272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3491 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3491  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  100 
 
 
281 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1240  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  59.58 
 
 
286 aa  323  2e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.138164 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3831  senescence marker protein-30 (SMP-30)  55.4 
 
 
283 aa  302  4.0000000000000003e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2750  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  54.12 
 
 
280 aa  291  8e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51450  gluconolactonase  53.52 
 
 
284 aa  284  1.0000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3138  gluconolactonase  53.23 
 
 
279 aa  260  2e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.840697  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3876  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  52.85 
 
 
279 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3297  response regulator receiver protein  50.94 
 
 
279 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.818338 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2136  putative gluconolactonase  45.8 
 
 
293 aa  218  6e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2130  Smp-30/Cgr1 family protein, putative  40.83 
 
 
395 aa  213  1.9999999999999998e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.111532  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2046  putative Smp-30/Cgr1 family protein  40.83 
 
 
395 aa  213  1.9999999999999998e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00767899  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0500  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  42.91 
 
 
295 aa  212  7e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.922972 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3588  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  37.72 
 
 
292 aa  209  3e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0784  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  39.79 
 
 
302 aa  207  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0543  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  42.52 
 
 
295 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0435  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  40.85 
 
 
294 aa  201  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.369431 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0916  calcium-binding protein regucalcin  39.22 
 
 
293 aa  201  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.722719  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4633  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38.49 
 
 
335 aa  192  7e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3075  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  40.48 
 
 
310 aa  187  2e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.158339  normal  0.596869 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5895  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.01 
 
 
296 aa  185  7e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0487304 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1433  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  39.3 
 
 
297 aa  179  4e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.46412  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1271  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  39.3 
 
 
344 aa  177  1e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0150049  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1273  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  38.13 
 
 
297 aa  172  5e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.34 
 
 
293 aa  152  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0519  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.58 
 
 
285 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.530056  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3534  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.66 
 
 
299 aa  142  4e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0305763 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2994  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.47 
 
 
304 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412095  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1727  gluconolactonase  35.25 
 
 
296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2584  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.71 
 
 
304 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17570  gluconolactonase  36.03 
 
 
280 aa  138  1e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0137637  normal  0.639926 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0015  gluconolactonase  29.58 
 
 
288 aa  137  1e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00122  regucalcin  35 
 
 
303 aa  137  2e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.235017  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1987  SMP-30/CGR1 family protein  29.23 
 
 
288 aa  135  9.999999999999999e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0453  gluconolactonase  35.38 
 
 
289 aa  132  5e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3407  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.77 
 
 
300 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13947  normal  0.0742686 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2014  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.38 
 
 
289 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.169753  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0550  L-arabinonolactonase  38.87 
 
 
304 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621286  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3664  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.78 
 
 
304 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000466286  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3531  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  33.46 
 
 
309 aa  129  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1188  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.88 
 
 
292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.227591  normal  0.0804871 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.15 
 
 
569 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2566  regucalcin family protein  28.31 
 
 
300 aa  125  6e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5252  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.35 
 
 
281 aa  125  7e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0063  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.52 
 
 
292 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2759  regucalcin family protein  27.94 
 
 
300 aa  124  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000386621 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1170  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  31.21 
 
 
293 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.482172  normal  0.0648021 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2755  hypothetical protein  33.71 
 
 
303 aa  123  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.334703  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  31.91 
 
 
291 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3160  senescence marker protein-30 (SMP-30)  35.02 
 
 
289 aa  123  4e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2649  regucalcin family protein  29.14 
 
 
300 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00899995  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1204  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.51 
 
 
293 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2611  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.59 
 
 
309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.170386 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3300  gluconolactonase  30.61 
 
 
291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2611  regucalcin family protein  29.14 
 
 
300 aa  120  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00251849  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2373  regucalcin-like protein  29.14 
 
 
303 aa  120  3e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36900  gluconolactonase  32.97 
 
 
280 aa  120  3e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.433701 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4759  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.81 
 
 
288 aa  120  3e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.5 
 
 
293 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.557262  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2339  regucalcin-like protein  29.41 
 
 
300 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.32 
 
 
291 aa  118  9.999999999999999e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0568  regucalcin family protein  33.2 
 
 
291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3209  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.31 
 
 
301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0193044 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3696  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.69 
 
 
296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1040  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.66 
 
 
312 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  28.96 
 
 
292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  33.22 
 
 
308 aa  115  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1567  senescence marker protein-30 (SMP-30)  31.98 
 
 
294 aa  115  7.999999999999999e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.382911  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2337  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.18 
 
 
289 aa  115  7.999999999999999e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.992536  normal  0.0209348 
 
 
-
 
NC_003296  RS05363  hypothetical protein  33.59 
 
 
296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00449707 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3544  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.34 
 
 
280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0286848 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1052  senescence marker protein-30 family protein  30.34 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0048  L-arabinonolactonase  33.33 
 
 
300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  33.06 
 
 
546 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0186  gluconolactonase  33.45 
 
 
311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2314  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  27.21 
 
 
295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.122885  normal  0.0745328 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4446  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.69 
 
 
300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0439453  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4580  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.69 
 
 
300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5221  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  33.68 
 
 
300 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5638  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.68 
 
 
300 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700082  normal  0.0168857 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0901  senescence marker protein-30 (SMP-30)  31.16 
 
 
294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0840  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.05 
 
 
311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41751  predicted protein  34 
 
 
328 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0000000044531  hitchhiker  0.0048622 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4591  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35 
 
 
300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00253275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4143  gluconolactonase  27.87 
 
 
291 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670498  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4675  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.65 
 
 
318 aa  109  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29900  gluconolactonase  32.97 
 
 
283 aa  108  7.000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0220  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.52 
 
 
311 aa  108  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0044  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.47 
 
 
296 aa  108  8.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1292  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.3 
 
 
274 aa  108  8.000000000000001e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4002  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.25 
 
 
293 aa  108  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2571  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.82 
 
 
299 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.233694  normal  0.0110739 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1799  gluconolactonase  34.11 
 
 
309 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328228  hitchhiker  0.000281102 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2840  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.58 
 
 
289 aa  107  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0122  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.36 
 
 
308 aa  107  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271646  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4078  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.26 
 
 
301 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62753  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4918  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.08 
 
 
299 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.117058  normal  0.866361 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4190  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.26 
 
 
301 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0358  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.52 
 
 
305 aa  106  4e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.60058  normal  0.0997512 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5444  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.32 
 
 
295 aa  105  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00675978 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4867  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.85 
 
 
309 aa  105  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0126426  normal  0.175747 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>