More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3648 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3648  transcriptional regulator, AraC family protein  100 
 
 		 333 aa  685    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 343 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 360 aa  188  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 344 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 364 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 343 aa  186  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 352 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16430  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  34.23 
 
 		 321 aa  181  2e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 343 aa  180  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 373 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1759  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 338 aa  179  8e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.206949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3748  transcriptional regulator, AraC family  33.83 
 
 		 350 aa  178  1e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.668173  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 398 aa  175  9e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4573  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2068  AraC family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 339 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1473  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 340 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0769  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 340 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.93872  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0588  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 340 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0563  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 340 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1280  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 340 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.388416  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1503  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 340 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1607  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 370 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3952  transcriptional regulator, AraC family  33.24 
 
 		 351 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4375  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 345 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.987701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  25.15 
 
 		 344 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 330 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 345 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 345 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  32.82 
 
 		 345 aa  122  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  32.18 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 345 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 341 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 345 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 345 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 330 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 345 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 332 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  29.22 
 
 		 330 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 364 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 382 aa  115  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 356 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 347 aa  113  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 336 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 366 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 347 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 336 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 369 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 369 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 366 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 366 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 369 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  26.96 
 
 		 359 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 339 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  28.23 
 
 		 354 aa  105  9e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  29.09 
 
 		 339 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  23.4 
 
 		 345 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 343 aa  99.8  5e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 330 aa  99  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 336 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 372 aa  96.3  7e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  27.61 
 
 		 335 aa  94.7  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 340 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 355 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  25.95 
 
 		 347 aa  93.6  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  29 
 
 		 339 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  29.37 
 
 		 339 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  27.86 
 
 		 335 aa  92.4  1e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 341 aa  92  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 357 aa  90.9  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 356 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  24.17 
 
 		 396 aa  89.4  7e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 344 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 360 aa  89  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 356 aa  89.4  9e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7549  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 389 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 360 aa  87.8  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1968  AraC family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 348 aa  87.4  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.83471 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3231  helix-turn-helix domain-containing protein  28.88 
 
 		 288 aa  86.3  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.566106  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  23.77 
 
 		 345 aa  85.5  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 335 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5492  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 360 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0380  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 344 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  24.17 
 
 		 337 aa  83.6  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 339 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0596  helix-turn-helix domain-containing protein  27.94 
 
 		 356 aa  82.8  0.000000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0477  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 366 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6093  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 398 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0365291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5855  AraC family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 385 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  22.88 
 
 		 356 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 353 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  25.07 
 
 		 348 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  21.77 
 
 		 356 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2577  AraC family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 344 aa  80.1  0.00000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  24.63 
 
 		 333 aa  80.1  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4184  helix-turn-helix domain-containing protein  26.05 
 
 		 341 aa  79.3  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26598  normal  0.842889 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 247 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1560  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 350 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1365  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 350 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.884424  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6017  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 425 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.938285  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>