284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1040 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1040  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  100 
 
 
312 aa  633  1e-180  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2259  gluconolactonase  65.27 
 
 
315 aa  408  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0162749  unclonable  0.0000000178231 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1727  gluconolactonase  43.06 
 
 
296 aa  221  9.999999999999999e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4002  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  42.76 
 
 
293 aa  219  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  41.32 
 
 
569 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0063  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.68 
 
 
292 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  39.38 
 
 
546 aa  206  6e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4190  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  43.46 
 
 
301 aa  205  8e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4078  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  43.46 
 
 
301 aa  205  8e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62753  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2314  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.36 
 
 
295 aa  201  9.999999999999999e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.122885  normal  0.0745328 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5252  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  41.57 
 
 
281 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1987  SMP-30/CGR1 family protein  37.46 
 
 
288 aa  199  5e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0398  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  42.37 
 
 
302 aa  199  7e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.993472 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  38.54 
 
 
293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0015  gluconolactonase  37.11 
 
 
288 aa  197  2.0000000000000003e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0747  senescence marker protein-30 (SMP-30)  42.01 
 
 
284 aa  194  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2649  regucalcin family protein  34.84 
 
 
300 aa  192  5e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00899995  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2373  regucalcin-like protein  34.25 
 
 
303 aa  192  7e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2566  regucalcin family protein  34.25 
 
 
300 aa  190  2e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2001  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  39.11 
 
 
302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00903181  hitchhiker  0.0000000314659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2088  hypothetical protein  39.11 
 
 
300 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000545594 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2339  regucalcin-like protein  34.49 
 
 
300 aa  189  7e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1362  Xylono-1,4-lactonase  39.36 
 
 
294 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1974  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38.75 
 
 
302 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.18647  hitchhiker  0.00196761 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0568  regucalcin family protein  38.28 
 
 
291 aa  187  2e-46  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2759  regucalcin family protein  33.9 
 
 
300 aa  187  2e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000386621 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3160  senescence marker protein-30 (SMP-30)  39.66 
 
 
289 aa  185  7e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2611  regucalcin family protein  34.15 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00251849  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0353  putative senescence marker protein-30 (SMP-30)  40.88 
 
 
295 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000291446  hitchhiker  0.0000011261 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1323  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  41.64 
 
 
287 aa  181  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.198758  normal  0.707681 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3534  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  41.26 
 
 
299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0305763 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3214  gluconolactonase  37.14 
 
 
290 aa  175  9e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0453  gluconolactonase  41.99 
 
 
289 aa  175  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5842  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.42 
 
 
311 aa  175  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2046  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.91 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0519  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.64 
 
 
285 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.530056  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  39.5 
 
 
291 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0279  gluconolactonase  37.25 
 
 
295 aa  169  5e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.27578  normal  0.327592 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  39.35 
 
 
308 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2337  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.21 
 
 
289 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.992536  normal  0.0209348 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2571  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.76 
 
 
299 aa  164  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.233694  normal  0.0110739 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3696  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.36 
 
 
296 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2994  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  38.97 
 
 
304 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412095  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2162  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.13 
 
 
330 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.15283  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1204  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.28 
 
 
293 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0517  gluconolactonase  34.93 
 
 
311 aa  158  9e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2584  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  38.19 
 
 
304 aa  158  9e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1170  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  36.56 
 
 
293 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.482172  normal  0.0648021 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3300  gluconolactonase  37.11 
 
 
291 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1799  gluconolactonase  37.5 
 
 
309 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328228  hitchhiker  0.000281102 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2611  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.18 
 
 
309 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.170386 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3664  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.21 
 
 
304 aa  154  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000466286  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4224  gluconolactonase  36.46 
 
 
308 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.264466  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.36 
 
 
293 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.557262  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1052  senescence marker protein-30 family protein  35.69 
 
 
294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0125  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.5 
 
 
286 aa  152  7e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2755  hypothetical protein  37.85 
 
 
303 aa  151  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.334703  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0901  senescence marker protein-30 (SMP-30)  35.02 
 
 
294 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3531  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  34.14 
 
 
309 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3700  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  34.28 
 
 
289 aa  150  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1188  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.2 
 
 
292 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.227591  normal  0.0804871 
 
 
-
 
NC_006693  CNH00470  conserved hypothetical protein  33.77 
 
 
315 aa  149  4e-35  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3453  gluconolactonase  35.27 
 
 
297 aa  149  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1725  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.87 
 
 
296 aa  149  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000166829  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0919  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.67 
 
 
294 aa  149  6e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  33.1 
 
 
292 aa  149  7e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4867  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.81 
 
 
309 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0126426  normal  0.175747 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2591  gluconolactonase  36.54 
 
 
312 aa  145  9e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000189317  normal  0.0284024 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4143  gluconolactonase  35.03 
 
 
291 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670498  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5597  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.15 
 
 
300 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0724481  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2084  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38.02 
 
 
300 aa  144  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.206563  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2681  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.32 
 
 
574 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4675  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.39 
 
 
318 aa  144  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3407  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.69 
 
 
300 aa  142  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13947  normal  0.0742686 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2750  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38.34 
 
 
280 aa  142  6e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05363  hypothetical protein  35.92 
 
 
296 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00449707 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0419  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  38.64 
 
 
296 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.740885  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2881  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.9 
 
 
302 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.204717  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2995  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.9 
 
 
302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0479  senescence marker protein-30 (SMP-30)  33.11 
 
 
312 aa  140  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1592  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.46 
 
 
300 aa  140  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4446  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.06 
 
 
300 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0439453  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2862  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.9 
 
 
302 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0267306 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4580  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.06 
 
 
300 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2812  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.9 
 
 
302 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17570  gluconolactonase  35.82 
 
 
280 aa  139  4.999999999999999e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0137637  normal  0.639926 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2637  senescence marker protein-30 family protein  33.22 
 
 
290 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0164591  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.59 
 
 
291 aa  138  1e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1381  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.97 
 
 
286 aa  137  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.759773  normal  0.429128 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00122  regucalcin  34.62 
 
 
303 aa  137  2e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.235017  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0075  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.96 
 
 
289 aa  137  2e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.72815 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2883  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.56 
 
 
302 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.300083 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0014  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.05 
 
 
294 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2099  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.58 
 
 
291 aa  135  8e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83958 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0015  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.14 
 
 
294 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0550  L-arabinonolactonase  36.17 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621286  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1529  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.34 
 
 
292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0220  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.88 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0840  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.36 
 
 
311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0016  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.89 
 
 
294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.726882 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>