More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3496 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3496  fumarate lyase  100 
 
 
433 aa  813    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0886994  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1439  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.19 
 
 
460 aa  236  8e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4598  fumarate lyase  39.3 
 
 
458 aa  233  5e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.604906  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3622  fumarate lyase  39.47 
 
 
456 aa  230  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741551  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2695  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42 
 
 
453 aa  228  1e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0450627  normal  0.5058 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1483  fumarate lyase  36.19 
 
 
450 aa  226  7e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.151746  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1072  adenylosuccinate lyase  39.86 
 
 
455 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0757  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.6 
 
 
457 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3729  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.23 
 
 
354 aa  223  7e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2052  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.88 
 
 
354 aa  223  7e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.493793  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2125  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.83 
 
 
453 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2341  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.76 
 
 
453 aa  212  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0170  adenylosuccinate lyase  34.4 
 
 
454 aa  211  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00265741  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21250  adenylosuccinate lyase  36.41 
 
 
452 aa  210  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0991556  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0647  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.17 
 
 
354 aa  209  1e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.446829  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3997  adenylosuccinate lyase  33.26 
 
 
454 aa  207  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00709346  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4188  adenylosuccinate lyase  33.26 
 
 
454 aa  207  3e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0014  fumarate lyase  36.57 
 
 
450 aa  206  5e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000353189  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4344  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.77 
 
 
450 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.339693  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.18 
 
 
357 aa  206  7e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.141061  normal  0.72438 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1379  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.77 
 
 
450 aa  206  8e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.449914  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2385  fumarate lyase  39.66 
 
 
463 aa  206  9e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.72571  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0215  adenylosuccinate lyase  33.33 
 
 
454 aa  205  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314002  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6130  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.91 
 
 
352 aa  204  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4409  fumarate lyase  34.87 
 
 
446 aa  203  5e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2505  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.87 
 
 
452 aa  202  6e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1273  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.77 
 
 
454 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281218  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18830  adenylosuccinate lyase  38.68 
 
 
477 aa  200  5e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0801563 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7081  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.92 
 
 
348 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.26 
 
 
450 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00531997 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1662  fumarate lyase  41.79 
 
 
438 aa  197  3e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.491711  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5943  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.51 
 
 
348 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0234266 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38190  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.49 
 
 
450 aa  195  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.569484  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3210  adenylosuccinate lyase  37.11 
 
 
452 aa  194  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127423  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2745  fumarate lyase  36.17 
 
 
473 aa  194  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.632463  normal  0.0578708 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04011  conserved hypothetical protein  32.56 
 
 
476 aa  192  1e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981247  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5023  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.31 
 
 
462 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.261629  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0645  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.86 
 
 
459 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0741414 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1630  adenylosuccinate lyase  38.24 
 
 
477 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1536  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.43 
 
 
438 aa  187  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0157227  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4314  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.86 
 
 
459 aa  187  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417348  normal  0.728676 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3474  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.69 
 
 
348 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1631  adenylosuccinate lyase  35.68 
 
 
483 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0824  adenylosuccinate lyase  30.91 
 
 
446 aa  183  7e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.116488 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3811  fumarate lyase  34.04 
 
 
449 aa  182  8.000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4210  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.96 
 
 
351 aa  182  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4557  fumarate lyase  34.33 
 
 
449 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3127  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.4 
 
 
457 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02908  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.95 
 
 
450 aa  180  4e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4459  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.02 
 
 
476 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.484308 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2685  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.79 
 
 
353 aa  179  5.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.1751 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1906  putative lyase  31.27 
 
 
445 aa  179  8e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4015  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.3 
 
 
490 aa  179  8e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0773124  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0673  adenylosuccinate lyase  32.99 
 
 
448 aa  179  1e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5286  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.37 
 
 
451 aa  179  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.335784  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3487  fumarate lyase  34.91 
 
 
450 aa  178  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18850  adenylosuccinate lyase  35.14 
 
 
483 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.110706 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0781  adenylosuccinate lyase  37.85 
 
 
446 aa  176  9.999999999999999e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0994774  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3160  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.9 
 
 
457 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4435  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.26 
 
 
450 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.115184  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1121  adenylosuccinate lyase  37.76 
 
 
447 aa  172  7.999999999999999e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2084  fumarate lyase  39.34 
 
 
451 aa  170  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252524  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5748  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39 
 
 
452 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.955684  normal  0.122503 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5054  fumarate lyase  32.56 
 
 
456 aa  169  8e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0605282  normal  0.269052 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1055  fumarate lyase  37.47 
 
 
488 aa  169  8e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1701  adenylosuccinate lyase  37.41 
 
 
445 aa  168  2e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.259986  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.5 
 
 
452 aa  168  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1855  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.89 
 
 
419 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354329  normal  0.137347 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3324  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.07 
 
 
402 aa  168  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4475  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39 
 
 
452 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.25 
 
 
460 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.646656  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02830  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.18 
 
 
459 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289129 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1162  adenylosuccinate lyase  31.37 
 
 
446 aa  167  4e-40  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0056  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.5 
 
 
452 aa  167  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0457569  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0058  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.5 
 
 
452 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.593603  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.5 
 
 
452 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2418  fumarate lyase  34.34 
 
 
448 aa  166  5.9999999999999996e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.259458 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1202  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.5 
 
 
452 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1160  adenylosuccinate lyase  33.33 
 
 
446 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1485  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.5 
 
 
452 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4374  adenylosuccinate lyase  27.84 
 
 
451 aa  166  9e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  6.25048e-22 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4837  fumarate lyase  35.01 
 
 
450 aa  166  1.0000000000000001e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.616525  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0069  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.5 
 
 
452 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.675451  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1393  adenylosuccinate lyase  32.54 
 
 
455 aa  165  1.0000000000000001e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00268576  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.12 
 
 
465 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0280  adenylosuccinate lyase  32.71 
 
 
454 aa  163  5.0000000000000005e-39  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4654  fumarate lyase  37.94 
 
 
451 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.179746  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1582  adenylosuccinate lyase  32.28 
 
 
455 aa  163  6e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0794  adenylosuccinate lyase  34.95 
 
 
449 aa  163  6e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.652976  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0316  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.41 
 
 
459 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1657  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.72 
 
 
404 aa  160  4e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.919998 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2958  adenylosuccinate lyase  32.41 
 
 
471 aa  158  2e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121926  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5111  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.46 
 
 
406 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4818  fumarate lyase  33.69 
 
 
451 aa  157  5.0000000000000005e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.327057  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2251  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.08 
 
 
453 aa  156  8e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.001838  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4874  fumarate lyase  32.56 
 
 
456 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0760075  normal  0.0695852 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0986  adenylosuccinate lyase  33.33 
 
 
448 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.00836427  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3410  adenylosuccinate lyase  31.4 
 
 
431 aa  150  3e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000391938  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2833  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.18 
 
 
464 aa  150  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23357  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2587  adenylosuccinate lyase  30.29 
 
 
431 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.184004  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>