More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4210 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4210  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  100 
 
 
351 aa  699    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7081  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  64.47 
 
 
348 aa  441  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5943  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  64.18 
 
 
348 aa  430  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0234266 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6130  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  57.26 
 
 
352 aa  386  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0647  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  58.4 
 
 
354 aa  370  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.446829  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3729  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  51.57 
 
 
354 aa  366  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2052  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  55.62 
 
 
354 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.493793  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.38 
 
 
357 aa  282  5.000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.141061  normal  0.72438 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2685  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  52.42 
 
 
353 aa  264  1e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.1751 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3474  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.53 
 
 
348 aa  240  2e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2695  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.32 
 
 
453 aa  184  3e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0450627  normal  0.5058 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2385  fumarate lyase  37.28 
 
 
463 aa  181  2e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.72571  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3496  fumarate lyase  41.92 
 
 
433 aa  180  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0886994  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0645  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.89 
 
 
459 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0741414 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2505  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.41 
 
 
452 aa  178  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1379  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.76 
 
 
450 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.449914  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3622  fumarate lyase  33.71 
 
 
456 aa  176  4e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741551  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4344  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.76 
 
 
450 aa  176  7e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.339693  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2341  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.78 
 
 
453 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2125  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.2 
 
 
453 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4314  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.89 
 
 
459 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417348  normal  0.728676 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04011  conserved hypothetical protein  31.93 
 
 
476 aa  169  7e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981247  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1273  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.27 
 
 
454 aa  169  8e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281218  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4435  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.14 
 
 
450 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.115184  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5023  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.15 
 
 
462 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.261629  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4459  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.75 
 
 
476 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.484308 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4409  fumarate lyase  33.33 
 
 
446 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0014  fumarate lyase  32 
 
 
450 aa  164  3e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000353189  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1483  fumarate lyase  31.78 
 
 
450 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.151746  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1657  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.25 
 
 
404 aa  162  9e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.919998 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1536  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  33.52 
 
 
438 aa  162  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0157227  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.61 
 
 
452 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1439  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  31.99 
 
 
460 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3324  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.84 
 
 
402 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.66 
 
 
465 aa  160  4e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2456  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.69 
 
 
453 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786558  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.39 
 
 
450 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00531997 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4598  fumarate lyase  32.65 
 
 
458 aa  159  7e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.604906  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0056  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.61 
 
 
452 aa  159  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0457569  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.61 
 
 
452 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1485  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.61 
 
 
452 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1202  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.61 
 
 
452 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0058  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.61 
 
 
452 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.593603  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0069  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.61 
 
 
452 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.675451  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1072  adenylosuccinate lyase  34.56 
 
 
455 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0757  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  33.74 
 
 
457 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1855  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.91 
 
 
419 aa  155  8e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354329  normal  0.137347 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3127  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.68 
 
 
457 aa  155  9e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4015  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.84 
 
 
490 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0773124  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5286  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.62 
 
 
451 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.335784  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02908  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.43 
 
 
450 aa  152  7e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2745  fumarate lyase  31.88 
 
 
473 aa  152  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.632463  normal  0.0578708 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02830  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.23 
 
 
459 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289129 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2251  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.86 
 
 
453 aa  151  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.001838  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3160  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.24 
 
 
457 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4654  fumarate lyase  37.33 
 
 
451 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.179746  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7931  3-carboxy-cis,cis-muconate cyclo-isomerase  37.5 
 
 
452 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.46399  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2418  fumarate lyase  28.74 
 
 
448 aa  147  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.259458 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1662  fumarate lyase  38.86 
 
 
438 aa  147  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.491711  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5748  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.21 
 
 
452 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.955684  normal  0.122503 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2063  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.29 
 
 
453 aa  146  5e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146832  normal  0.884924 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0316  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.88 
 
 
459 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38190  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.57 
 
 
450 aa  145  8.000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.569484  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3487  fumarate lyase  31.19 
 
 
450 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.82 
 
 
460 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.646656  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4475  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.26 
 
 
452 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2084  fumarate lyase  35.16 
 
 
451 aa  139  7e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252524  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5111  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.31 
 
 
406 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21250  adenylosuccinate lyase  30.79 
 
 
452 aa  137  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0991556  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4654  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.82 
 
 
464 aa  137  4e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0817649  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3811  fumarate lyase  27.27 
 
 
449 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1055  fumarate lyase  35.52 
 
 
488 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4557  fumarate lyase  29.22 
 
 
449 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18830  adenylosuccinate lyase  31.55 
 
 
477 aa  133  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0801563 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1630  adenylosuccinate lyase  32.14 
 
 
477 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3210  adenylosuccinate lyase  32.96 
 
 
452 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127423  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4374  adenylosuccinate lyase  25.85 
 
 
451 aa  125  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  6.25048e-22 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3852  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.67 
 
 
384 aa  125  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0767232  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5054  fumarate lyase  29.86 
 
 
456 aa  120  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0605282  normal  0.269052 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4818  fumarate lyase  31.43 
 
 
451 aa  120  3e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.327057  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4874  fumarate lyase  31.01 
 
 
456 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0760075  normal  0.0695852 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1631  adenylosuccinate lyase  30.59 
 
 
483 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4837  fumarate lyase  31.1 
 
 
450 aa  114  4.0000000000000004e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.616525  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0280  adenylosuccinate lyase  30.03 
 
 
454 aa  113  5e-24  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1906  putative lyase  28.69 
 
 
445 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18850  adenylosuccinate lyase  29.93 
 
 
483 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.110706 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2457  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.32 
 
 
383 aa  109  9.000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00336692  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2833  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.15 
 
 
464 aa  108  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23357  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0215  adenylosuccinate lyase  28.48 
 
 
454 aa  106  6e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314002  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1579  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.36 
 
 
448 aa  105  8e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.13236  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1393  adenylosuccinate lyase  28.4 
 
 
455 aa  105  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00268576  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1582  adenylosuccinate lyase  28.7 
 
 
455 aa  105  1e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2188  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.8 
 
 
441 aa  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2958  adenylosuccinate lyase  27.8 
 
 
471 aa  105  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121926  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0170  adenylosuccinate lyase  29.68 
 
 
454 aa  104  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00265741  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2324  fumarate lyase  30.6 
 
 
500 aa  103  4e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.387168  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0005  adenylosuccinate lyase  28.27 
 
 
454 aa  103  5e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1071  fumarate lyase  34.85 
 
 
381 aa  101  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.137268 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4188  adenylosuccinate lyase  28.48 
 
 
454 aa  100  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3997  adenylosuccinate lyase  28.16 
 
 
454 aa  99.8  6e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00709346  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>