293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3531 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3531  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  100 
 
 
309 aa  647    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2046  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  41.99 
 
 
302 aa  227  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2088  hypothetical protein  40.62 
 
 
300 aa  225  9e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000545594 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2001  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  40.62 
 
 
302 aa  223  3e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00903181  hitchhiker  0.0000000314659 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1974  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  40.62 
 
 
302 aa  223  4e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.18647  hitchhiker  0.00196761 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3664  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  40.26 
 
 
304 aa  219  3e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000466286  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2162  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  38.33 
 
 
330 aa  208  7e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.15283  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2611  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.4 
 
 
309 aa  168  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.170386 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2314  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.12 
 
 
295 aa  162  6e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.122885  normal  0.0745328 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.38 
 
 
293 aa  162  8.000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0747  senescence marker protein-30 (SMP-30)  35.15 
 
 
284 aa  160  2e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4580  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.17 
 
 
300 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4446  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.17 
 
 
300 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0439453  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3407  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.95 
 
 
300 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13947  normal  0.0742686 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3453  gluconolactonase  32.11 
 
 
297 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2994  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.22 
 
 
304 aa  155  8e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412095  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1052  senescence marker protein-30 family protein  33.56 
 
 
294 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3876  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.38 
 
 
279 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2750  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.07 
 
 
280 aa  153  4e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05363  hypothetical protein  33.46 
 
 
296 aa  152  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00449707 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2755  hypothetical protein  34.72 
 
 
303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.334703  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0550  L-arabinonolactonase  34.98 
 
 
304 aa  152  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621286  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1987  SMP-30/CGR1 family protein  33.33 
 
 
288 aa  152  8e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3138  gluconolactonase  31.72 
 
 
279 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.840697  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0015  gluconolactonase  32.63 
 
 
288 aa  152  1e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2584  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.51 
 
 
304 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0901  senescence marker protein-30 (SMP-30)  33.11 
 
 
294 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1040  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.14 
 
 
312 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4918  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.74 
 
 
299 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.117058  normal  0.866361 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0279  gluconolactonase  33.56 
 
 
295 aa  149  5e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.27578  normal  0.327592 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  30 
 
 
291 aa  149  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5252  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.45 
 
 
281 aa  149  7e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  31.71 
 
 
292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0063  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.6 
 
 
292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0622  senescence marker protein-30 family protein  34.78 
 
 
311 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.389128  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1810  senescence marker protein-30 family protein  34.78 
 
 
311 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1058  senescence marker protein-30 family protein  35.12 
 
 
311 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0845  senescence marker protein-30 family protein  34.78 
 
 
311 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1143  gluconolactonase  35.12 
 
 
311 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.68325  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4591  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.69 
 
 
300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00253275 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0048  L-arabinonolactonase  34.98 
 
 
300 aa  146  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5473  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.11 
 
 
299 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0410042 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1240  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.57 
 
 
286 aa  145  8.000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.138164 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0784  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.04 
 
 
302 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00122  regucalcin  31.42 
 
 
303 aa  145  1e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.235017  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1188  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.88 
 
 
292 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.227591  normal  0.0804871 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5221  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  34.04 
 
 
300 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5638  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.04 
 
 
300 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700082  normal  0.0168857 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  31.03 
 
 
546 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3108  gluconolactonase  30.14 
 
 
303 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0128132  normal  0.989225 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1170  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  32.42 
 
 
293 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.482172  normal  0.0648021 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3300  gluconolactonase  31.06 
 
 
291 aa  142  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2356  senescence marker protein-30 family protein  34.56 
 
 
311 aa  142  6e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3831  senescence marker protein-30 (SMP-30)  33.56 
 
 
283 aa  141  9.999999999999999e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3209  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.56 
 
 
301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0193044 
 
 
-
 
NC_004310  BR2130  Smp-30/Cgr1 family protein, putative  31.23 
 
 
395 aa  140  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.111532  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1204  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.85 
 
 
293 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5895  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.85 
 
 
296 aa  140  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0487304 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2046  putative Smp-30/Cgr1 family protein  31.23 
 
 
395 aa  140  3e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00767899  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1725  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.08 
 
 
296 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000166829  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1592  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.85 
 
 
300 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51450  gluconolactonase  32.53 
 
 
284 aa  139  6e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4190  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.17 
 
 
301 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4078  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.17 
 
 
301 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62753  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2259  gluconolactonase  32.86 
 
 
315 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0162749  unclonable  0.0000000178231 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1625  senescence marker protein-30 family protein  33.45 
 
 
310 aa  138  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3214  gluconolactonase  31.4 
 
 
290 aa  137  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3696  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.34 
 
 
296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4002  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.33 
 
 
293 aa  136  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4476  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.78 
 
 
290 aa  135  9.999999999999999e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0784664  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.33 
 
 
569 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  30.62 
 
 
308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1362  Xylono-1,4-lactonase  29.72 
 
 
294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0500  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  28.57 
 
 
295 aa  132  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.922972 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0543  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.27 
 
 
295 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.58 
 
 
293 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.557262  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2591  gluconolactonase  31.31 
 
 
312 aa  132  9e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000189317  normal  0.0284024 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0358  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.13 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.60058  normal  0.0997512 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0220  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.92 
 
 
311 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49486  D-glucono-1,5-lactone lactonohydrolase  31.11 
 
 
352 aa  130  3e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2649  regucalcin family protein  28.33 
 
 
300 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00899995  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3160  senescence marker protein-30 (SMP-30)  30.8 
 
 
289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2014  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.62 
 
 
289 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.169753  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3491  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  33.46 
 
 
281 aa  129  7.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0398  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  28 
 
 
302 aa  129  7.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.993472 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2637  senescence marker protein-30 family protein  29.08 
 
 
290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0164591  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2339  regucalcin-like protein  28.93 
 
 
300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0519  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.5 
 
 
285 aa  127  3e-28  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.530056  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2566  regucalcin family protein  28.32 
 
 
300 aa  127  3e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1381  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.46 
 
 
286 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.759773  normal  0.429128 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2759  regucalcin family protein  27.97 
 
 
300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000386621 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1273  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  27.84 
 
 
297 aa  125  9e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2373  regucalcin-like protein  28.32 
 
 
303 aa  125  1e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1323  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.86 
 
 
287 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.198758  normal  0.707681 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2611  regucalcin family protein  27.65 
 
 
300 aa  124  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00251849  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1799  gluconolactonase  28.91 
 
 
309 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328228  hitchhiker  0.000281102 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0353  putative senescence marker protein-30 (SMP-30)  30.99 
 
 
295 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000291446  hitchhiker  0.0000011261 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1433  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.99 
 
 
297 aa  123  5e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.46412  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5842  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.85 
 
 
311 aa  122  7e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0183  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  28.97 
 
 
316 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0284148  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>