More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2444 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2444  phosphomethylpyrimidine kinase/thiamin-phosphate pyrophosphorylase, putative  100 
 
 
526 aa  1070    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1882  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  74.42 
 
 
565 aa  774    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2096  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  74.78 
 
 
565 aa  776    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1937  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  75.85 
 
 
560 aa  769    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1923  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  59.22 
 
 
637 aa  624  1e-177  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2025  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  58.91 
 
 
650 aa  616  1e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00308953 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2023  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  59.39 
 
 
650 aa  617  1e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2438  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  59.35 
 
 
632 aa  617  1e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2322  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  59.35 
 
 
632 aa  617  1e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.756854  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2382  phosphomethylpyrimidine kinase  59.13 
 
 
530 aa  543  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2591  phosphomethylpyrimidine kinase  57.58 
 
 
535 aa  521  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0347459 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2014  phosphomethylpyrimidine kinase, thiamine-phosphate diphosphorylase  55.22 
 
 
557 aa  509  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.50038 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2200  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  56.5 
 
 
559 aa  503  1e-141  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1771  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  51.63 
 
 
613 aa  478  1e-133  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1859  phosphomethylpyrimidine kinase/thiamine-phosphate diphosphorylase  55.18 
 
 
525 aa  476  1e-133  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2095  phosphomethylpyrimidine kinase  51.38 
 
 
581 aa  473  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2391  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  43.79 
 
 
513 aa  373  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0637429  normal  0.579661 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0361  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  44.38 
 
 
500 aa  364  2e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0254  phosphomethylpyrimidine kinase/thiamin-phosphate pyrophosphorylase  40.08 
 
 
529 aa  323  3e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1526  hypothetical protein  37.07 
 
 
488 aa  306  8.000000000000001e-82  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1457  hypothetical protein  36.94 
 
 
488 aa  305  1.0000000000000001e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00145  Thiamine monophosphate synthase  37.08 
 
 
526 aa  300  6e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1745  hydroxymethylpyrimidine kinase  37.8 
 
 
479 aa  298  1e-79  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0441  thiamine-phosphate pyrophosphorylase/thiamine-phosphate pyrophosphorylase  37.6 
 
 
479 aa  296  5e-79  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00801461  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1606  phosphomethylpyrimidine kinase / thiamine-phosphate pyrophosphorylase  39.02 
 
 
532 aa  291  3e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.41103  normal 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47293  predicted protein  37.86 
 
 
580 aa  243  6e-63  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0386  putative thiamin-phosphate pyrophosphorylase, ThiE  43.07 
 
 
367 aa  224  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2451  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  44.48 
 
 
440 aa  223  6e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002073  thiamin-phosphate pyrophosphorylase  43.65 
 
 
471 aa  217  5e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3871  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  57 
 
 
211 aa  217  5e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00365  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  44.29 
 
 
471 aa  214  2.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4373  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  58.71 
 
 
211 aa  213  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4493  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  57.71 
 
 
211 aa  212  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0244501 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4495  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  57.71 
 
 
211 aa  212  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  hitchhiker  0.0000191197 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4569  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  57.71 
 
 
211 aa  211  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00615742 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0215  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  57.79 
 
 
213 aa  209  8e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817852  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4484  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  59.28 
 
 
211 aa  209  1e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4406  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  56.72 
 
 
211 aa  209  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5461  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  58.76 
 
 
211 aa  208  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.262167 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4227  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  58.76 
 
 
211 aa  208  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03870  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  59.07 
 
 
211 aa  207  4e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4032  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  59.07 
 
 
211 aa  207  4e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00913543 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03823  hypothetical protein  59.07 
 
 
211 aa  207  4e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4535  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  59.07 
 
 
211 aa  207  4e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2771  thiamine-phosphate diphosphorylase  47.49 
 
 
375 aa  207  5e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.207667  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0346  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  58.21 
 
 
224 aa  207  5e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0454  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  58.21 
 
 
224 aa  206  7e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000016732 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4441  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  55.98 
 
