More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6028 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 
546 aa  1109    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  43.53 
 
 
569 aa  421  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1987  SMP-30/CGR1 family protein  40.69 
 
 
288 aa  256  7e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0015  gluconolactonase  40.34 
 
 
288 aa  253  4.0000000000000004e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0747  senescence marker protein-30 (SMP-30)  43.06 
 
 
284 aa  242  1e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0063  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  40 
 
 
292 aa  230  6e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  40.5 
 
 
293 aa  223  4.9999999999999996e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  41.58 
 
 
308 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  40.7 
 
 
291 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2314  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.42 
 
 
295 aa  209  7e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.122885  normal  0.0745328 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1040  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  39.38 
 
 
312 aa  206  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3160  senescence marker protein-30 (SMP-30)  37.37 
 
 
289 aa  204  3e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5252  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.45 
 
 
281 aa  202  9.999999999999999e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3214  gluconolactonase  37.85 
 
 
290 aa  201  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2759  regucalcin family protein  33.45 
 
 
300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000386621 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2566  regucalcin family protein  34.14 
 
 
300 aa  201  3e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3453  gluconolactonase  38.33 
 
 
297 aa  200  6e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2339  regucalcin-like protein  33.1 
 
 
300 aa  198  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0116  IclR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
550 aa  198  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2373  regucalcin-like protein  33.1 
 
 
303 aa  197  3e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1204  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.33 
 
 
293 aa  197  6e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36 
 
 
293 aa  195  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.557262  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1170  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  36.33 
 
 
293 aa  194  5e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.482172  normal  0.0648021 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2259  gluconolactonase  39.93 
 
 
315 aa  194  5e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0162749  unclonable  0.0000000178231 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1188  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.63 
 
 
292 aa  193  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.227591  normal  0.0804871 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2649  regucalcin family protein  32.76 
 
 
300 aa  193  7e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00899995  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3300  gluconolactonase  36.95 
 
 
291 aa  193  8e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3534  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.59 
 
 
299 aa  192  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0305763 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0901  senescence marker protein-30 (SMP-30)  38 
 
 
294 aa  192  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0517  gluconolactonase  34.75 
 
 
311 aa  192  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3696  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.97 
 
 
296 aa  192  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1052  senescence marker protein-30 family protein  37.25 
 
 
294 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0279  gluconolactonase  38.57 
 
 
295 aa  191  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.27578  normal  0.327592 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2611  regucalcin family protein  32.75 
 
 
300 aa  190  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00251849  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3108  gluconolactonase  34.87 
 
 
303 aa  188  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0128132  normal  0.989225 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1323  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.94 
 
 
287 aa  187  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.198758  normal  0.707681 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1725  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.54 
 
 
296 aa  186  6e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000166829  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1592  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.63 
 
 
300 aa  186  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0353  putative senescence marker protein-30 (SMP-30)  38.24 
 
 
295 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000291446  hitchhiker  0.0000011261 
 
 
-
 
NC_003296  RS05363  hypothetical protein  37.38 
 
 
296 aa  184  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00449707 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4078  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.5 
 
 
301 aa  182  9.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62753  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4190  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.5 
 
 
301 aa  182  9.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2591  gluconolactonase  37.62 
 
 
312 aa  182  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000189317  normal  0.0284024 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  38.64 
 
 
292 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4446  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.24 
 
 
300 aa  181  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0439453  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4580  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.24 
 
 
300 aa  181  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4002  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.45 
 
 
293 aa  181  4e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4867  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.16 
 
 
309 aa  179  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0126426  normal  0.175747 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2046  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.25 
 
 
302 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1727  gluconolactonase  37.41 
 
 
296 aa  175  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1362  Xylono-1,4-lactonase  35.82 
 
 
294 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1799  gluconolactonase  35.41 
 
 
309 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328228  hitchhiker  0.000281102 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2337  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.48 
 
 
289 aa  173  7.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.992536  normal  0.0209348 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2681  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.86 
 
 
574 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3078  gluconolactonase  32.53 
 
 
290 aa  171  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.118457  normal  0.0313509 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2812  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.7 
 
 
302 aa  170  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2862  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.7 
 
 
302 aa  170  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0267306 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2014  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.45 
 
 
289 aa  170  6e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.169753  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4675  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.56 
 
 
318 aa  170  6e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2995  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.7 
 
 
302 aa  170  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2088  hypothetical protein  32.89 
 
 
300 aa  169  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000545594 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0568  regucalcin family protein  34.14 
 
 
291 aa  168  2.9999999999999998e-40  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4224  gluconolactonase  34.44 
 
 
308 aa  168  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.264466  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0840  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  38.06 
 
 
311 aa  167  4e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2881  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.33 
 
 
302 aa  167  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.204717  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0453  gluconolactonase  35.96 
 
 
289 aa  167  6.9999999999999995e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2883  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.33 
 
 
302 aa  166  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.300083 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2001  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.19 
 
 
302 aa  166  8e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00903181  hitchhiker  0.0000000314659 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0398  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.74 
 
 
302 aa  165  2.0000000000000002e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.993472 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5597  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.64 
 
 
300 aa  165  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0724481  normal  0.472468 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0519  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.88 
 
 
285 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.530056  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1974  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.82 
 
 
302 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.18647  hitchhiker  0.00196761 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2162  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33 
 
 
330 aa  161  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.15283  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0220  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.11 
 
 
311 aa  159  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2994  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.56 
 
 
304 aa  159  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412095  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2571  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.86 
 
 
299 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.233694  normal  0.0110739 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2584  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.88 
 
 
304 aa  157  7e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5444  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.86 
 
 
295 aa  157  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00675978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2670  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.22 
 
 
574 aa  156  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.142476  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3664  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.16 
 
 
304 aa  155  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000466286  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0358  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  38.11 
 
 
305 aa  155  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.60058  normal  0.0997512 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1529  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.38 
 
 
292 aa  154  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4143  gluconolactonase  35.33 
 
 
291 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670498  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.51 
 
 
291 aa  154  2.9999999999999998e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2755  hypothetical protein  33.56 
 
 
303 aa  154  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.334703  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0479  senescence marker protein-30 (SMP-30)  31.7 
 
 
312 aa  154  4e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0419  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.78 
 
 
296 aa  154  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.740885  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00122  regucalcin  33.67 
 
 
303 aa  151  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.235017  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3180  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  32.17 
 
 
346 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2536  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.17 
 
 
346 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02040  gluconolactonase  35.33 
 
 
298 aa  150  5e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2099  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.44 
 
 
291 aa  150  8e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83958 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2084  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.21 
 
 
300 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.206563  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0122  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.66 
 
 
308 aa  148  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271646  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17570  gluconolactonase  35.21 
 
 
280 aa  147  4.0000000000000006e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0137637  normal  0.639926 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0500  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.01 
 
 
295 aa  146  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.922972 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0543  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.83 
 
 
295 aa  146  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0514  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.11 
 
 
294 aa  145  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5175  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.9 
 
 
296 aa  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0979633  normal  0.105367 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41751  predicted protein  36.17 
 
 
328 aa  144  3e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0000000044531  hitchhiker  0.0048622 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>