 aa  366  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.740453  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.74 
 
 
324 aa  364  1e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.43 
 
 
315 aa  338  9.999999999999999e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.25 
 
 
324 aa  328  9e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00239771  normal  0.0141944 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1241  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.77 
 
 
323 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5415  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.72 
 
 
324 aa  298  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.717601 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.96 
 
 
325 aa  297  2e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.642958  normal  0.861569 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7193  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  43.69 
 
 
326 aa  283  2.0000000000000002e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.27 
 
 
326 aa  279  4e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.81 
 
 
326 aa  277  2e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.115178  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2565  peptide ABC transporter, permease protein  40.87 
 
 
342 aa  275  5e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.304242  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00494  ABC transporter permease component  39.94 
 
 
325 aa  273  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0096  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  39.32 
 
 
325 aa  270  2e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
326 aa  268  7e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.195389 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0274  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  41.72 
 
 
391 aa  268  1e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.92 
 
 
328 aa  266  4e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3120  IM pore protein  41.69 
 
 
327 aa  265  5.999999999999999e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0682288  normal  0.0671441 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1793  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.15 
 
 
325 aa  265  5.999999999999999e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0779097  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001973  peptide ABC transporter permease component  40.26 
 
 
310 aa  265  8e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0563  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  39.94 
 
 
325 aa  262  6e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.51 
 
 
326 aa  261  8e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.443976  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.12 
 
 
327 aa  259  5.0000000000000005e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0558864 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.12 
 
 
327 aa  259  6e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.395027  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
321 aa  258  8e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.62 
 
 
326 aa  255  7e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19101  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
327 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.74241  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1360  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.12 
 
 
324 aa  249  4e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000247365  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 
325 aa  248  8e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.683893 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 
325 aa  247  2e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2856  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  37.69 
 
 
326 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.247357 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.89 
 
 
349 aa  245  9e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00059192  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
326 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.508516  normal  0.0813716 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.53 
 
 
326 aa  244  9.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.844486 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.43 
 
 
321 aa  242  6e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.751263  normal  0.0835793 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2824  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.05 
 
 
338 aa  241  1e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.365334  normal  0.156098 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
326 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.64 
 
 
349 aa  239  4e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  36.64 
 
 
336 aa  239  5.999999999999999e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
324 aa  236  4e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.84 
 
 
336 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.24 
 
 
336 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
336 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
336 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  37.24 
 
 
336 aa  230  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  36.64 
 
 
336 aa  229  4e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  36.34 
 
 
336 aa  229  5e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  36.83 
 
 
337 aa  229  5e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  36.34 
 
 
336 aa  229  6e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.34 
 
 
336 aa  229  7e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  36.64 
 
 
336 aa  228  8e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  37.69 
 
 
339 aa  228  9e-59  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5793  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.51 
 
 
322 aa  228  9e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.000255832  decreased coverage  0.000142665 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  36.34 
 
 
336 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.44 
 
 
335 aa  224  1e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  37.54 
 
 
336 aa  219  3e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  36.64 
 
 
336 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13220  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  39.94 
 
 
308 aa  219  5e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.444748  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
336 aa  219  5e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2120  dipeptide ABC transporter, permease protein  36.72 
 
 
338 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.192679  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3377  dipeptide ABC transporter, permease protein  36.72 
 
 
338 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3302  dipeptide ABC transporter, permease protein  36.72 
 
 
338 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0438  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.24 
 
 
336 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.287178  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0257  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  37.24 
 
 
336 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0183254  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2970  dipeptide ABC transporter, permease protein  36.72 
 
 
338 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0244  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  37.24 
 
 
336 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
334 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
334 aa  217  2.9999999999999998e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1530  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 
335 aa  216  2.9999999999999998e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.755182  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0251  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.18 
 
 
339 aa  216  5e-55  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1585  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.78 
 
 
335 aa  216  5.9999999999999996e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.280526  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  38.08 
 
 
334 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  35.1 
 
 
339 aa  215  7e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0330  nickel-transporting ATPase  38.08 
 
 
334 aa  215  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0802428 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  36.64 
 
 
336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  35.4 
 
 
339 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  36.64 
 
 
336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  35.44 
 
 
336 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  34.82 
 
 
339 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  34.82 
 
 
339 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1583  alkaline phosphatase  37.46 
 
 
335 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.354079  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.81 
 
 
308 aa  212  4.9999999999999996e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  34.23 
 
 
351 aa  212  5.999999999999999e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  34.23 
 
 
339 aa  212  7e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  38.08 
 
 
335 aa  212  7e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  34.23 
 
 
339 aa  212  7e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
334 aa  212  7.999999999999999e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>