More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_4004 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_4004  transcriptional regulator, ArsR family protein  100 
 
 		 270 aa  566  1e-160  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3358  ArsR family transcriptional regulator  65.93 
 
 		 275 aa  376  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.426914  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3552  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  57.39 
 
 		 305 aa  331  8e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1519  ArsR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 258 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.760386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05104  arsenate reductase  39.46 
 
 		 248 aa  187  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3821  protein tyrosine phosphatase  49.62 
 
 		 138 aa  150  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2336  protein tyrosine phosphatase  49.62 
 
 		 138 aa  150  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0739912 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1219  protein tyrosine phosphatase  49.63 
 
 		 138 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0532  ArsR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 114 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3499  ArsR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 114 aa  128  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0417  ArsR family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 115 aa  126  5e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0574  ArsR family transcriptional regulator  53.15 
 
 		 114 aa  125  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.191131 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0491  regulatory protein, ArsR  50.88 
 
 		 114 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0532  ArsR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 114 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3960  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 		 114 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3834  regulatory protein ArsR  50 
 
 		 114 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3777  transcriptional regulator, ArsR family  50.88 
 
 		 114 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0532  arsenical resistence operon repressor  52.63 
 
 		 114 aa  122  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4387  ArsR family transcriptional regulator  53.15 
 
 		 115 aa  122  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1851  regulatory protein ArsR  49.12 
 
 		 114 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0120336  hitchhiker  0.00320391 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3738  ArsR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 116 aa  119  7e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1220  regulatory protein, ArsR  47.37 
 
 		 115 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1484  protein tyrosine phosphatase  43.38 
 
 		 138 aa  118  9e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3820  regulatory protein, ArsR  47.37 
 
 		 115 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2335  ArsR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 115 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0758735 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2957  protein tyrosine phosphatase  45.11 
 
 		 150 aa  116  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.252891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5146  ArsR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 118 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.426195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2667  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  48.21 
 
 		 143 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13220  protein-tyrosine-phosphatase  42.96 
 
 		 142 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.211639  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25920  regulatory protein, ArsR family  42.74 
 
 		 118 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2878  protein tyrosine phosphatase  49.11 
 
 		 139 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3781  ArsR family transcriptional regulator  47.75 
 
 		 110 aa  113  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00283923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3638  regulatory protein, ArsR  49.53 
 
 		 134 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35130  arsenic resistance transcriptional regulator  45.54 
 
 		 116 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.362165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1504  regulatory protein, ArsR  41.74 
 
 		 133 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.222028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2400  ArsR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 115 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00774399 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0375  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  44.44 
 
 		 140 aa  107  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3398  ArsR family transcriptional regulator  55.06 
 
 		 114 aa  105  8e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.88548  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0493  transcriptional regulator  45.69 
 
 		 117 aa  105  8e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.877737 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2315  ArsR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 258 aa  104  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.911593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0526  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  42.34 
 
 		 152 aa  102  6e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1111  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  44.74 
 
 		 146 aa  102  8e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.660176  normal  0.527551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1930  arsenic resistance transcriptional regulator  43.75 
 
 		 128 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.406567  unclonable  0.000000264829 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1227  protein tyrosine phosphatase  46.15 
 
 		 258 aa  100  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.693149 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3147  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  43.52 
 
 		 139 aa  99.8  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.942281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3077  ArsR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 115 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0874  protein tyrosine phosphatase  45.05 
 
 		 143 aa  99.4  5e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0764045  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0848  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  42.2 
 
 		 137 aa  99.4  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3034  regulatory protein, ArsR  42.98 
 
 		 145 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03333  predicted transcriptional regulator  48.89 
 
 		 113 aa  99  7e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0909  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  42.2 
 
 		 137 aa  99  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.525567  normal  0.101664 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0218  protein tyrosine phosphatase  45.95 
 
 		 143 aa  99  7e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3330  ArsR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 257 aa  99  8e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2718  arsenic resistance transcriptional regulator  42.11 
 
