267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2755 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2755  hypothetical protein  100 
 
 
303 aa  607  1e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.334703  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2994  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  81.73 
 
 
304 aa  501  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412095  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2584  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  80.07 
 
 
304 aa  491  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3407  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  52.05 
 
 
300 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13947  normal  0.0742686 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2611  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  50.34 
 
 
309 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.170386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0550  L-arabinonolactonase  51.72 
 
 
304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621286  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3209  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  51.88 
 
 
301 aa  253  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0193044 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4591  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  51.01 
 
 
300 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00253275 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5221  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  51.52 
 
 
300 aa  245  6e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5638  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  51.52 
 
 
300 aa  245  6e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700082  normal  0.0168857 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4918  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  52.36 
 
 
299 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.117058  normal  0.866361 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5473  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  51.54 
 
 
299 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0410042 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0048  L-arabinonolactonase  49.66 
 
 
300 aa  236  4e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1143  gluconolactonase  50.7 
 
 
311 aa  235  7e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.68325  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0622  senescence marker protein-30 family protein  50.7 
 
 
311 aa  235  9e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.389128  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0845  senescence marker protein-30 family protein  50.7 
 
 
311 aa  235  9e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1810  senescence marker protein-30 family protein  50.7 
 
 
311 aa  235  9e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00122  regucalcin  44.88 
 
 
303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.235017  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1058  senescence marker protein-30 family protein  50.53 
 
 
311 aa  233  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2356  senescence marker protein-30 family protein  50.35 
 
 
311 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1625  senescence marker protein-30 family protein  48.14 
 
 
310 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2088  hypothetical protein  38.26 
 
 
300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000545594 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2046  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.33 
 
 
302 aa  193  4e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1974  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.25 
 
 
302 aa  192  5e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.18647  hitchhiker  0.00196761 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2001  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.25 
 
 
302 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00903181  hitchhiker  0.0000000314659 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3664  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.33 
 
 
304 aa  186  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000466286  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2162  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.29 
 
 
330 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.15283  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1987  SMP-30/CGR1 family protein  36.49 
 
 
288 aa  169  7e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4078  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.94 
 
 
301 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62753  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4190  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.94 
 
 
301 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38.05 
 
 
569 aa  168  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0015  gluconolactonase  36.14 
 
 
288 aa  167  2e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.8 
 
 
293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  36.62 
 
 
291 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0398  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.43 
 
 
302 aa  160  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.993472 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2314  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.42 
 
 
295 aa  160  3e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.122885  normal  0.0745328 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3696  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38.03 
 
 
296 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3534  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.75 
 
 
299 aa  159  5e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0305763 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  36.9 
 
 
292 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2337  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.3 
 
 
289 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.992536  normal  0.0209348 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2014  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.11 
 
 
289 aa  156  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.169753  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3160  senescence marker protein-30 (SMP-30)  36.99 
 
 
289 aa  155  8e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  37.37 
 
 
308 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  33.56 
 
 
546 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0519  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.12 
 
 
285 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.530056  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0279  gluconolactonase  38.54 
 
 
295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.27578  normal  0.327592 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2566  regucalcin family protein  31.42 
 
 
300 aa  152  5e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3531  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  34.72 
 
 
309 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4002  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.24 
 
 
293 aa  152  8e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1040  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.85 
 
 
312 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2759  regucalcin family protein  31.1 
 
 
300 aa  151  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000386621 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1323  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.28 
 
 
287 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.198758  normal  0.707681 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2611  regucalcin family protein  31.31 
 
 
300 aa  149  5e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00251849  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2591  gluconolactonase  38.1 
 
 
312 aa  149  5e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000189317  normal  0.0284024 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2649  regucalcin family protein  31.56 
 
 
300 aa  149  6e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00899995  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05363  hypothetical protein  35.47 
 
 
296 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00449707 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2373  regucalcin-like protein  31.88 
 
 
303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2339  regucalcin-like protein  31.88 
 
 
300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1592  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.58 
 
 
300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0183  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.2 
 
 
316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0284148  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4446  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.75 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0439453  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1362  Xylono-1,4-lactonase  35.64 
 
 
294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4580  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.75 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0747  senescence marker protein-30 (SMP-30)  35.92 
 
 
284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0165  gluconolactonase  34.54 
 
 
316 aa  146  5e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0235  gluconolactonase  34.63 
 
 
323 aa  144  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0514  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.43 
 
 
294 aa  142  9e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3214  gluconolactonase  30.8 
 
 
290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1799  gluconolactonase  35.02 
 
 
309 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328228  hitchhiker  0.000281102 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1240  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.92 
 
 
286 aa  140  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.138164 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5506  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.97 
 
 
293 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0016  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.19 
 
 
294 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.726882 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1052  senescence marker protein-30 family protein  33.66 
 
 
294 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4633  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.29 
 
 
335 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51450  gluconolactonase  37.63 
 
 
284 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3108  gluconolactonase  36.42 
 
 
303 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0128132  normal  0.989225 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2750  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.06 
 
 
280 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0353  putative senescence marker protein-30 (SMP-30)  33.56 
 
 
295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000291446  hitchhiker  0.0000011261 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0063  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30 
 
 
292 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5252  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.97 
 
 
281 aa  136  4e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2370  senescence marker protein-30 (SMP-30)  35.5 
 
 
290 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0343069  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1567  senescence marker protein-30 (SMP-30)  35.15 
 
 
294 aa  136  5e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.382911  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0479  senescence marker protein-30 (SMP-30)  34.1 
 
 
312 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1725  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.08 
 
 
296 aa  135  7.000000000000001e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000166829  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.89 
 
 
293 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.557262  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3453  gluconolactonase  34.2 
 
 
297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3700  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  32.96 
 
 
289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0543  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.1 
 
 
295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2259  gluconolactonase  35.71 
 
 
315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0162749  unclonable  0.0000000178231 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0500  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.38 
 
 
295 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.922972 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4867  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.43 
 
 
309 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0126426  normal  0.175747 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3831  senescence marker protein-30 (SMP-30)  35.14 
 
 
283 aa  132  5e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0186  gluconolactonase  34.41 
 
 
311 aa  132  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0015  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.8 
 
 
294 aa  132  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0014  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.1 
 
 
294 aa  132  6e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1727  gluconolactonase  34.69 
 
 
296 aa  132  6e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0419  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.56 
 
 
296 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.740885  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41751  predicted protein  33.45 
 
 
328 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0000000044531  hitchhiker  0.0048622 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3588  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  34.53 
 
 
292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2046  putative Smp-30/Cgr1 family protein  34.19 
 
 
395 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00767899  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>