 
211 aa  206  8e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000235463 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3854  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  58.21 
 
 
215 aa  206  8e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4001  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  58.55 
 
 
211 aa  205  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0283  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  57.29 
 
 
212 aa  203  6e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00513591 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0219  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  58.6 
 
 
213 aa  202  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3716  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  54.59 
 
 
211 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0463908  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0206  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  55.67 
 
 
211 aa  201  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0267078 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2984  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  51.89 
 
 
226 aa  200  3.9999999999999996e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3572  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.49 
 
 
367 aa  200  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.480222  hitchhiker  0.0000254394 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2434  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  31.46 
 
 
613 aa  199  7.999999999999999e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.527798 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0331  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  43.05 
 
 
374 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0340  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  44.65 
 
 
374 aa  196  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.502306  normal  0.460006 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2777  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.39 
 
 
367 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3705  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.39 
 
 
367 aa  193  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1776  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.39 
 
 
367 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3227  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.39 
 
 
367 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2467  thiamine-phosphate diphosphorylase  44.75 
 
 
312 aa  193  5e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.371081  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3678  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.39 
 
 
367 aa  193  5e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336628  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0209  thiamine-phosphate diphosphorylase  40.67 
 
 
378 aa  193  6e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.418209  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3736  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.01 
 
 
367 aa  193  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3290  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  43.22 
 
 
307 aa  191  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0042  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  53.16 
 
 
214 aa  191  2.9999999999999997e-47  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0892  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  39.86 
 
 
308 aa  186  1.0000000000000001e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000295383  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3005  thiamin-phosphate pyrophosphorylase  44.87 
 
 
364 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0316  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  45.05 
 
 
371 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.416769  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2727  thiamin-phosphate pyrophosphorylase  55.08 
 
 
216 aa  183  6e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2694  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  42.91 
 
 
375 aa  181  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.442874  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0413  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  42.91 
 
 
375 aa  181  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232959  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3071  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  42.32 
 
 
302 aa  180  5.999999999999999e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.047455  normal  0.645558 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3511  thiamine-phosphate diphosphorylase  45.16 
 
 
374 aa  180  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.155888  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0023  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  51.79 
 
 
213 aa  179  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.564168  normal  0.364212 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1935  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  43.59 
 
 
612 aa  179  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0392  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  42.91 
 
 
375 aa  179  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4311  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  42.75 
 
 
314 aa  177  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.411869  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0041  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  50.51 
 
 
215 aa  177  6e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0166  thiamine monophosphate synthase  38.94 
 
 
376 aa  176  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1939  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  41.34 
 
 
309 aa  172  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.850438  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1783  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  41.34 
 
 
309 aa  171  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0208  thiamine monophosphate synthase  37.37 
 
 
349 aa  168  2e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.287057  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0893  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  38.37 
 
 
244 aa  168  2e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.401641  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3322  thiamine monophosphate synthase  37.62 
 
 
384 aa  168  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3646  thiamine monophosphate synthase  37.54 
 
 
384 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2395  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  41.51 
 
 
309 aa  160  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0108  thiamine-phosphate pyrophosphorylase protein  45.28 
 
 
383 aa  156  9e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.244017  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2565  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.15 
 
 
206 aa  154  5.9999999999999996e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.795825  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1183  phosphomethylpyrimidine kinase  37.5 
 
 
518 aa  152  1e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00808749  hitchhiker  0.00513051 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4170  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.19 
 
 
201 aa  152  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.623908  normal  0.52609 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17535  predicted protein  29.96 
 
 
478 aa  152  2e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.274913 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03000  hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase  37.72 
 
 
265 aa  147  4.0000000000000006e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2163  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.18 
 
 
202 aa  147  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.507656  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1102  phosphomethylpyrimidine kinase  38.32 
 
 
271 aa  146  9e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0215379  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1992  phosphomethylpyrimidine kinase  36.23 
 
 
270 aa  145  1e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5922  thiamine-phosphate pyrophosphorylase protein  43.22 
 
 
203 aa  145  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.581006  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>