277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2001 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2001  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  100 
 
 
302 aa  627  1e-179  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00903181  hitchhiker  0.0000000314659 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1974  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  97.68 
 
 
302 aa  614  1e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.18647  hitchhiker  0.00196761 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2088  hypothetical protein  96.96 
 
 
300 aa  594  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000545594 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2046  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  63.64 
 
 
302 aa  390  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2162  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  62.05 
 
 
330 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.15283  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3664  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  45.92 
 
 
304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000466286  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3531  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  40.62 
 
 
309 aa  223  3e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2755  hypothetical protein  37.25 
 
 
303 aa  190  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.334703  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  38.49 
 
 
291 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1040  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  39.11 
 
 
312 aa  190  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2314  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.08 
 
 
295 aa  187  3e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.122885  normal  0.0745328 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.73 
 
 
569 aa  186  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2994  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.71 
 
 
304 aa  183  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412095  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0015  gluconolactonase  35.82 
 
 
288 aa  182  6e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1987  SMP-30/CGR1 family protein  35.82 
 
 
288 aa  182  7e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2584  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.36 
 
 
304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  36.21 
 
 
292 aa  178  9e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00122  regucalcin  40.67 
 
 
303 aa  177  2e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.235017  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  36.74 
 
 
308 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2259  gluconolactonase  34.86 
 
 
315 aa  168  8e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0162749  unclonable  0.0000000178231 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  34.19 
 
 
546 aa  166  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0398  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.04 
 
 
302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.993472 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5252  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.53 
 
 
281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3696  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.66 
 
 
296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2337  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33 
 
 
289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.992536  normal  0.0209348 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4002  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.08 
 
 
293 aa  162  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0063  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.13 
 
 
292 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2373  regucalcin-like protein  31.56 
 
 
303 aa  160  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4867  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.05 
 
 
309 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0126426  normal  0.175747 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0747  senescence marker protein-30 (SMP-30)  34.08 
 
 
284 aa  160  2e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3160  senescence marker protein-30 (SMP-30)  36.59 
 
 
289 aa  160  2e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2339  regucalcin-like protein  32.96 
 
 
300 aa  160  3e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3407  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.17 
 
 
300 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13947  normal  0.0742686 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0279  gluconolactonase  34.98 
 
 
295 aa  158  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.27578  normal  0.327592 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2649  regucalcin family protein  32.58 
 
 
300 aa  157  3e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00899995  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2759  regucalcin family protein  31.84 
 
 
300 aa  155  9e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000386621 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2611  regucalcin family protein  32.21 
 
 
300 aa  155  1e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00251849  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1799  gluconolactonase  34.71 
 
 
309 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328228  hitchhiker  0.000281102 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2611  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.09 
 
 
309 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.170386 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.67 
 
 
293 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4078  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.74 
 
 
301 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62753  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4190  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.74 
 
 
301 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1362  Xylono-1,4-lactonase  32.59 
 
 
294 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2566  regucalcin family protein  31.09 
 
 
300 aa  149  4e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2637  senescence marker protein-30 family protein  34.96 
 
 
290 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0164591  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3534  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.39 
 
 
299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0305763 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0519  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.27 
 
 
285 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.530056  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1592  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.33 
 
 
300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2084  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.03 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.206563  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1323  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.86 
 
 
287 aa  147  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.198758  normal  0.707681 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3214  gluconolactonase  33.99 
 
 
290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0419  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.72 
 
 
296 aa  145  6e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.740885  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4143  gluconolactonase  34.6 
 
 
291 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670498  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5506  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.82 
 
 
293 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2370  senescence marker protein-30 (SMP-30)  33.46 
 
 
290 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0343069  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0479  senescence marker protein-30 (SMP-30)  32.67 
 
 
312 aa  142  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3300  gluconolactonase  35.74 
 
 
291 aa  142  6e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5842  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.38 
 
 
311 aa  142  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2014  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.88 
 
 
289 aa  142  9e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.169753  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0353  putative senescence marker protein-30 (SMP-30)  32.62 
 
 
295 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000291446  hitchhiker  0.0000011261 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4591  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.58 
 
 
300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00253275 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0048  L-arabinonolactonase  33.57 
 
 
300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1727  gluconolactonase  33.46 
 
 
296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0901  senescence marker protein-30 (SMP-30)  32.43 
 
 
294 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5175  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.51 
 
 
296 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0979633  normal  0.105367 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0568  regucalcin family protein  34.94 
 
 
291 aa  139  3.9999999999999997e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0550  L-arabinonolactonase  36.7 
 
 
304 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621286  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5444  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.2 
 
 
295 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00675978 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3209  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.96 
 
 
301 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0193044 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1188  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.1 
 
 
292 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.227591  normal  0.0804871 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1529  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.47 
 
 
292 aa  137  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1625  senescence marker protein-30 family protein  33.09 
 
 
310 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.19 
 
 
293 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.557262  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05363  hypothetical protein  34.52 
 
 
296 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00449707 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1052  senescence marker protein-30 family protein  32.09 
 
 
294 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0622  senescence marker protein-30 family protein  33.58 
 
 
311 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.389128  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH00470  conserved hypothetical protein  31.06 
 
 
315 aa  137  2e-31  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4580  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.94 
 
 
300 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4675  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  41.67 
 
 
318 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4446  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.94 
 
 
300 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0439453  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0845  senescence marker protein-30 family protein  33.58 
 
 
311 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1810  senescence marker protein-30 family protein  33.58 
 
 
311 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1170  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  31.51 
 
 
293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.482172  normal  0.0648021 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0220  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.31 
 
 
311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5221  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  33.58 
 
 
300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5638  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.58 
 
 
300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700082  normal  0.0168857 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0183  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.04 
 
 
316 aa  136  4e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0284148  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1143  gluconolactonase  33.58 
 
 
311 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.68325  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0919  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.12 
 
 
294 aa  135  7.000000000000001e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1204  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.29 
 
 
293 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5473  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.1 
 
 
299 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0410042 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0435  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.21 
 
 
294 aa  135  9e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.369431 
 
 
-
 
NC_004310  BR2130  Smp-30/Cgr1 family protein, putative  31.77 
 
 
395 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.111532  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1725  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.79 
 
 
296 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000166829  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2046  putative Smp-30/Cgr1 family protein  31.77 
 
 
395 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00767899  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1058  senescence marker protein-30 family protein  33.21 
 
 
311 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0840  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.42 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0165  gluconolactonase  31.69 
 
 
316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0186  gluconolactonase  31.6 
 
 
311 aa  133  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41751  predicted protein  30.56 
 
 
328 aa  134  3e-30  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0000000044531  hitchhiker  0.0048622 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>