More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2467 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2467  thiamine-phosphate diphosphorylase  100 
 
 
312 aa  637    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.371081  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3071  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  67.45 
 
 
302 aa  347  2e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.047455  normal  0.645558 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4311  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  59.42 
 
 
314 aa  341  8e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.411869  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2395  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  62.33 
 
 
309 aa  338  5.9999999999999996e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3290  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  65.02 
 
 
307 aa  333  2e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1783  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  65.57 
 
 
309 aa  317  1e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1939  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  65.57 
 
 
309 aa  317  2e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.850438  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0892  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  56.25 
 
 
308 aa  296  3e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000295383  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3322  thiamine monophosphate synthase  50.72 
 
 
384 aa  239  5e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3646  thiamine monophosphate synthase  50.72 
 
 
384 aa  235  6e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0209  thiamine-phosphate diphosphorylase  47.58 
 
 
378 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.418209  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0386  putative thiamin-phosphate pyrophosphorylase, ThiE  50.95 
 
 
367 aa  216  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0108  thiamine-phosphate pyrophosphorylase protein  48.45 
 
 
383 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.244017  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2771  thiamine-phosphate diphosphorylase  52.11 
 
 
375 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.207667  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0361  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  43.01 
 
 
500 aa  210  3e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0166  thiamine monophosphate synthase  47.58 
 
 
376 aa  203  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0340  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.91 
 
 
374 aa  195  7e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.502306  normal  0.460006 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3572  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.62 
 
 
367 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.480222  hitchhiker  0.0000254394 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2451  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  40.79 
 
 
440 aa  194  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3736  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.06 
 
 
367 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0331  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.91 
 
 
374 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3678  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.71 
 
 
367 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336628  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2444  phosphomethylpyrimidine kinase/thiamin-phosphate pyrophosphorylase, putative  42.5 
 
 
526 aa  192  7e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1776  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.37 
 
 
367 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3705  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.37 
 
 
367 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3005  thiamin-phosphate pyrophosphorylase  47.06 
 
 
364 aa  191  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2777  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.37 
 
 
367 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3227  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.37 
 
 
367 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1937  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  43.12 
 
 
560 aa  188  8e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2096  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  42.7 
 
 
565 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1882  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  42.7 
 
 
565 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00145  Thiamine monophosphate synthase  45.83 
 
 
526 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0023  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  51.21 
 
 
213 aa  182  6e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.564168  normal  0.364212 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0283  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.21 
 
 
212 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00513591 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1923  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  45.58 
 
 
637 aa  179  4e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2391  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.44 
 
 
513 aa  179  5.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0637429  normal  0.579661 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002073  thiamin-phosphate pyrophosphorylase  40.4 
 
 
471 aa  179  8e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0316  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.15 
 
 
371 aa  178  8e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.416769  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3854  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.15 
 
 
215 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2727  thiamin-phosphate pyrophosphorylase  55.91 
 
 
216 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0454  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.15 
 
 
224 aa  177  1e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000016732 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3511  thiamine-phosphate diphosphorylase  48.73 
 
 
374 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.155888  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00365  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  38.78 
 
 
471 aa  178  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0042  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.59 
 
 
214 aa  178  1e-43  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0346  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.15 
 
 
224 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0041  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  52.28 
 
 
215 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2382  phosphomethylpyrimidine kinase  37.59 
 
 
530 aa  177  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2591  phosphomethylpyrimidine kinase  45.54 
 
 
535 aa  176  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0347459 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2023  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  44.44 
 
 
650 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2438  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  44.8 
 
 
632 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2322  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  44.8 
 
 
632 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.756854  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2694  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  45.77 
 
 
375 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.442874  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0413  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  45.77 
 
 
375 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232959  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2200  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  37.79 
 
 
559 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2025  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  44 
 
 
650 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00308953 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0392  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  50.22 
 
 
375 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4569  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.21 
 
 
211 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00615742 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4373  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.68 
 
 
211 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2014  phosphomethylpyrimidine kinase, thiamine-phosphate diphosphorylase  38.52 
 
 
557 aa  168  9e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.50038 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4406  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.15 
 
 
211 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0206  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.21 
 
 
211 aa  167  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0267078 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4495  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.68 
 
 
211 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  hitchhiker  0.0000191197 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4493  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.68 
 
 
211 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0244501 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4441  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.68 
 
 
211 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000235463 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1771  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  42.23 
 
 
613 aa  166  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5461  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.68 
 
 
211 aa  166  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.262167 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4484  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.68 
 
 
211 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4227  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.15 
 
 
211 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1457  hypothetical protein  34.62 
 
 
488 aa  165  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03870  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.15 
 
 
211 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4535  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.15 
 
 
211 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4032  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.15 
 
 
211 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00913543 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03823  hypothetical protein  48.15 
 
 
211 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3871  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.64 
 
 
211 aa  162  8.000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1526  hypothetical protein  33.45 
 
 
488 aa  160  2e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2984  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  42.29 
 
 
226 aa  160  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1745  hydroxymethylpyrimidine kinase  35.87 
 
 
479 aa  160  2e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0441  thiamine-phosphate pyrophosphorylase/thiamine-phosphate pyrophosphorylase  35.51 
 
 
479 aa  160  2e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00801461  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4001  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.62 
 
 
211 aa  160  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0254  phosphomethylpyrimidine kinase/thiamin-phosphate pyrophosphorylase  35.54 
 
 
529 aa  160  4e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3716  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  50.26 
 
 
211 aa  160  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0463908  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0208  thiamine monophosphate synthase  35.66 
 
 
349 aa  159  5e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.287057  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0215  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  45.31 
 
 
213 aa  157  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817852  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0219  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  45.37 
 
 
213 aa  157  3e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1935  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  45.41 
 
 
612 aa  156  4e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0893  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  39.9 
 
 
244 aa  155  7e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.401641  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1955  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.7 
 
 
202 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4095  Thiamine-phosphate diphosphorylase  45.05 
 
 
202 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000665873  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3431  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  44.51 
 
 
202 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2163  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  44.51 
 
 
202 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.507656  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2095  phosphomethylpyrimidine kinase  41.62 
 
 
581 aa  144  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5922  thiamine-phosphate pyrophosphorylase protein  40.86 
 
 
203 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.581006  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2894  thiamine-phosphate diphosphorylase  42.86 
 
 
208 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.511972  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1859  phosphomethylpyrimidine kinase/thiamine-phosphate diphosphorylase  44.95 
 
 
525 aa  140  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2565  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  39.01 
 
 
206 aa  139  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.795825  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6225  thiamine phosphate pyrophosphorylase  41.21 
 
 
202 aa  139  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0618316  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1417  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  43.35 
 
 
208 aa  139  6e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0442  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  35.16 
 
 
201 aa  138  1e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0281  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  39.56 
 
 
209 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2467  thiamine monophosphate synthase  42.86 
 
 
214 aa  136  4e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.571514  normal  0.992674 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>