More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6130 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6130  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  100 
 
 
352 aa  688    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3729  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  60.97 
 
 
354 aa  417  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5943  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  59.6 
 
 
348 aa  385  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0234266 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7081  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  57.88 
 
 
348 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0647  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  60.11 
 
 
354 aa  365  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.446829  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4210  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  57.26 
 
 
351 aa  357  1.9999999999999998e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2052  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  56.56 
 
 
354 aa  342  8e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.493793  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.66 
 
 
357 aa  290  2e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.141061  normal  0.72438 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2685  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  54.18 
 
 
353 aa  282  7.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.1751 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3474  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.14 
 
 
348 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2695  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.35 
 
 
453 aa  204  3e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0450627  normal  0.5058 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2385  fumarate lyase  39.76 
 
 
463 aa  199  6e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.72571  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2125  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.72 
 
 
453 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2341  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.39 
 
 
453 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1273  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.68 
 
 
454 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281218  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3496  fumarate lyase  40.91 
 
 
433 aa  177  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0886994  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1536  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.92 
 
 
438 aa  176  4e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0157227  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02908  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.82 
 
 
450 aa  176  7e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1379  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.91 
 
 
450 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.449914  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5023  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.79 
 
 
462 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.261629  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4344  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.91 
 
 
450 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.339693  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0645  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.7 
 
 
459 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0741414 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04011  conserved hypothetical protein  32.47 
 
 
476 aa  173  5e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981247  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2505  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.8 
 
 
452 aa  170  3e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1072  adenylosuccinate lyase  35.4 
 
 
455 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.75 
 
 
452 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.04 
 
 
450 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00531997 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.33 
 
 
452 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0056  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.33 
 
 
452 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0457569  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1202  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.33 
 
 
452 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0058  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.33 
 
 
452 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.593603  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1485  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.33 
 
 
452 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0069  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.33 
 
 
452 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.675451  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4314  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.69 
 
 
459 aa  166  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417348  normal  0.728676 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0014  fumarate lyase  35.13 
 
 
450 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000353189  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1483  fumarate lyase  35.69 
 
 
450 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.151746  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4459  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.74 
 
 
476 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.484308 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3622  fumarate lyase  32.34 
 
 
456 aa  164  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741551  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4435  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.51 
 
 
450 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.115184  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2456  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.14 
 
 
453 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786558  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1439  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37 
 
 
460 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3127  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.17 
 
 
457 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0316  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.57 
 
 
459 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2745  fumarate lyase  31.87 
 
 
473 aa  158  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.632463  normal  0.0578708 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4598  fumarate lyase  34.95 
 
 
458 aa  156  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.604906  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4837  fumarate lyase  35.07 
 
 
450 aa  155  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.616525  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1662  fumarate lyase  39.46 
 
 
438 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.491711  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2251  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.46 
 
 
453 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.001838  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3160  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.17 
 
 
457 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0757  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  33.54 
 
 
457 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5286  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.58 
 
 
451 aa  153  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.335784  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7931  3-carboxy-cis,cis-muconate cyclo-isomerase  36.67 
 
 
452 aa  153  4e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.46399  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4409  fumarate lyase  30.29 
 
 
446 aa  153  4e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21250  adenylosuccinate lyase  34.11 
 
 
452 aa  152  7e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0991556  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02830  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.43 
 
 
459 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289129 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.69 
 
 
465 aa  152  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38190  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.08 
 
 
450 aa  151  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.569484  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4475  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.17 
 
 
452 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4015  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.12 
 
 
490 aa  151  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0773124  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5748  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.17 
 
 
452 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.955684  normal  0.122503 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3324  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.38 
 
 
402 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.87 
 
 
460 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.646656  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1657  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.25 
 
 
404 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.919998 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2418  fumarate lyase  30.81 
 
 
448 aa  149  5e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.259458 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3487  fumarate lyase  31.42 
 
 
450 aa  149  9e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2084  fumarate lyase  37.83 
 
 
451 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252524  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4818  fumarate lyase  33.05 
 
 
451 aa  145  1e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.327057  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4654  fumarate lyase  36.07 
 
 
451 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.179746  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1855  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.84 
 
 
419 aa  143  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354329  normal  0.137347 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4374  adenylosuccinate lyase  29.24 
 
 
451 aa  143  5e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  6.25048e-22 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2063  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.1 
 
 
453 aa  143  5e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146832  normal  0.884924 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4557  fumarate lyase  29.74 
 
 
449 aa  142  8e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0280  adenylosuccinate lyase  32.83 
 
 
454 aa  142  9.999999999999999e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1630  adenylosuccinate lyase  32.63 
 
 
477 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18830  adenylosuccinate lyase  31.55 
 
 
477 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0801563 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1393  adenylosuccinate lyase  32.63 
 
 
455 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00268576  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3811  fumarate lyase  29.74 
 
 
449 aa  140  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0215  adenylosuccinate lyase  30.24 
 
 
454 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314002  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1582  adenylosuccinate lyase  32.93 
 
 
455 aa  140  3.9999999999999997e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5111  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.73 
 
 
406 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4188  adenylosuccinate lyase  29.38 
 
 
454 aa  138  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3997  adenylosuccinate lyase  28.83 
 
 
454 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00709346  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3210  adenylosuccinate lyase  32 
 
 
452 aa  136  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127423  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0170  adenylosuccinate lyase  29.97 
 
 
454 aa  136  7.000000000000001e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00265741  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5054  fumarate lyase  31.33 
 
 
456 aa  132  9e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0605282  normal  0.269052 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2958  adenylosuccinate lyase  29.11 
 
 
471 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121926  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18850  adenylosuccinate lyase  32.9 
 
 
483 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.110706 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1631  adenylosuccinate lyase  33.02 
 
 
483 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0986  adenylosuccinate lyase  30.82 
 
 
448 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.00836427  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1055  fumarate lyase  32.88 
 
 
488 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0129  fumarate lyase  32.29 
 
 
408 aa  129  7.000000000000001e-29  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0298  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  33.96 
 
 
444 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1906  putative lyase  29.55 
 
 
445 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3852  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.69 
 
 
384 aa  122  7e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0767232  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0794  adenylosuccinate lyase  29.82 
 
 
449 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.652976  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4654  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  33.53 
 
 
464 aa  121  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0817649  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0005  adenylosuccinate lyase  29.68 
 
 
454 aa  118  9.999999999999999e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5067  fumarate lyase  31.8 
 
 
446 aa  116  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.185188  normal  0.273207 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1121  adenylosuccinate lyase  29.78 
 
 
447 aa  115  7.999999999999999e-25  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0673  adenylosuccinate lyase  27.83 
 
 
448 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>