180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2840 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2840  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  100 
 
 
289 aa  599  1e-170  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2750  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.39 
 
 
280 aa  115  8.999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0435  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.41 
 
 
294 aa  113  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.369431 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0916  calcium-binding protein regucalcin  29.1 
 
 
293 aa  113  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.722719  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0500  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  28.03 
 
 
295 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.922972 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3534  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.68 
 
 
299 aa  109  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0305763 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0543  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.45 
 
 
295 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2001  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.96 
 
 
302 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00903181  hitchhiker  0.0000000314659 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2014  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.78 
 
 
289 aa  108  9.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.169753  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3491  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  29.58 
 
 
281 aa  107  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1273  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.62 
 
 
297 aa  107  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1974  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.65 
 
 
302 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.18647  hitchhiker  0.00196761 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2088  hypothetical protein  30.56 
 
 
300 aa  107  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000545594 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  26.71 
 
 
546 aa  106  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1240  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  27.5 
 
 
286 aa  105  9e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.138164 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00122  regucalcin  29.27 
 
 
303 aa  104  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.235017  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2130  Smp-30/Cgr1 family protein, putative  30.11 
 
 
395 aa  104  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.111532  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2046  putative Smp-30/Cgr1 family protein  30.11 
 
 
395 aa  104  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00767899  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0015  gluconolactonase  27.02 
 
 
288 aa  103  2e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5252  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.67 
 
 
281 aa  103  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2994  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.66 
 
 
304 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412095  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1271  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.82 
 
 
344 aa  103  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0150049  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1987  SMP-30/CGR1 family protein  26.83 
 
 
288 aa  102  8e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5895  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.37 
 
 
296 aa  102  8e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0487304 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0568  regucalcin family protein  28.23 
 
 
291 aa  101  1e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.4 
 
 
569 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0063  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  27.46 
 
 
292 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3588  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  27.02 
 
 
292 aa  100  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3831  senescence marker protein-30 (SMP-30)  26.07 
 
 
283 aa  100  4e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1433  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  27.87 
 
 
297 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.46412  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4143  gluconolactonase  29.11 
 
 
291 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670498  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3297  response regulator receiver protein  27.49 
 
 
279 aa  99.4  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.818338 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2649  regucalcin family protein  24.83 
 
 
300 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00899995  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2611  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  25.17 
 
 
309 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.170386 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5842  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  26.25 
 
 
311 aa  97.4  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0784  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.24 
 
 
302 aa  97.8  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3138  gluconolactonase  29.96 
 
 
279 aa  97.4  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.840697  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0398  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  28.67 
 
 
302 aa  96.3  5e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.993472 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3876  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.5 
 
 
279 aa  96.3  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0479  senescence marker protein-30 (SMP-30)  24.44 
 
 
312 aa  95.9  7e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  24.4 
 
 
291 aa  95.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0358  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.5 
 
 
305 aa  94.4  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.60058  normal  0.0997512 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0165  gluconolactonase  25.48 
 
 
316 aa  94.4  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2584  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  27.72 
 
 
304 aa  93.6  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  25.35 
 
 
308 aa  93.6  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0220  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.1 
 
 
311 aa  93.6  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2373  regucalcin-like protein  24.49 
 
 
303 aa  92.8  6e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2339  regucalcin-like protein  24.49 
 
 
300 aa  92.8  6e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4002  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.59 
 
 
293 aa  92.4  8e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2046  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.95 
 
 
302 aa  92.4  9e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0183  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  24.84 
 
 
316 aa  91.7  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0284148  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3075  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.43 
 
 
310 aa  91.7  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.158339  normal  0.596869 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4633  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  25.56 
 
 
335 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1727  gluconolactonase  26.48 
 
 
296 aa  91.7  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2881  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.3 
 
 
302 aa  91.3  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.204717  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2759  regucalcin family protein  24.83 
 
 
300 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000386621 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3407  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  25.93 
 
 
300 aa  92  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13947  normal  0.0742686 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2755  hypothetical protein  28.06 
 
 
303 aa  91.3  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.334703  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2611  regucalcin family protein  24.75 
 
 
300 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00251849  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2099  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.11 
 
 
291 aa  91.3  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83958 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3078  gluconolactonase  26.62 
 
 
290 aa  90.9  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.118457  normal  0.0313509 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  25.37 
 
 
293 aa  90.5  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3664  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.72 
 
 
304 aa  90.5  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000466286  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2566  regucalcin family protein  23.49 
 
 
300 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2812  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.74 
 
 
302 aa  90.1  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2862  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.74 
 
 
302 aa  90.1  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0267306 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2314  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  24.65 
 
 
295 aa  89.7  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.122885  normal  0.0745328 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1052  senescence marker protein-30 family protein  25 
 
 
294 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3531  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  28.14 
 
 
309 aa  89.7  5e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2995  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  26.44 
 
 
302 aa  89.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2637  senescence marker protein-30 family protein  26.64 
 
 
290 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0164591  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0048  L-arabinonolactonase  26.22 
 
 
300 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1040  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  23.13 
 
 
312 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4580  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  25.5 
 
 
300 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4446  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  25.5 
 
 
300 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0439453  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0550  L-arabinonolactonase  25.44 
 
 
304 aa  87  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621286  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3342  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  25.44 
 
 
294 aa  87.4  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.88627  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0514  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  25 
 
 
294 aa  87.4  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1725  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  25.42 
 
 
296 aa  86.3  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000166829  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2259  gluconolactonase  24.74 
 
 
315 aa  86.3  6e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0162749  unclonable  0.0000000178231 
 
 
-
 
NC_003296  RS05363  hypothetical protein  26.09 
 
 
296 aa  85.9  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00449707 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2883  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  26.74 
 
 
302 aa  85.9  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.300083 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0235  gluconolactonase  27.88 
 
 
323 aa  85.5  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1529  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  24.82 
 
 
292 aa  85.5  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0901  senescence marker protein-30 (SMP-30)  25.34 
 
 
294 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0453  gluconolactonase  26.04 
 
 
289 aa  83.6  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4759  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  26.57 
 
 
288 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3300  gluconolactonase  26.19 
 
 
291 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0075  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  26.98 
 
 
289 aa  83.2  0.000000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.72815 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.42 
 
 
291 aa  82.8  0.000000000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3160  senescence marker protein-30 (SMP-30)  24.16 
 
 
289 aa  83.2  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2337  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  25.08 
 
 
289 aa  83.2  0.000000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.992536  normal  0.0209348 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2370  senescence marker protein-30 (SMP-30)  26.67 
 
 
290 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0343069  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41751  predicted protein  26.07 
 
 
328 aa  82.4  0.000000000000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0000000044531  hitchhiker  0.0048622 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2136  putative gluconolactonase  27.02 
 
 
293 aa  82.4  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  25.93 
 
 
292 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4867  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  24.5 
 
 
309 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0126426  normal  0.175747 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0840  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  24.63 
 
 
311 aa  82  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0519  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  24.74 
 
 
285 aa  80.9  0.00000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.530056  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  26.62 
 
 
293 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.557262  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>