More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2095 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2095  phosphomethylpyrimidine kinase  100 
 
 
581 aa  1180    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2014  phosphomethylpyrimidine kinase, thiamine-phosphate diphosphorylase  51.46 
 
 
557 aa  525  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.50038 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2591  phosphomethylpyrimidine kinase  51.36 
 
 
535 aa  504  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0347459 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1882  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  51.15 
 
 
565 aa  503  1e-141  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2096  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  51.31 
 
 
565 aa  502  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2438  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.58 
 
 
632 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2322  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.58 
 
 
632 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.756854  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1923  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.37 
 
 
637 aa  487  1e-136  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2023  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.56 
 
 
650 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2382  phosphomethylpyrimidine kinase  49.74 
 
 
530 aa  488  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2025  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.18 
 
 
650 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00308953 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1937  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  50.49 
 
 
560 aa  484  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2444  phosphomethylpyrimidine kinase/thiamin-phosphate pyrophosphorylase, putative  52.07 
 
 
526 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1859  phosphomethylpyrimidine kinase/thiamine-phosphate diphosphorylase  50.09 
 
 
525 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1771  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.49 
 
 
613 aa  462  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2200  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.33 
 
 
559 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2391  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  38.87 
 
 
513 aa  348  1e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0637429  normal  0.579661 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0361  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  38.07 
 
 
500 aa  319  1e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0254  phosphomethylpyrimidine kinase/thiamin-phosphate pyrophosphorylase  34.33 
 
 
529 aa  297  3e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1457  hypothetical protein  34.27 
 
 
488 aa  287  2.9999999999999996e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1526  hypothetical protein  34.04 
 
 
488 aa  284  3.0000000000000004e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00145  Thiamine monophosphate synthase  33.73 
 
 
526 aa  270  4e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1606  phosphomethylpyrimidine kinase / thiamine-phosphate pyrophosphorylase  35.32 
 
 
532 aa  264  3e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.41103  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1745  hydroxymethylpyrimidine kinase  32.39 
 
 
479 aa  254  3e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0441  thiamine-phosphate pyrophosphorylase/thiamine-phosphate pyrophosphorylase  32.39 
 
 
479 aa  252  1e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00801461  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0346  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  54.09 
 
 
224 aa  218  2.9999999999999998e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3854  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  53.36 
 
 
215 aa  218  2.9999999999999998e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0454  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  54.09 
 
 
224 aa  217  4e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000016732 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2984  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  54.21 
 
 
226 aa  211  3e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47293  predicted protein  32.84 
 
 
580 aa  211  3e-53  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002073  thiamin-phosphate pyrophosphorylase  46.56 
 
 
471 aa  207  4e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2451  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  43.51 
 
 
440 aa  205  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00365  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  45.75 
 
 
471 aa  202  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0215  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  51.2 
 
 
213 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817852  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0219  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.1 
 
 
213 aa  194  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0283  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  51.39 
 
 
212 aa  194  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00513591 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0386  putative thiamin-phosphate pyrophosphorylase, ThiE  39.38 
 
 
367 aa  194  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4493  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  50 
 
 
211 aa  193  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0244501 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3871  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  50.92 
 
 
211 aa  192  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4495  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  50 
 
 
211 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  hitchhiker  0.0000191197 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4406  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  50.24 
 
 
211 aa  192  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4373  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  50.99 
 
 
211 aa  192  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3716  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.86 
 
 
211 aa  191  4e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0463908  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5461  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  52.48 
 
 
211 aa  191  4e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.262167 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4441  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  52.48 
 
 
211 aa  190  5.999999999999999e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000235463 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4484  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  52.48 
 
 
211 aa  190  7e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4227  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  51.98 
 
 
211 aa  189  1e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03870  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  52.48 
 
 
211 aa  188  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4535  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  52.48 
 
 
211 aa  188  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03823  hypothetical protein  52.48 
 
 
211 aa  188  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4569  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.29 
 
 
211 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00615742 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4032  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  52.48 
 
