More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2584 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2584  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  100 
 
 
304 aa  621  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2994  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  96.05 
 
 
304 aa  594  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412095  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2755  hypothetical protein  80.07 
 
 
303 aa  491  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.334703  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2611  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  48.17 
 
 
309 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.170386 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3407  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  48.99 
 
 
300 aa  260  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13947  normal  0.0742686 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3209  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  48.99 
 
 
301 aa  259  4e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0193044 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4591  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  48.82 
 
 
300 aa  258  8e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00253275 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5221  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  49.33 
 
 
300 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5638  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  49.33 
 
 
300 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700082  normal  0.0168857 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0550  L-arabinonolactonase  50 
 
 
304 aa  252  6e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621286  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4918  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  50.17 
 
 
299 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.117058  normal  0.866361 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5473  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  49.66 
 
 
299 aa  248  7e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0410042 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0048  L-arabinonolactonase  48.31 
 
 
300 aa  247  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00122  regucalcin  45.72 
 
 
303 aa  246  3e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.235017  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1625  senescence marker protein-30 family protein  45.93 
 
 
310 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1143  gluconolactonase  47.92 
 
 
311 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.68325  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0622  senescence marker protein-30 family protein  47.92 
 
 
311 aa  232  6e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.389128  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1810  senescence marker protein-30 family protein  47.92 
 
 
311 aa  232  6e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0845  senescence marker protein-30 family protein  47.92 
 
 
311 aa  232  6e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1058  senescence marker protein-30 family protein  47.57 
 
 
311 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2356  senescence marker protein-30 family protein  47.57 
 
 
311 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2088  hypothetical protein  37.06 
 
 
300 aa  185  8e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000545594 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3664  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.32 
 
 
304 aa  183  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000466286  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4190  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  40.43 
 
 
301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4078  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  40.43 
 
 
301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62753  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1974  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.71 
 
 
302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.18647  hitchhiker  0.00196761 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2046  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.82 
 
 
302 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.95 
 
 
569 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2001  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.36 
 
 
302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00903181  hitchhiker  0.0000000314659 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  37.37 
 
 
291 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3534  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38.16 
 
 
299 aa  175  7e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0305763 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1987  SMP-30/CGR1 family protein  35.66 
 
 
288 aa  172  3.9999999999999995e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0015  gluconolactonase  34.86 
 
 
288 aa  171  2e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0398  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  38.35 
 
 
302 aa  168  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.993472 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4002  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.61 
 
 
293 aa  167  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  35.52 
 
 
292 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05363  hypothetical protein  36.91 
 
 
296 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00449707 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  36.05 
 
 
308 aa  165  9e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2314  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.65 
 
 
295 aa  163  3e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.122885  normal  0.0745328 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0519  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.45 
 
 
285 aa  161  1e-38  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.530056  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2014  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.89 
 
 
289 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.169753  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2162  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33 
 
 
330 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.15283  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1040  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  38.19 
 
 
312 aa  158  8e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4446  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.9 
 
 
300 aa  158  9e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0439453  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4580  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.9 
 
 
300 aa  158  9e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.75 
 
 
293 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4867  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35 
 
 
309 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0126426  normal  0.175747 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  32.88 
 
 
546 aa  156  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2591  gluconolactonase  36.57 
 
 
312 aa  156  3e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000189317  normal  0.0284024 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3831  senescence marker protein-30 (SMP-30)  37.41 
 
 
283 aa  155  5.0000000000000005e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0279  gluconolactonase  37.31 
 
 
295 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.27578  normal  0.327592 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2566  regucalcin family protein  32.07 
 
 
300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2611  regucalcin family protein  32.03 
 
 
300 aa  155  6e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00251849  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1799  gluconolactonase  36.12 
 
 
309 aa  155  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328228  hitchhiker  0.000281102 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0419  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.25 
 
 
296 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.740885  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1323  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.85 
 
 
287 aa  153  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.198758  normal  0.707681 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0500  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.42 
 
 
295 aa  152  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.922972 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0543  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.11 
 
 
295 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2339  regucalcin-like protein  32.44 
 
 
300 aa  150  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3531  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  31.51 
 
 
309 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5597  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.68 
 
 
300 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0724481  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3696  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.68 
 
 
296 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2649  regucalcin family protein  32.11 
 
 
300 aa  151  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00899995  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2759  regucalcin family protein  31.72 
 
 
300 aa  149  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000386621 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1362  Xylono-1,4-lactonase  34.49 
 
 
294 aa  150  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2373  regucalcin-like protein  32.11 
 
 
303 aa  149  5e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1592  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.75 
 
 
300 aa  149  7e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3160  senescence marker protein-30 (SMP-30)  35.27 
 
 
289 aa  149  8e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0916  calcium-binding protein regucalcin  35.53 
 
 
293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.722719  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0183  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.06 
 
 
316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0284148  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3214  gluconolactonase  31.31 
 
 
290 aa  147  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3588  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  34.15 
 
 
292 aa  146  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2084  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.09 
 
 
300 aa  146  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.206563  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0165  gluconolactonase  34.42 
 
 
316 aa  146  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51450  gluconolactonase  36.82 
 
 
284 aa  146  5e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0514  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.77 
 
 
294 aa  146  5e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0122  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.42 
 
 
308 aa  145  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271646  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5506  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.16 
 
 
293 aa  145  7.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0220  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.85 
 
 
311 aa  145  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0063  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.63 
 
 
292 aa  145  9e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2750  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.76 
 
 
280 aa  145  9e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1052  senescence marker protein-30 family protein  32.89 
 
 
294 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2337  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.97 
 
 
289 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.992536  normal  0.0209348 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1240  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.01 
 
 
286 aa  142  6e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.138164 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1725  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.32 
 
 
296 aa  142  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000166829  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3300  gluconolactonase  33.89 
 
 
291 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0479  senescence marker protein-30 (SMP-30)  32.69 
 
 
312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0747  senescence marker protein-30 (SMP-30)  33.45 
 
 
284 aa  140  3e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3700  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  33.6 
 
 
289 aa  140  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5842  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.37 
 
 
311 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0901  senescence marker protein-30 (SMP-30)  33.22 
 
 
294 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2370  senescence marker protein-30 (SMP-30)  34.88 
 
 
290 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0343069  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3453  gluconolactonase  34.1 
 
 
297 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0235  gluconolactonase  35.19 
 
 
323 aa  139  7e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2571  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.68 
 
 
299 aa  139  7.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.233694  normal  0.0110739 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2136  putative gluconolactonase  35.52 
 
 
293 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0186  gluconolactonase  34.73 
 
 
311 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3491  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  35.71 
 
 
281 aa  138  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0016  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.29 
 
 
294 aa  137  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.726882 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3108  gluconolactonase  32.67 
 
 
303 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0128132  normal  0.989225 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>