 		 115 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3637  transcriptional regulator of ArsR family protein  46.79 
 
 		 115 aa  98.2  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.227676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6113  protein tyrosine phosphatase  38.6 
 
 		 138 aa  97.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0827  Protein-tyrosine phosphatase low molecular weight  41.96 
 
 		 154 aa  96.7  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1608  transcriptional regulator, ArsR family  47.62 
 
 		 124 aa  94.7  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.15786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2969  ArsR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 120 aa  94.7  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.530376 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03350  DNA-binding transcriptional repressor  50 
 
 		 117 aa  94  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.449816  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0213  transcriptional regulator, ArsR family  50 
 
 		 117 aa  94  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1929  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  40.91 
 
 		 137 aa  94  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.893973  normal  0.121464 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0215  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  50 
 
 		 117 aa  94  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.807623 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3984  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  50 
 
 		 117 aa  94  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3703  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  50 
 
 		 117 aa  94  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03303  hypothetical protein  50 
 
 		 117 aa  94  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.521109  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3820  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  50 
 
 		 117 aa  94  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0062  protein tyrosine phosphatase  46.55 
 
 		 145 aa  93.6  3e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1925  putative transcriptional regulator, ArsR family  40.71 
 
 		 117 aa  93.6  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.26024  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2770  protein tyrosine phosphatase  37.69 
 
 		 143 aa  93.6  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1954  protein tyrosine phosphatase  39.82 
 
 		 150 aa  93.2  4e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2863  protein tyrosine phosphatase  40.29 
 
 		 151 aa  93.2  4e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0918  protein tyrosine phosphatase  45.76 
 
 		 144 aa  93.2  4e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3793  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  48.81 
 
 		 117 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.462226 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4850  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  48.81 
 
 		 117 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0537  arsenate reductase (thioredoxin)  37.78 
 
 		 164 aa  92.4  6e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0381  protein tyrosine phosphatase  39.57 
 
 		 144 aa  91.3  1e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00670954  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4210  ArsR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 270 aa  91.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.54133  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2571  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  36.76 
 
 		 137 aa  91.7  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1896  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  42.2 
 
 		 138 aa  90.5  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0515546  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2820  protein tyrosine phosphatase  41.35 
 
 		 143 aa  90.9  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2713  ArsR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 114 aa  90.5  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3281  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  44.19 
 
 		 113 aa  90.1  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0944  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  44.19 
 
 		 113 aa  90.1  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0793455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3939  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  38.1 
 
 		 141 aa  89.7  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.164667  normal  0.499641 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3415  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  44.19 
 
 		 113 aa  89.7  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.64554  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0250  protein tyrosine phosphatase  45.28 
 
 		 132 aa  90.1  4e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.371079  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0842  protein tyrosine phosphatase  40.87 
 
 		 138 aa  89.4  6e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.790254  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3265  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  46.99 
 
 		 140 aa  89  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.426244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1440  protein tyrosine phosphatase  36.36 
 
 		 147 aa  89  8e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1984  protein tyrosine phosphatase  34.25 
 
 		 177 aa  88.6  9e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.565539  normal  0.702205 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2391  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  39.77 
 
 		 106 aa  88.2  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4255  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  40.48 
 
 		 106 aa  88.6  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0970362 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1874  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  42.2 
 
 		 144 aa  88.2  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2463  transcriptional regulator, ArsR family  44.05 
 
 		 110 aa  87.8  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.104943  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1780  protein tyrosine phosphatase  43.81 
 
 		 154 aa  87.8  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0180876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3671  protein tyrosine phosphatase  40.91 
 
 		 144 aa  87.4  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.724528  normal  0.246211 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1393  protein tyrosine phosphatase  41.53 
 
 		 148 aa  87  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0172641  normal  0.707508 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2803  ArsR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 269 aa  87  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0597  protein tyrosine phosphatase  42.98 
 
 		 142 aa  86.7  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>