 
211 aa  188  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00913543 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4001  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  51.98 
 
 
211 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0206  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.98 
 
 
211 aa  181  4.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0267078 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0042  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  44.29 
 
 
214 aa  178  2e-43  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3572  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  39.23 
 
 
367 aa  174  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.480222  hitchhiker  0.0000254394 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2727  thiamin-phosphate pyrophosphorylase  49.75 
 
 
216 aa  172  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2434  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  31.04 
 
 
613 aa  172  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.527798 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3705  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.27 
 
 
367 aa  172  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3227  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.27 
 
 
367 aa  172  1e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1776  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.27 
 
 
367 aa  172  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2777  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.27 
 
 
367 aa  172  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3736  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.78 
 
 
367 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3678  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.27 
 
 
367 aa  172  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336628  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3005  thiamin-phosphate pyrophosphorylase  49.25 
 
 
364 aa  171  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2771  thiamine-phosphate diphosphorylase  37.85 
 
 
375 aa  171  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.207667  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0331  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.74 
 
 
374 aa  170  7e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0340  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.23 
 
 
374 aa  169  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.502306  normal  0.460006 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0041  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.13 
 
 
215 aa  164  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0023  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.92 
 
 
213 aa  161  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.564168  normal  0.364212 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0316  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.07 
 
 
371 aa  158  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.416769  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2467  thiamine-phosphate diphosphorylase  40.37 
 
 
312 aa  158  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.371081  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1935  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  40.18 
 
 
612 aa  159  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3646  thiamine monophosphate synthase  38.91 
 
 
384 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3322  thiamine monophosphate synthase  38.78 
 
 
384 aa  156  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3290  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  43.24 
 
 
307 aa  155  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0392  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.07 
 
 
375 aa  154  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2694  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.51 
 
 
375 aa  150  6e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.442874  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0413  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.51 
 
 
375 aa  150  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232959  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4934  phosphomethylpyrimidine kinase  37.99 
 
 
268 aa  150  6e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3511  thiamine-phosphate diphosphorylase  46.96 
 
 
374 aa  150  9e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.155888  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0208  thiamine monophosphate synthase  38.57 
 
 
349 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.287057  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4470  phosphomethylpyrimidine kinase  37.66 
 
 
268 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.668119  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0108  thiamine-phosphate pyrophosphorylase protein  41.81 
 
 
383 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.244017  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4984  phosphomethylpyrimidine kinase  36.36 
 
 
268 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.702252  normal  0.243702 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0893  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  34.21 
 
 
244 aa  147  5e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.401641  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4311  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  42.51 
 
 
314 aa  146  9e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.411869  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0892  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  38.14 
 
 
308 aa  146  1e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000295383  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0209  thiamine-phosphate diphosphorylase  38 
 
 
378 aa  144  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.418209  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3018  phosphomethylpyrimidine kinase  36.55 
 
 
270 aa  143  9e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0125  phosphomethylpyrimidine kinase  36.48 
 
 
285 aa  142  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1397  phosphomethylpyrimidine kinase  33.55 
 
 
265 aa  141  3e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000385147  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0840  phosphomethylpyrimidine kinase  31.94 
 
 
265 aa  140  3.9999999999999997e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3071  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  41.55 
 
 
302 aa  140  6e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.047455  normal  0.645558 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0042  phosphomethylpyrimidine kinase  39.48 
 
 
284 aa  139  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0834315  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0918  phosphomethylpyrimidine kinase  33.77 
 
 
269 aa  138  3.0000000000000003e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2061  phosphomethylpyrimidine kinase  34.87 
 
 
260 aa  138  3.0000000000000003e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0150754  normal  0.0985623 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0144  thiamine-phosphate diphosphorylase  36.94 
 
 
218 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4453  phosphomethylpyrimidine kinase  35.99 
 
 
270 aa  137  8e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  0.352817 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0997  phosphomethylpyrimidine kinase  33.75 
 
 
288 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00609101  normal  0.106083 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>